증권회사가 쟁점건물의 일부는 지점사옥으로 사용하고 일부는 임대할 목적으로 신축하던 중 정부의 5?8부동산 매각조치에 의하여 성업공사에 매각한 경우, 부동산매매업으로 보아 쟁점건물 매각에 따른 부가가치세의 납세지를 본점소재지로 하여 과세한 처분의 당부(취소)

[주 문] OOO세무서장이 93.6.16 청구법인에게 결정고지한 92년 제1기분 부가가치세 12,743,170원 및 92년 제2기분 부가가치세 123,946,110원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 OO직할시 동구 OO로 OO OOO 지하3층, 지상9층 연면적 9,770.39㎡(이하 “전체건물”이라 한다)를 신축하던 중 92.6.10 동 건물의 6층전체 1,329.06㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 92.6.10 청구외 성업공사와 매매계약을 체결하여 매각하고, 쟁점건물의 매각에 따른 부가가치세를 93.1.25 건물소재지 관할세무서장인 OO세무서장에게 신고·납부하였다. 처분청은 쟁점건물의 매각은 부동산매매업에 해당하며 그 사업장은 당해 매각을 총괄한 본점소재지라하여 계약금에 대한 92년 제1기분 부가가치세 12,743,170원, 중도금 및 잔금에 대한 92년 제2기분 부가가치세 123,946,110원을 93.6.16 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.7.7 심사청구를 거쳐 93.9.15 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 부가가치세는 사업장마다 납부하도록 하고 있으므로 각 사업장별로 신고납부됨이 원칙이나 업종의 특성상 이 원칙을 일률적으로 적용함이 불합리한 경우가 있으므로 부가가치세법 시행령 제4조 제1항 단서 및 동항 제1호 내지 제5호에 건설업·운수업·부동산매매업등과 같이 사업장소재지가 폭넓게 분산되어 있는 경우 사업자가 법인인 때는 지점소재지를 포함한 등기부상 법인소재지를 사업장으로 보아 각 사업장마다 사업자등록을 하고 각각 부가가치세를 신고납부하는 불편을 해소함으로써 납세자 및 과세행정의 편의를 도모하고 있다. 본건 부동산은 본래 상당부분을 OO지점의 사옥으로 사용하고 그 일부를 임대할 목적으로 건설중이었으나 정부의 5·8부동산매각조치에 의하여 부득이하게 쟁점건물을 청구외 성업공사에 매각한 것으로 청구법인은 상시적으로 또는 계속·반복적으로 부동산 매매업을 영위하였다 할 수 없으며, 이는 청구법인이 증권회사로서 수행가능한 업무범위등이 증권거래법 및 증권회사 자산운용준칙등 관련법령에 의하여 엄격하게 규제되고 있는 점에서도 알 수 있는 점으로 볼 때 처분청이 쟁점건물의 양도를 부가가치세법상의 부동산매매업에 해당한다고 본 것은 부당하다 할 것인 바, 쟁점건물의 매각을 증권업과 부동산입대업에 부수하여 발생한 거래로서 사업자등록 및 법인등기를 한 청구법인의 OO지점을 공급자로 하여 세금계산서를 교부하고 OO세무서에 신고납부한 청구법인의 납세행위는 정당하다 할 것이며, 설령 처분청의 주장과 같이 당해 부동산매매와 관련하여 청구법인이 부동산매매업을 영위하였다 하더라도 부동산매매업을 영위하는 법인의 사업장은 지점소재지를 포함한 법인의 등기부상의 소재지를 말하며 당해 부동산 소재지로서 지점등기가 되어 있는 OO지점을 납세자로 하여 부가가치세를 신고납부한 청구법인의 납세의무 이행은 정당하며, 개인과 법인의 차이를 간과하여 본사를 납세지로 보아 과세한 처분청의 부과처분은 청구취지와 같이 취소되어야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구법인은 이 건 부동산을 청구법인의 OO지점의 사옥 및 임대용으로 신축하던중 정부의 부동산매각촉구조치에 따라 매각한 것이므로 임대용부동산에 해당되어 부동산소재지가 납세지가 된다는 주장이나, 부동산매매업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득한 부동산을 업무에 직접사용하지 아니하고 양도하는 경우 동 부동산의 매매용부동산으로 봄이 타당하다 할 것으로서 이 건 청구법인이 업무에 공하지 아니하고 준공전 매각함은 부동산 매매업에 해당하는 것으로 보아야 할 것이다. 부가가치세법 제4조 제1항 제3호에서 “건설업·운수업과 부동산매매업에 있어서는 사업자가 법인인 경우에는 그 법인의 등기부상의 소재지(등기부상의 지점소재지를 포함한다), 개인인 경우에는 그 업무를 총괄하는 장소”를 사업장으로 규정하고 있어, 부동산매매업에 있어서 사업자가 법인인 경우 본점소재지와 지점소재지가 모두 사업장이 될 수 있으나 본점과 지점소재지중 하나를 선택하여 사업장으로 할 수 있는 것은 아니고 당해 업무를 총괄한 장소를 기준으로 하여 본점 또는 지점소재지를 사업장으로 할 수 있는 것으로 보아야 할 것이다. 이 건의 경우 부동산매각과 관련한 모든 업무를 본점에서 총괄하였으므로 업무를 총괄한 등기부상의 본점소재지가 사업장이 되므로 처분청의 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점건물의 매각에 따른 부가가치세의 납세지가 등기부상 본점소재지인지 건물소재지인지 여부에 있다. 부가가치세법 제4조 제1항 및 같은 법 시행령 제4조 제1항에서 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 하며, 사업장이라 함은 사업자 또는 그 사용인이 상시주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소라고 규정하고 있으며, 같은 법 제10조 제1항에서 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 공급되는 시기에 재화가 소재하는 장소를 거래장소로 보도록 규정하고 있다. 사실관계를 살펴보면, 청구법인의 OO지점 사옥 및 일부 임대를 위하여 90.2.23 전체건물의 건축허가를 득하고 신축하던 중 90.5.8 정부의 부동산매각 촉구조치가 있었으며 전체건물중 일부가 매각대상에 포함되었고 이에 따라 청구외 성업공사와 증권회사 부동산매각 위임에 관한 협약을 체결하였으나, 신축중인 건물은 준공일 이전에는 자체매각한다는 조건에 따라 92.6.10 청구외 성업공사와 쟁점건물의 매매계약을 체결하였음이 관련증빙에 의하여 확인된다. 다음으로 쟁점건물의 양도의 성격에 대하여 살펴보면, 법인등기부상 청구법인의 사업목적은 유가증권매매등 금융관련업무와 부동산임대업이며, 사업자등록상의 업종이 증권·부동산임대업으로 되어있고 청구법인의 OO지점이 90.1.24 부동산매매업을 추가하여 사업자등록을 정정한 사실, 건물신축에 따른 부가가치세 신고시 이사회 결의에 의한 임대예정면적으로 안분계산한 매입세액만을 공제받은 점, 당해 건물 중 4층일부 및 5층전체를 임대에 공한 사실 및 증권거래법에 근거한 증권관리위원회 규정인 증권회사 자산운용준칙에 의하면 증권회사는 비업무용 부동산을 보유하지 못하며 업무용 부동산이라 하더라도 그 취득 및 처분에 대하여 증권감독원장에게 보고하고 증권감독원장은 이에 대하여 심사할 권한을 가지는 등 부동산의 소유 및 거래가 엄격히 제한되어 있는 점으로 볼 때 청구법인이 전체건물의 용도를 OO지점 사옥 및 임대용으로 신축하였음이 인정되는 바, 쟁점건물의 양도를 수익을 목적으로 하고 그 규모·회수·태양 등에 비추어 사업활동으로 볼 수 있을 정도로 계속성과 반복성이 있어 부동산매매업에 해당된다고 볼 수는 없다고 판단된다. 그렇다면 쟁점건물의 양도의 거래장소는 전시한 부가가치세법 제10조 제1항 제2호에 의하여 쟁점건물의 등기부상 소재지라 할 것이며 동 장소는 쟁점건물의 양도에 관하여 독립된 사업장이라 할 것이므로 처분청이 청구법인의 등기부상 본점소재지를 납세지로 보고 과세한 이 건 부가가치세 부과결정은 부당한 처분이라고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.