[주 문]
1. 92.10.16 청구법인에게 납부고지한 87.9.1부터 91.8.31 까지의 4개 사업년도분 법인세 593,055,980원 및 동 방위세 48,209,050원의 부과처분은 다음과 같이 경정한다. (가) 청구법인 소유의 인천시 서구 OO동 OOOOOO 잡종지 44,586.7㎡의 비업무용부동산가액에 대한 90.8.31종료하는 사업년도의 지급이자손금불산입액은 91.8.31종료하는 사업년도의 법인세에 가산하여 이를 경정한다. (나) 청구법인 소유의 비업무용부동산 가액의 평가액중 90.8.31종료하는 사업년도분에 대하여 공시지가로 평가한 처분은 부당하므로 쟁점 비업무용 부동산의 당초취득가액·장부가액·내무부시가표준액중 많은 금액으로 하여 경정한다. (다) 부천공장의 부수토지중 야적장은 청구법인이 상시 야적장 용도로 사용하였는지의 여부 및 그 면적을 재조사하여 이를 비업무용부동산에서 제외하여 경정한다.
2. 처분청이 부천공장 및 군산공장 취득당시의 공장입지기준면적율을 적용하지 아니하고 사업년도 종료일 현재의 공장입지기준면적율을 적용하여 비업무용토지면적을 계산한 처분은 부당하다는 청구주장에 대하여는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 원처분개요 처분청은 청구법인 소유의 인천시 서구 OO동 OOOOOO 잡종지 44,586.7㎡(이하 “인천토지”라 한다)와 경기도 부천시 중구 OO동 OOOOO과 같은동 OOOO, OOOO 및 OOOO번지의 4필지 공장부지 49,586.3㎡중 공장입지 기준면적을 초과한 토지 22,058.7㎡(이하 “부천공장”이라 한다)와 전북 군산시 OO동 OOOOO과 같은동 OOOOO, OOOOOO, OOOOO 및 OOOOO의 5필지 공장부지 23,672㎡중 공장입지기준면적을 초과한 토지 4,135.7㎡(이하 “군산공장”이라 한다)를 비업무용토지로 보고 청구법인이 각 사업년도 법인세 신고시 지급이자등으로 손금계상한 금액중 이건 비업무용토지 가액에 상당하는 차입금에 대한 지급이자등을 손금부인하고 87.9.1부터 91.8.31까지 4개 사업년도분 법인세 593,055,980원 및 방위세 48,209,050원 계 641,265,030원을 92.10.16 추가납부토록 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.12.15 심사청구를 거쳐 93.4.8 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 첫째, 처분청이 비업무용토지로 인정한 토지중 인천토지는 90.7.20 취득하였으므로 취득일이 속하는 사업년도의 지급이자부인액에 대한 법인세는 취득일로부터 1년이 되는날이 속하는 91.8.31 종료하는 사업년도의 법인세에 가산하여야 함에도 불구하고 90.8.31 종료하는 사업년도의 법인세에 가산하여 가산세를 부과한 처분은 부당하고, 둘째, 처분청이 부천공장 및 군산공장의 비업무용토지에 대해 90.8.31 종료하는 사업년도의 가액을 개별공시지가로 평가한데 대하여 법인세법시행령 제43조의 2 제2항 후단신설규정(대통령령 제12878호, 89.12.30)은 이령 시행(90.1.1)후 최초로 개시하는 사업년도부터 적용토록 동 시행령 부칙에서 규정하고 있으므로 89.9.1 개시되어 90.8.31 종료하는 사업년도의 비업무용토지가액을 공시지가로 평가한 당초처분은 부당하다는 주장이며, 셋째, 처분청이 부천공장 및 군산공장 취득당시의 공장입지기준면적율을 적용하지 아니하고 사업년도 종료일현재의 공장입지기준면적율을 적용하여 비업무용토지면적을 계산한 처분은 부당하고, 넷째, 부천공장내의 토지중 일부는 원재료 또는 제품의 야적장으로 사용되고 있음에도 이를 비업무용부동산에 포함하여 이에 관련된 차입금지급이자상당액을 손금부인한 것은 부당하다는 주장이다.
3. 국세청장 의견요지 첫째, 청구법인이 자진신고납부를 이행하지 아니한 경우에는 관련 지급이자 부인액 상당액을 과세표준금액에 미달하게 신고한 것으로 보아 과소신고가산세를 적용하는 것이므로 당초처분이 정당하다는 의견이며, 둘째, 법인세법 시행규칙 제18조 제1항 제2호와 관련부칙 제1조 및 제2조에 의거 90.4.4 이후 최초로 종료하는 사업년도부터 개별공시지가를 적용하는 것이므로 당초처분 정당하다는 의견이고, 셋째, 법인세법시행규칙 제18조 제13항(공장입지 기준면적율은 건축허가 또는 공장등록 당시에 적용되는 공장입지기준면적율을 적용한다)의 규정은 관련부칙에서 90.10.22이후 최초로 종료하는 사업년도부터 적용하도록 규정하고 있으므로 당초처분은 정당하다는 의견이며, 넷째, 부천공장내의 토지중 야적장으로 사용된 부분에 대하여 비업무용으로 판정한 것은 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제18호(야적장·하치장용토지에 대한 비업무용범위)의 시행시기(90.4.4) 이전의 사업년도에 대한 처분이므로 당초처분 정당하다는 의견이다.
4. 쟁점 이 건의 쟁점은 비업무용토지판정 및 가액산정에 대한 적정성 여부를 가리는데 있다할 것이다.
5. 심리 및 판단 《첫째주장에 대하여 살펴본다》
- 가. 이 건 관련법령을 보면 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호에서 “부동산을 취득한 후 6월(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 비업무용부동산으로 본다라고 규정하고, 같은규칙 제18조 제7항에서 “위의 제3항 제1호의 규정에 의한 기한내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날부터 비업무용 부동산으로 본다. 이 경우 제3항 제1호의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도 이전 사업년도의 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 때에는 동 세액을 제3항 제1호의 규정에 의한 기한이 경과된 날이 속하는 사업년도의 법인세에 가산하여 납부한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 이건 사실관계 및 과세경위를 살펴보면 쟁점 부동산중 90.7.20취득하여 취득일로부터 1년이되는 날까지 裸대지상태로 있는 인천토지에 대하여 취득한 날부터 비업무용 부동산으로 본 것에 대하여는 다툼이 없으며, 취득일이 속하는 사업년도의 지급이자손금부인액에 대한 법인세를 90.8.31 종료하는 사업년도에 가산하여 경정하였음을 알 수 있다.
- 다. 위에서 살펴본 관련법령에서와 같이, 취득일이 속하는 사업년도의 지급이자손금부인액에 대한 법인세는 취득일로부터 1년이 경과된 날이 속하는 사업년도(90.9.1～91.8.31)의 법인세에 가산하여야 함에도 불구하고, 90.8.31종료하는 사업년도에 가산하여 법인세를 계산한 당초처분은 적법한 처분이라고 할 수 없다 할 것이다. 《둘째주장에 대하여 살펴본다》
- 가. 이 건 관련법령을 보면 법인세법 제18조의3 제1항에서 “당해법인의 업무에 직접 관련없는 부동산을 보유하고 있는 내국법인이 각사업년도에 지급한 차입금의 이자중 그 자산가액한도내에서 대통령령이 정하는 금액은 각사업년도의 소득금액계산상 이를 손금불산입하지 아니한다”라고 규정하고, 같은법시행령 제43조의2 제1항 제2호에서 위 법에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 “지급이자 ×으로한다”라고 규정하고, 같은조 제2항에서 “위 제1항의 산식중 총차입금 및 자산의 합계액은 적수로 계산한 금액을 말한다. 이 경우 비업무용 부동산은 취득가액이나 당해 사업년도 종료일 현재의 장부가액 또는 재무부령이 정하는 기준시가중 많은 금액으로 한다”라고 89.12.30 대통령령 제12878호로 신설되었으며, 관련부칙 제1조 및 제2조에서 이 영은 90.1.1부터 시행하되 이 영 시행후 최초로 개시하는 사업년도분부터 적용한다라고 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제18조 제1항에서 위 시행령 제2항 후단에서 “재무부령이 정하는 기준시가”라 함은 “토지의경우 시장·군수·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지의 지가를 말한다”라고 규정하고 있다.
- 나. 따라서, 9.1부터 익년도8.31까지를 1과세사업년도로 하고있는 청구법인에 있어서 90.1.1이후 최초로 개시하는 사업년도인 90.9.1～91.8.31 사업년도분부터 공시지가로 평가한 가액에 의하여 지급이자의 손금불산입액을 계산하여야 함에도 89.9.1～90.8.31 사업년도분에 대하여 공시지가로 평가한 가액에 의하여 지급이자의 손금불산입액을 계산한 당초처분은 부당하다고 판단된다. 《셋째주장에 대하여 살펴본다》
- 가. 이 건 관련법령을 보면 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 (가)목에서 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호(90.4.4 개정이전에는 공업배치법 제6조)에 규정된 공장입지기준면적을 초과하는 토지는 같은법시행령 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 정한 “비업무용 부동산등”이라 규정하고, “위 규칙 제3항 제2호의 규정에 의하여 건축물 부속토지의 기준면적을 계산함에 있어서 공장입지기준면적율은 건축허가 또는 공장등록 당시에 적용되는 공장입지기준면적율등을 적용하여 산출한다”라는 법인세법 시행규칙 제18조 제13항이 90.10.22(재무부령 제1835호)신설되었다.
- 나. 청구인은 위 관련법령에 기술된 법인세법 시행규칙 제18조 제13항은 과거 공장입지기준면적율 적용규정이 불명확하여 이를 보완키 위하여 90.10.22 신설된 것이므로 동 규칙이 신설되기 이전에도 건축허가 또는 공장등록당시의 공장입지기준면적율이 적용되어야 한다고 주장하고 있는 바, 이 건 관련 사실들을 살펴본다. 이 건 해당업종의 공장입지기준면적율은 86.7.1 이전에는 25%였으나, 그 이후에는 40%이었음이 상공부 고시 제86-20호(86.6.4)에 의하여 확인되고, 이 건 쟁점이 된 부천공장은 67.9.30 건축허가를 받아 69.5.13 공장등록되었고, 군산공장은 80.2.15 건축허가를 받아 81.3.18 공장등록되었음이 공장등록원부에 의하여 확인되며, 처분청이 청구법인의 90.8.31 이전 3개 사업년도(87.9.1～90.8.31)에 대하여 개정된 공장입지기준면적율(40%)을 적용하여 비업무용부동산 면적을 계산하였음이 처분청 제시의 결정결의서에 의하여 확인된다.
- 다. 한편, 위 관련법령에 기술된 법인세법 시행규칙 제18조 제13항의 관련부칙 제1조 및 제2조에서 “이 규칙은 이 규칙 시행(90.10.22)후 최초로 종료하는 사업년도분부터 적용한다”라고 규정하고 있다. 따라서 이 규칙이 시행되기 이전에 종료하는 사업년도(이 건의 경우 87.9.1～90.8.31)에 대하여 개정된 공장입지기준면적율(40%)을 적용하여 비업무용부동산의 면적을 계산한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다. 《넷째주장에 대하여 살펴본다》
- 가. 법인세법시행규칙 제18조의 체계를 보면 제3항에서 “비업무용부동산이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다”라고 규정하면서 제1호에서는 부동산의 용도에 관계없이 모든 부동산에 일반적으로 적용되는 비업무용 판정기준을 규정하고 제2호 내지 제23호에서는 부동산 용도별로 비업무용부동산에 대한 구체적 판정기준을 규정하고 있어 당해부동산이 제2호 내지 제23호의 부동산에 해당하지 않는 경우에는 제1호에 의해 비업무용부동산 해당여부를 판정토록 되어 있음을 알 수 있으며, 90.4.4 이전에는 “야적장”에 대해 비업무용 판정기준을 별도로 두고 있지 않다가 90.4.4(재무부령 제1818호) 같은조 같은항 제18호에 “야적장”에 대한 비업무용판정기준을 신설하였다.
- 나. 따라서, 90.4.4 이전의 경우에는 법인이 취득후 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호에 규정된 기간내에 사실상 당해법인의 업무에 직접·상시 사용되는 “야적장”은 비업무용토지에서 제외하여야 한다고 판단된다(감사원 92년 감실 제30호, 92.4.8 동지임)
- 다. 따라서 쟁점공장의 현장사진 및 쟁점공장의 창고면적, 부수토지면적, 평상시의 재고량등을 종합하여 볼 때 쟁점공장 부수토지중 일부가 야적장용도로 사용되었음이 인정되므로 사실상 야적장으로 상시 사용된 면적을 조사하여 비업무용부동산에서 제외하였어야 함에도 동 조사를 하지 아니하고 이를 비업무용부동산으로 본 처분은 잘못된 처분이므로 사실상 야적장으로 상시 사용된 면적을 재조사하여 비업무용부동산 해당여부를 가려야할 것이다.
6. 결론 이상과 같이 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.