[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인(대한예수교장로회 OO교회, 비영리법인)은 90.6.8 서울특별시 구로구 OO동 OOOOO외 10필지 토지 84,020㎡와 동 지상건물 5,249.5㎡, 공작물(담등) 22식 입목 530주(이하 “OO동 자산” 이라 한다)를 공군 제OOOO부대로부터 국유재산매각경쟁입찰에 의하여 총입찰가액 10,965,583,520원에 일괄취득하여 그중 일부인 같은곳 OOOOO외 2필지 토지 8,362㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 OOO 등 23명에게 매매대금 5,565,241,000원에 90.9.18 양도하고 그 취득가액을 원매도자인 공군 제OOOO부대장이 지방세법 제118조(취득세 과세자료 통보)의 규정에 의하여 구로구청장에게 통보한 가액(5,760,100,000원)으로 하여 양도차익을 계산한 후 이에 대한 90.1.1～90.12.31 사업년도 법인세(특별부가세)를 신고납부하였다. 처분청은 실지거래가액에 의하여 쟁점토지 양도차익을 계산하면서 OO동 자산중 각 자산별 취득가액의 구분이 불분명하다고 보아 구 법인세법시행령 제124조의2 제3항 제2호(89.12.30 개정된것)의 규정에 의거 OO동 자산의 일괄취득가액중 기준시가가 있는 자산과 없는 자산의 가액을 감정가액에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 따라 안분계산하여 쟁점토지 취득가액을 산정한 후 이에 따라 양도차익을 계산하여 93.4.16 청구법인에게 90.1.1～90.12.31 사업년도 법인세(특별부가세) 750,311,610원 및 동 방위세 151,215,610원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.6.2 이의신청을, 93.8.5 심사청구를 거쳐 93.10.25 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 90.6.8 경쟁입찰에 의하여 낙찰받아 취득한 OO동 자산(국유재산)중 토지, 건물, 공작물, 입목 등 개별자산의 낙찰가액이 94.1.27 공군본부가 회신한 매각자산 자료통보 공문에 의하여 확인되므로 이는 토지, 건물, 기타자산의 취득가액의 구분이 분명한 경우에 해당되는 바 이에 따라 쟁점토지 실지취득 가액을 계산하여 과세하여 달라는 주장이다. (심판청구는 청구이유를 변경하여 국세청장의견 없음)
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 OO동 자산 즉 토지, 건물, 공작물, 입목을 함께 취득하면서 각 자산별 가액을 구분하여 취득하지 아니하였다고 보아 쟁점토지 취득가액을 구법인세법시행령 제124조의2 제3항 제2호의 규정에 의거 안분 계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
- 나. 관계법령 쟁점토지 양도당시(90.9.18) 시행되던 법인세법 제59조의2 제1항 및 제3항의 규정에서 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 하고 그 양도차익의 계산은 원칙적으로 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 의하고 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 취득 및 양도당시의 기준시가에 의한다고 규정하고 있다. 한편 같은법시행령 제124조의2 제3항 제2호의 규정에서는 법인이 토지·건물 기타 자산을 함께 취득하거나 양도한 때에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지·건물 기타 자산의 가액의 구분이 불분명한 경우로서 기준시가가 있는 자산과 기준시가가 없는 자산을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인의 감정한 가액에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액을 취득가액 또는 양도가액으로 한다고 규정하고 있다.
- 다. 위 다툼에 대하여 본다. 첫째, 국가가 국민과의 사이에서 부동산 등의 매매계약을 체결하는 경우에는 원칙적으로 공고를 하여 경쟁에 붙여야 하고(예산회계법 제76조 제1항 참조) 그 경쟁방법은 특정의 경우를 제외하고는 입찰에 의하여야 하며(예산회계법시행령 제90조 참조), 또한 경쟁입찰에 붙인 사항의 가격은 미리 예정하여야 하고 예정가격은 경쟁입찰에 붙일 사항의 가격의 총액에 대하여 결정하여야 한다(예산회계법시행령 제94조 제1항 참조). 따라서 낙찰가격은 예정가격에 따라 결정되므로 낙찰가격 또한 경쟁입찰에 붙인 사항의 가격의 총액에 대하여 결정됨을 알 수 있다. 둘째, 국유재산인 OO동 자산에 대한 경쟁입찰 및 낙찰과정을 보면 공군서울지구 분임재산관리관이 90.4.3 서울신문에 OO동 자산매각 입찰공고를 한 후 청구법인이 낙찰자로 결정되어 공군 제OOOO부대장과 청구법인 사이에 OO동 자산의 가격을 총액 10,965,583,520원으로 하여 90.5.21 국유재산 매매계약서가 작성되었음이 관련증빙에 의하여 확인된다. 위의 사실들을 종합하여 보면 청구법인이 OO동 자산인 토지, 건물, 공작물, 입목 등을 함께 낙찰 받으면서 낙찰가격이 총액으로 결정되었음을 알 수 있으므로 처분청이 이 건은 청구법인이 토지, 건물, 기타 자산을 일괄 취득한 경우이므로 토지, 건물, 기타자산의 취득가액(낙찰가액)의 구분이 불분명한 경우에 해당된다고 보아 위 관계법령(구법인세법시행령 제124조의2 제3항 제2호)에 의거 OO동 자산중 기준시가가 있는 자산(토지, 건물, 입목)과 없는 자산(공작물)을 감정가액에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액(3,132,176,198원)을 쟁점토지의 취득가액으로 하고 5,565,241,000원을 양도가액(양도가액에 대하여는 서로 다툼이 없음)으로 하여 양도차익을 계산한 후 이에 대하여 법인세 특별부가세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.