[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 의류 제조·판매업 영위하는 법인으로 인천직할시 남동구 OO동 OOOOO에 공장·사무실등 4,890.2㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하기 위하여 92.5.8 OO종합건설주식회사와 공사도급계약을 체결하고서 92.5.11～92.12.30 기간중 공사기성고에 따라 공사대금을 지급하고 매입세금계산서를 교부받아 해당 매입세액을 공제하여 92년제2기분 부가가치세 확정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 쟁점건물의 신축과 관련하여 시공업체인 OO종합건설주식회사로 부터 교부받은 매입세금계산서중 92.7.1자 매입세금계산서(공급가액 450,000,000원, 매입세액 45,000,000원), 92.8.1자 매입세금계산서(공급가액 200,000,000원, 매입세액 20,000,000원) 및 92.9.24자 매입세금계산서(공급가액 105,000,000원, 매입세액 10,500,000원)에 대하여는 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서라고 보아 그 매입세액을 불공제하고 93.4.1 청구법인에게 부가가치세 90,600,000원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.5.31 심사청구를 거쳐 93.9.13 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 처분청은 청구법인이 쟁점건물을 신축하면서 시공회사인 OO종합건설주식회사로 부터 교부받은 매입세금계산서 중 92.7.1, 92.8.1 및 92.9.24자 세금계산서가 공급시기 이후에 지연 교부된 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서라고 하여 매입세액 불공제하고 과세하였으나
① 92.7.1자 세금계산서는 계약금을 지급하고 교부받은 것으로서 단순히 계약이행을 담보하기 위한 것일 뿐 공사대가의 일부로 지급한 것이 아니므로 1회기성고확정일인 92.7.20을 공급시기로 보아야 하는 것인 바 당해 매입세금계산서를 공급시기 이후에 교부된 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제함은 부당하며,
② 92.8.1 및 92.9.24자 매입세금계산서는 용역의 공급시기 이후에 교부받았으나 용역의 공급 및 대금지급사실이 분명하므로 당해 세금계산서의 교부일이 용역의 공급시기 이후임을 이유로 매입세액 불공제함은 국세기본법에서 정하고 있는 실질과세원칙에 위배되므로 부당하다고 주장한다.
- 나. 국세청장 의견 부가가치세법 제17조 제2항에서 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 세금계산서인 경우에는 당해 매입세액은 매출세액에 공제하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은법 제9조 제2항과 같은법시행령 제22조 및 같은법기본통칙 2-3-3...9에 의하면 용역의 공급시기는 완성도, 연불 또는 기타 조건부로 용역을 제공하는 때를 공급시기로 보도록 되어 있는 바 92.7.1자 매입세금계산서를 92.5.8 공사도급계약을 체결하고, 92.5.11 계약금 450,000,000원을 지급한 후 교부받은 것이며, 또한 92.8.1자 매입세금계산서는 1회기성고확정일인 92.7.20로 부터 12일이 경과하여 교부받고, 92.9.24자 매입세금계산서는 2회 기성고확정일인 92.8.18로 부터 37일을 경과하여 교부받은 것으로서 매입세액 불공제대상에 해당되므로 이 건 과세처분에 잘못이 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제함이 타당한지 여부를 가리는 데 그 다툼이 있다.
- 나. 관련규정 부가가치세법 제16조 제1항 및 같은법 제17조 제2항은 납세의무자로 등록한 사업자가 용역을 공급하는 때에는 작성년월일등을 기재한 세금계산서를 공급을 받는자에게 교부하여야 하고, 교부받아 제출한 세금계산서에 작성년월일등 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다라고 규정하고 있는 바 위 규정은 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 해석된다 하겠다(부가가치세법기본통칙 5-3-3....17 같은 취지임).
- 다. 먼저 쟁점건물의 신축공사계약을 체결하고 지급한 공사계약금이 공사대가의 일부로 볼 수 있는지를 보면, 부가가치세법 제9조(거래의 시기) 및 같은법시행령 제22조(용역의 공급시기)에 의하면 완성도기준지급·중간지급등의 조건부로 용역을 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 용역의 공급시기로 보도록 규정하고 있고, 같은법시행규칙 제9조 제1호에서 중간지급조건부로 용역등을 공급하는 경우의 하나로 “재화의 인도되기전 또는 용역의 제공이 완료되기전에 계약금이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우”를 규정하고 있는 바 위 규정은 완성도기준지급 및 중간지급조건부로 용역을 제공함에 있어서 그 대가의 일부로 계약금(착수금 또는 선수금등의 명칭으로 지급하는 것을 포함함)을 지급하는 경우에는 당해 계약조건에 따라 계약금을 받기로 한 때가 그 공급시기가 된다고 할 것이며(부가가치세법기본통칙 2-3-3...9 같은 뜻임), 이 건의 공사도급계약서를 보면 공사금액을 2,220,000,000원(부가가치세 222,000,000원), 계약금(선금)을 450,000,000원으로 정하고 있고, 기성부분에 대한 대가는 매월말 기준으로 확정한 기성고에 대하여 공사대금을 지급하는 것으로 정하고 있는 바, 위 계약내용으로 볼 때 쟁점건물의 신축공사는 부가가치세법시행규칙 제9조에서 규정하고 있는 중간지급조건부의 용역공급에 해당되고, 계약금으로 지급하기로 약정한 금액이 총공사비의 일부를 구성하고 있는 점에서 동 계약금은 공급대가의 일부임을 알 수 있다.
- 라. 이 건 매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액불공제 대상에 해당하는지를 보면, 이 건 매입세금계산서의 공급시기 및 대가지급시기와 세금계산서의 교부일자등을 보면 청구법인은 청구외 OO종합건설주식회사와 92.5.8 공사도급계약을 체결하고 92.5.11 계약금 450,000,000원을 지급한 후 92.7.1 해당 매입세금계산서를 교부받았고, 92.7.20 1회기성고를 확정하고 92.7.23 당해 기성고에 대한 대금 200,000,000원을 지급한 후 92.8.1 매입세금계산서를 교부받았으며, 92.8.18 2회기성고를 확정하고 92.8.28 당해 기성고에 대한 대금 105,000,000원을 지급하고 92.9.24 매입세금계산서를 교부받은 사실이 처분청의 이 건 과세사실에 대한 조사서 및 위 세금계산서 등에 의하여 확인된다. 그렇다면 재화 또는 용역의 공급시기와 세금계산서의 교부시기가 서로 다른 경우 매입세액을 공제할 수 있는지를 보면 전시한 부가가치세법 제17조 제2항에서 세금계산서에 필요적 기재사항의 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 필요적 기재사항으로는 같은법 제16조 제1항 제1호부터 제5호까지 열거하고 있는 바 이 건 세금계산서는 앞에서 살펴본 바와 같이 그 교부일(작성년월일)이 공급시기와 일치하지 아니한 경우로서 위 규정에 의한 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서이고, 부가가치세는 사업자가 창출한 부가가치를 과세원천으로 하는 조세이지만 실정법에서 납부세액은 전단계 세액공제방법을 채택하여 매출세액에서 매입세액을 공제하여 계산하도록 하고, 아울러 교부받은 세금계산서가 사실과 다른 때에는 그에 해당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한다고 명문으로 규정하고 있으며, 부가가치세는 다른 국세의 선행세로서 재화 및 용역의 거래단계마다 세금계산서의 수수가 전제되어야만 부가가치세 뿐만 아니라 다른 국세행정을 원활하게 집행할 수 있기 때문에 교부받은 세금계산서의 매입세액 공제요건을 엄격히 규정하고 있다고 보여진다. 위에 열거한 법령과 사실등을 종합하여 보면, 처분청이 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하여 이 건 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초의 처분은 정당하다고 판단된다.
- 마. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없다고 판단되므로 93.12.23 합동회의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.