청구법인이 보유하고 있는 00주식의 평가를 취득가액으로 할 것인지 아니면 장부가액으로 할 것인지 여부(경정)

[주 문] 강남세무서장이 1993.6.5. 청구법인에게 1988.1.1.-12.31. 사업년도분 법인세 56,156,080원 및 동방위세 10,400,780원,1989.1.1.-12.31. 사업년도분 법인세 54,030,880원 및 동방위세10,733,810원을 부과한 처분은 보유주식에 대한 지급이자 손금불산입액을 계산하기 위한 주식의 가액을 취득가액으로 평가하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 1988.1.1.부터 1989.12.31.까지의 2개 사업년도에 대한 청구법인 보유주식의 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 주식가액을 그 취득가액으로 하여 위 사업년도에 대한 법인세 신고를 하였다. 처분청은 위 주식가액의 평가는 취득가액이 아닌 장부가액에 의하여야 한다고 보아 관련 지급이자 손금불산입액을 재계산하고 1993.5.1. 청구법인에게 1988.1.1.-12.31. 사업년도분 법인세 56,156,080원 및 동방위세 10,400,780원, 1989.1.1.-12.31. 사업년도분 법인세 54,030,880원 및 동방위세 10,733,810원을 부과하였다. 청구법인은 위 처분에 불복하여 1993.6.21. 심사청구를 거쳐, 같은해 9.22. 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장과 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 법인세법 제18조의3에 의하여 보유주식에 대한 지급이자 손금불산입액을 계산함에 있어서 보유주식의 가액을 장부가액으로 평가하였으나, 당시시행되던 위 법률규정상 위와 같이 장부가액으로 평가할 수 있는 근거 규정이 없고, 오히려 법인세법 시행규칙 서식등에 보유주식가액을 취득가액으로 평가하도록 하고 있었으므로 위 처분은 부당하다.
• 나. 국세청장 의견 주식에 대한 지급이자 손금불산입액 계산에 관하여 법인세법 제18조의3은 신설될 당시에는 “소유”주식가액을 “취득가액”으로 평가하도록 규정하고 있었으나 1985.12.23. 개정되어 “취득가액”이라는 표현이 삭제되었고, “소유”주식이라는 용어도 “보유”주식이라는 표현으로 변경된 점등에 비추어 위 법률개정후에는 주식의 평가방법도 취득가액 기준에서 장부가액 기준으로 변경되었다고 보아야 할 것이다. 청구법인은 법인세법 시행규칙 별지 제6-14호 서식(을)의 작성요령에 주식가액을 취득가액으로 하도록 되어 있으므로 장부가액으로 주식가액을 평가할 수 없다고 주장하나 위 서식의 작성요령은 위 법률의 개정에 의하여 그 효력이 상실되었다고 할 것이어서 이를 근거로 한 위 주장은 이유없다. 따라서 이 사건 장부가액에 의하여 보유주식의 가액을 평가한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단 이 사건 처분에 적용되는 법인세법 제18조의3 제1항에서는 『다음 각호의 1에 해당하는 “자산을 보유”하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 다음 각호의 자산합계액 한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다』고 규정하고 그 제1호에서 『다른 법인의 주식』을 열거하고 동법시행령 제43조의2 제1항에서는 위 “자산합계액”에 대응하는 지급이자 손금불산입액의 계산방법에 대하여 규정하면서 “자산합계액”의 계산을 위한 자산의 평가액은 어떻게 산정하는 것인지에 대하여는 규정하고 있지 않다. 국세청장은 위 법률이 1985.12.23. 위와 같이 개정되기 전에 시행되던 동법 제18조의3 제1항에서는 『다른법인의 주식을 “소유”하고 있는 내국법인이 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 금액은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다』고 규정하고 동법시행령 제43조의2 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 금액을 계산하기 위하여 적용하는 주식의 가액을 “당해법인이 소유하고 있는 주식의 취득가액”으로 규정하고 있었으므로 법률개정전에는 주식의 평가는 취득가액에 의하고 있었다 할 것이지만 법률이 개정되어 “소유주식”이라는 표현에서 “자산의 보유”라는 표현으로 변경되었고 취득가액이라는 표현이 삭제된 점에 비추어 주식의 평가방법이 종전의 취득가액 기준에서 장부가액 기준으로 변경되었다고 판단하였음을 알 수 있다. 그러나 위 규정상 “소유”라는 표현에서 “보유”라는 표현으로 법률의 문구가 변경되고 “취득가액”이라는 표현이 삭제되었다는 사유만으로는 주식의 평가방법이 취득가액 기준에서 장부가액 기준으로 변경되었다고 단정하기는 어렵고 설사 위 법률의 개정으로 주식의 평가방법이 장부가액 기준으로 변경되었다고 할 지라도 개정법률시행 당시인 1986.3.31. 재무부령 제1671호로 신설된 법인세법시행규칙 제45조의 제3항 제19의2 차입금 지급이자 조정명세서 서식란에는 주식취득자금란(서식갑), 주식취득자금 적수란(서식을)을 두고, 그 작성 요령(서식을)에서는 『위 취득자금 적수란 차변에는 주식을 취득하기 위하여 지급하였거나 지급할 금액을 기입한다』고 규정(위 작성요령은 90.4.4. 개정으로 비로서 삭제되었다)함으로써 주식의 평가방법은 그 취득가액에 의하는 것으로 규정하고 또한 국세청에서 발행한 법인세 신고안내 책자에도 이 사건 과세기간중 주식의 평가방법을 그 취득가액에 의하는 것(위 법인세 신고안내 책자의 관련부분은 이 사건 과세기간 이후에는 주식의 평가를 장부가액에 의하는 것으로 평가되었다)으로 안내하였음을 알 수 있는 바, 그렇다면 납세의무자로서는 통상적으로 위 법인세법 시행규칙의 서식작성요령 및 법인세 안내에 표현된 내용에 따라 주식의 평가는 취득가액에 의하는 것이라고 신뢰할 수밖에 없다고 할 것이므로 이 사건 주식을 취득가액에 의하여 평가한 청구법인에 대하여 위 서식작성요령 등에 표현된 내용과 상반되는 해석에 의하여 법인세등을 부과한 처분은 신뢰보호 내지 소급과세금지원칙에 위배된다고 할 것이다. 이상을 종합하건대 이 사건 보유주식을 장부가액으로 평가하여 지급이자 손금불산입액을 재계산하고 과세한 처분은 부당하다. 따라서 심판관 합동회의의 의결에 따라 종전의 선결정예를 변경하며 이 심판청구는 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.