[요지] 쟁점취득세중과액은 쟁점①부동산의 양도에 따른 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득금액을 계산함에 있어서 그 취득원가에 산입되어 양도가액에서 공제되어야 하고 손금불산입 대상이 아니므로, 이와달리 과세한 처분은 부당함
[요지] 쟁점취득세중과액은 쟁점①부동산의 양도에 따른 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득금액을 계산함에 있어서 그 취득원가에 산입되어 양도가액에서 공제되어야 하고 손금불산입 대상이 아니므로, 이와달리 과세한 처분은 부당함
[주 문] 광화문세무서장이 93.4.1 청구법인에게 한
(1) 90.1.1～12.31 사업년도 귀속분 법인세 226,152,350원 및동 방위세 70,369,550원의 부과처분은 전라남도 OO시 O O동 OOOOOO 및 OO동 OOOOO의 2필지 토지 72,630㎡에 대한 취득세중과액 95,637,210원을 손금불산입 대상에서 제외하고, 그 취득원가에 산입하여 각 과세표준과 세액을 경정하고,
(2) 91.1.1～12.31 사업년도분 법인세 61,700,900원의 부과처분은 전라남도 OO시 OO동 OOOO 외 19필지 토지59,173㎡에 대한 비업무용 부동산 관련 지급이자를 계산함에있어서 동 부동산의 가액을 1,071,192,697원으로 하여 각 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 종로구 OO동 OO에 본점을 두고 전라남도 OO시 OO동 OOOOO과 경상남도 울산시 남구 OO동 OOO에 사업장을 두어 합성고무등을 제조하는 법인으로서
① 전라남도 OO시 OO동 OOOOOO 및 OO동 OOOOO의 2필지 토지 72,630㎡(이하 “쟁점①부동산” 이라 한다)를 86.1.16 취득하여 90.2.28 양도하고, 한편 쟁점①부동산에 대하여 그 취득후 5년 이내에 양도한 법인의 비업무용 토지라는 이유로 지방세법 제11조의 3에 의거 취득세 중과액 95,637,210원(이하 “쟁점취득세중과액”이라 한다)을 90.3.30 추가로 자진신고 납부한 후 90.1.1～12.31 사업년도의 법인세 과세표준 및 세액을 91.3.30 신고납부함에 있어서 위 추가납부한 쟁점취득세중과액을 쟁점①부동산의 취득원가에 산입하여 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득금액을 계산하였고,
② 89.11.17 취득하여 91사업년도말 현재 보유하고 있는 전라남도 OO시 OO동 OOOO외 19필지 토지 59,173㎡(이하 “쟁점②부동산”이라 한다. 각 지번 및 면적은 별지 쟁점②부동산가액 명세 참조)와 기타부동산에 대하여 법인세법 제18조의 3 및 동법시행령 제43조의 2 규정에 의한 비업무용부동산 관련 지급이자계산시 쟁점②부동산의 가액을 장부가액인 517,564,827원으로 하여 지급이자를 계산하는등 비업무용부동산 관련 지급이자 합계액 623,611,917원을 계산, 손금불산입하고 91사업년도의 법인세 과세표준 및 세액을 92.3.30 신고납부 하였다. 처분청은
(1) 청구법인이 위 추가납부한 쟁점취득세중과액(95,637,210원)을 법인세법시행령 제30조에서 정한 업무무관자산비용으로 보아 손금불산입함으로써 취득원가에서 제외하여 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득금액을 계산, 경정하는등 사유로 93.4.1 청구법인에게 90사업년도분 법인세 226,152,350원 및 동 방위세 70,369,550원(이 세액은 당초 경정고지된 법인세 240,979,300원 및 동 방위세 75,459,160원이 심사결정에 의하여 재경정된 잔여세액임)을 부과처분하였고
(2) 쟁점②부동산과 기타 부동산에 대한 비업무용부동산 관련 지급이자를 계산함에 있어서 쟁점②부동산은 그 취득가액(460,592,147원)과 장부가액(460,592,147원) 및 91년도분 개별공시지가에 의한 금액(4,174,870,000)중 개별공시지가에 의한 금액이 많은 금액이라는 이유로 법인세법시행령 제43조의 2 제8항에 의거 개별공시지가에 의한 금액인 4,174,870,000원을 쟁점②부동산의 가액으로 하여 지급이자를 계산하는등 비업무용부동산 관련 지급이자 합계액 1,453,556,632원을 계산하여 차액 829,944,715원(=1,453,446,632원 - 623,611,917원, 이 차액은 심사결정에 의하여 비업무용부동산 지급이자 합계액이 1,347,597,422원으로 감액됨에 따라 105,959,210원이 감액된 723,985,505원으로 경정됨)을 손금불산입 하는 등 사유로 93.4.1 청구법인에게 91사업년도분 법인세 61,700,900원(이 세액은 당초 경정고지된 법인세 78,597,110원이 심사결정에 의하여 재경정된 잔여세액임)을 부과처분 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.5.14 심사청구를 하고 93.7.2 심사결정서를 받은후 93.8.31 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
(1) 청구법인은 쟁점취득세 중과액을 손금으로 계상한 것이 아니라 쟁점①부동산의 취득원가에 산입하여 자산으로 계상하였고, 한편 법인세법 시행령 제30조 제1호의 규정은 업무와 무관한 자산이라고 하여 대차대조표 계상능력이 없는 것은 아니므로 업무무관자산이라 하더라도 자산으로 당연히 인정은 하되 그 자산을 운용관리하는데 발생되는 비용을 손금불산입 한다는 취지로 해석되어야 할 것인 바, 자산성을 인정하는 한 자산의 취득원가 구성요소인 취득세, 등록세등의 취득부대비용은 업무무관자산 관련 경비에서 제외되어야 하며, 따라서 쟁점취득세중과액을 손금불산입한 처분은 부당하다는 주장이고,
(2) 쟁점②부동산에 대한 비업무용부동산 관련 지급이자를 계산함에 있어서 당초 결정된 91년도분 개별공시지가는 잘못조사된 부당한 가액이므로 장부가액으로 하든지 또는 위 당초결정된 91년도분 개별공시지가가 낮은 가액으로 93.9.18 경정되었으므로 OO동 OOOO외 17필지 58,752㎡의 가액은 이 경정된 개별공시지가에 의한 금액으로 하고 나머지 OO동 O OOOOO도로 397㎡ 및 동소 OOOOOO 도로 24㎡, 합계 421㎡의 가액은 장부가액 3,240,797원으로 하여야 한다는 주장이다.
(1) 법인이 업무에 관련없는 자산을 취득관리하는데 생기는 비용·유지비·수선비 등은 손금불산입 사항이라고 법인세법 제16조 제7호 및 동법시행령 제30조 제1호에서 규정하고 있고 또한 쟁점①부동산은 비업무용토지에 해당될 뿐 아니라 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지 않고 양도한 것으로서 업무와도 관련 없는 토지에 해당하므로 취득원가에서 제외하여, 즉 손금불산입하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이며,
(2) 법인세법시행령 제43조의 2 제8항에 의하면 비업무용 부동산 관련 지급이자를 계산함에 있어서 동 부동산가액은 취득가액이나 장부가액 또는 개별공시지가에 의한 금액중 많은 금액으로 하게 되어 있으므로 가장 많은 금액인 개별공시지가에 의한(4,185,780,000원)으로 한 처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단 이 사건의 다툼은
(1) 쟁점①부동산의 양도에 따른 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득금액을 계산함에 있어서 쟁점취득세중과액이 손금불산입대상으로서 그 취득원가에 산입되지 아니하는 것인지 여부와
(2) 쟁점②부동산에 대한 비업무용부동산 관련 지급이자를 계산함에 있어서 동 부동산의 가액을 얼마로 할 것인지에 있다 하겠다.
① 법인세법 제59조의 2에서 특별부가세의 과세표준이 되는 양도차익은 양도가액에서 취득가액등을 공제한 금액으로 한다고 하였고 동법시행령 제124조의 2 제2항과 제48조 제1항에 의하면 위 취득가액은 매입당시의 대가에 “취득세, 등록세, 기타 부대비용”등을 포함한 가액으로 하게되어 있으며,
② 법인세법 제9조 제3항에 의하면 손금이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 되어 있고 동법시행령 제12조 제2항 제1호에서는 “양도한 자산의 양도당시의 장부가액”을 손비로 규정하고 있으며,
③ 법인세법 제16조 제7호에 의하면 “법인이 각 사업년도에 지출한 경비중 대통령령이 정하는 바에 의하여 직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액”은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 되어 있고 동법시행령 제30조 제1호에서는 “법인이 그 업무에 관련이 없는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비·수선비와 이에 관련된 손비”를 위 “직접 그 업무에 관련이 없다고 정부가 인정하는 금액”으로 규정하고 있으며,
④ 지방세법 제11조에 의하면 취득세의 세율은 1000분의 20이나 법인의 비업무용 토지등에 대하여는 위 세율의 100분의 750으로 하게 되어 있고 동법 제112조의 3에서는 법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용 토지가 된 경우(5년 이내에 정당한 사유없이 이를 매각하는 경우를 포함한다)에는 제112조 제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. 다음으로 사실관계를 보면,
① 쟁점취득세중과액(95,637,210원)은 지방세법 제11조의 3에 의하여 동법 제112조 제2항의 중과세율로 계산한 세액과 기납부한 세액과의 차액으로서 청구법인이 자진 신고납부한 금액임이 확인되고[735,670,890×(21/1000 × 750/100 - 20/1000) = 95,637,210원, 본산식에서 20/1000은 기과세분임]
② 청구법인은 쟁점취득세중과액을 90.3.30 납부하고 이를 쟁점①부동산의 취득원가에 산입, 계상하였으며 91사업년도의 법인에 과세표준 및 세액을 91.3.30 신고납부함에 있어서 동 중과액이 포함된 취득원가를 양도가액에서 공제하여 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득을 계산하였음이 청구법인의 기장내용과 법인세 신고서등에 의하여 확인되고,
③ 쟁점①부동산은 청구법인이 취득한 후 청구법인의 업무에 직접관련이 없는 자산이었음이 인정된다. 살피건대, 첫째, 취득세는 법인세법령의 규정에 의할 때 원칙적으로 당해 재산의 취득가액에 산입되고 직접적인 손금으로 처리하지 아니하게 되어 있는 것으로서 법인이 고정자산을 외부에서 취득한 경우의 취득원가는 매입당시의 그 대가로 하고 이 경우에 그 대가에는 등록세, 취득세, 기타 부대비용을 포함하며(법인세법시행령 제48조 제2항 제1호), 이 취득원가는 감가상각 자산인 경우 감가상각을 통하여 손금으로 계상된다 할 것이고 비상각 자산의 경우는 양도(처분)될 때 손금으로 계상된다 할 것이므로 취득세는 자산의 취득원가에 포함되어야 하고 달리 직접적인 손익계산의 대상이 되지 아니한다 하겠는데(대법원 81누112, 84.2.14, 법인세법 제16조 제16호가 90.12.31 신설되기 전의 국세청 예규 법인 22601-699, 86.3.3 같은 취지임) 청구법인은 쟁점취득세중과액을 쟁점①부동산의 취득원가에 산입, 계상하여 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득금액을 계산, 법인세 과세표준과 세액을 신고납부하였음이 확인되고, 둘째, 위 “첫째”의 이유에 비추어 볼 때 법인세법시행령 제30조 제1호에서 정한 업무무관경비에 당해재산의 취득원가에 산입되는 비용은 포함되지 아니하는 것으로 해석, 적용함이 타당하며, 셋째, 법인세법 제16조 제16호(90.12.31 신설)에 의하면 “토지초과 이득세와 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지에 대한 취득세(동법 동조 제1항의 규정에 의한 세액을 초과하는 금액에 한한다)는 각 사업년도의 소득금액 계산상 손금에 산입하지 아니한다”는 규정이 90.12.31 신설되었으나 이 규정은 동 법 부칙(90.12.31 법률 제4282호) 제1조 및 제2조에 의하여 91.1.1부터 시행되고 91.1.1 이후에 개시하는 사업년도분부터 적용하게 되어 있는 바, 이상내용을 모두어 볼 때 쟁점취득세중과액은 90.2.28 양도한 쟁점①부동산의 경우 취득원가에 산입되어야 하고 손금불산입대상이 아니라 할 것이다. 그렇다면 쟁점취득세중과액은 쟁점①부동산의 양도에 따른 특별부가세 양도차익과 각 사업년도의 소득금액을 계산함에 있어서 그 취득원가에 산입되어 양도가액에서 공제되어야 하고 손금불산입 대상이 아니므로, 이와달리 과세한 처분은 부당한 반면, 청구주장은 이유있는 것으로 판단된다.
① 쟁점②부동산이 비업무용부동산에 해당됨에는 다툼이 없고,
② 동 부동산의 취득가액 및 91사업년도 종료일 현재 장부가액은 각각 517,564,827원이고 91년도의 개별공시지가에 의한 금액은 당초 4,156,310,000원이었으나 청구법인의 재조사청구에 의하여 OO시장(도시 58323-1039, 93.9.18 개별공시지가 재조사경정 지가 통지)이 1,067,951,900원으로 93.9.18 경정하였음이 확인된다. 살피건대, 첫째, 쟁점②부동산에 대한 비업무용부동산 관련 지급이자를 계산함에 있어서 쟁점②부동산중 OO동 OOOO외 17필지 토지 58,752㎡는 91년도분 개별공시지가에 의한 금액이 당초에는 4,156,310,000원이었으나 1,067,951,900원으로 93.9.18 경정되었으므로 이 경정된 가액을 91년도분공시지가로 적용하여야 하고 이 경정된 가액(1,067,951,900원)은 그 취득가액 및 장부가액보다 많으므로 위 경정된 개별공시지가에 의한 금액(1,067,951,900원)을 위 OO동 OOOO외 17필지 토지 58,752㎡의 가액으로 하여야 하며, 둘째, 나머지 2필지 421㎡(OO동 O OOOO 도로 397㎡, 동소 OOOOOO 도로 24㎡)는 지적공부는 물론 실제로도 도로로서 개별공시지가 결정에서 평가제외되었음이 OO시장이 93.2.9 확인한 개별공시지가 평가기준확인서에 의하여 확인되므로 장부가액(취득가액 같음)에 의한 금액 3,240,797원으로 함이 적법한 바, 쟁점②부동산의 가액은 합계 1,071,192,697원(=1,067,951,900원 + 3,240,797원)으로 계산된다 하겠다.(별지 쟁점②부동산 가액 명세 참조) 따라서 쟁점②부동산에 대한 비업무용부동산 관련 지급이자를 계산함에 있어서 동 부동산의 가액을 처분청이 4,174,870,000원으로 한 것은 부당한 반면 1,071,192,697원으로 경정함이 타당한 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 전부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.