[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 92.3.27 청구법인의 ’91사업년도(91.1. ～ 12.31) 법인세 과세표준 및 세액을 자진신고·납부(과세표준 47,160,915,488원, 자납세액 414,595,915원)한 후 증자소득공제금액의 착오로 인하여 92.7.3 같은사업년도의 과세표준 및 세액을 수정신고(과세표준 40,864,923,980원, 환급받을 세액 2,089,038,810원)하였으나, 처분청은 수정신고한 내용이 부당하다는 이유로 92.8.31 환급거부처분을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.10.8 심사청구를 거쳐 93.2.3 심판청구를 하였으며, 93.5.4 같은건 심판결정에서 수정신고한 내용이 정당하므로 그 세액을 환급할 것을 결정하였고, 처분청은 심판결정에 따라 93.5.12 과세표준 및 세액을 경정하고 법인세 2,089,038,810원을 환급결정하였으며, 또한 위 수정신고일로부터 90일이 경과한 다음날인 92.10.2부터 위 환급결정일(93.5.12)까지의 기간에 대한 환급가산금 139,756,690원(이하 “쟁점환급가산금”이라 한다)을 결정하여 청구법인에게 통지하였으나, 청구법인은 위 환급가산금 기산일이 부당하다는 이유로 93.7.7 심사청구를 거쳐 93.8.28 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 처분청에서는 쟁점환급가산금 기산일을 청구법인이 수정신고한 날로부터 90일이 경과한 다음날인 90.10.2로 보아 계산하였으나, 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고한 후 오류 및 탈루가 있을 때 이를 수정하기 위한 수정신고는 수정신고하는 시점에 당초신고를 수정시키는 효력이 있다고 보아야 하므로 납세의무자가 과세표준의 감액이나 환급세액을 증가시키는 수정신고에 대하여 처분청이 과세표준등을 경정할 사항에 대하여 국세기본법 제45조 제2항에 규정에 의하여 수정신고일로부터 60일이내에 경정을 하든 그 처리기한 경과후 경정을 하든 그 수정신고일의 효력은 경정결정일에 있는 것이 아니라 당초 수정신고를 처분청에 제출한 날에 있는 것으로 보아야 하므로 처분청이 수정신고한 내용대로 경정함으로써 환급세액이 발생한 경우는 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정에 해당하는 것이 아니라 같은호 본문규정에서 자진신고로 인하여 발생한 환급세액이므로 이 건 청구법인이 수정신고를 처분청에 제출한 92.7.3부터 30일이 경과한 다음날인 92.8.3부터 환급가산금을 기산하여야 한다는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 법인세등 당해세법에 의한 신고절차에 따라 납세의무가 확정되는 세목은 그 “신고하는 때”에 조세채권채무의 확정력이 인정된다고 하겠으며, 국세기본법에 의한 수정신고도 각 세법의 신고에 대한 일반적인 규정이라고 볼 수 있으므로 법인세등 신고주의를 채택한 세목에 있어서는 원칙적으로 “수정신고 하는 때”에 그 확정의 효력이 있다고 하겠으나, 감액수정신고에 대하여는 국세기본법 제45조 제2항의 규정에 의거 정부가 이를 조사하여 그 결과를 통지하게되어 있는 바, 이는 곧 감액수정신고내용의 당부에 대하여 정부결정으로 최종확정하겠다는 뜻으로 해석함이 타당하므로 이 건의 경우와 같이 감액수정신고에 따른 국세환급금의 지급기산일을 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정에 의거 92.10.2부터 기산한 당초처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구법인이 법인세과세표준을 감액하여 수정신고한 데 대하여 처분청이 그후 수정신고한 내용대로 그 과세표준을 경정하고 세액을 환급하는 경우, 쟁점국세환급가산금의 기산일을 언제로 보아야 하는지에 다툼이 있다.
- 나. 관계법령 국세기본법 제52조 본문에서 『세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액을 국세환급금에 가산하여야 한다』고 규정하고, 그 제6호에서는 법인세법, 부가가치세법, 특별소비세법 또는 주세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정 결정일로부터 30일이 경과하는 때』라고 규정하고 있으며, 동법 제45조 제1항에서 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때에는 법인세 및 부가가치세의 경우에는 법정신고기한 경과후 6월(예정신고의 경우에는 예정신고기한 경과후 3월)내에 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있고, 같은조 제2항에서 과세표준 수정신고서의 기재사항 중 법인세등을 포함한 같은법시행령 제10조의2 제1호에 게기하는 국세에 관하여 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 사항이 있는 경우에는 정부는 이를 조사하여 그 결과를 당해 수정신고서를 받은 날로부터 60일내에 신고인에게 통지하는 동시에 경정할 사항은 경정하도록 규정하고 있다.
- 다. 쟁점국세환급가산금 기산일의 판단 먼저, 사실관계를 보면 청구법인은 92.7.3 ’91사업년도의 법인세과세표준 및 세액을 수정신고하였고, 그 이후 처분청은 심판결정에 따라 93.5.12 청구법인이 신고한 내용대로 과세표준을 경정하고, 세액을 환급결정하였음을 알 수 있고, 처분청은 위 세액의 환급에 따른 환급가산금을 계산함에 있어서 국세기본법 제45조 제2항 및 제52조 제6호 단서의 규정에 의하여 청구법인이 수정신고한 날(92.7.3)로부터 90일이 경과한 다음날인 90.10.2부터 기산하였음을 알 수 있다. 국세기본법 제52조 본문 및 제6호 단서에서는 법인세법에 의한 환급세액의 경우에 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 날의 다음날을 국세환급금 기산일로 하도록 규정하고 있고, 같은법 제45조 제2항에서는 과세표준의 수정신고에 있어서 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 감소시키거나 환급세액을 증가시키는 수정신고는 당초에 신고한 과세표준 또는 납부세액을 증가시키는 수정신고와는 달리 정부는 당해수정신고를 받은 날로부터 60일내에 경정할 사항은 경정하도록 규정하고 있는 바, 이때의 경정에는 납세자가 수정 신고한 내용대로 당초 신고한 내용을 경정하는 경우도 해당된다고 해석하는 것이 타당하다 할 것이다. 이 건의 경우에 처분청이 청구법인이 수정신고한 내용에 대하여 그 수정신고를 받은 날로부터 60일내에 경정하지 아니하고 그 기간이 경과하여 경정하고 국세환급금을 결정하였으나 국세환급가산금 기산일에 관하여 규정한 국세기본법 제52조 제6호 단서의 “경정결정일”의 적용에 있어서는 정부가 수정신고서를 받은 내용에 대하여 경정하여야 할 기간의 종료일인 동 수정신고서를 받은 날로부터 60일이 되는 날을 위 경정결정일로 보아야 할 것이므로 처분청이 청구법인의 수정신고서를 받은 날(92.7.3)로부터 90일이 경과한 다음 날인 92.10.2 을 국세환급가산금 기산일로 보아 국세환급가산금을 결정한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.