토지를 9.2.3 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용당한 경우로서 조세감면규제법 부칙(90.2.3 법률 제4285호) 제4조에 의거 양도소득세가 면제된 경우 같은법 제88조의 2의 양도소득세 감면의 종합한도 규정을 적용할 수 없는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 91.9.3 경기도 고양군 일산읍 OO리 OOO 외 19필지 전·답 57,841.95㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOOO개발공사에 3,093,821,390원에 양도하고, 92.5.31 조세감면규제법 제57조(공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등 감면) 제1항 제2호와 같은법 제88조의 2(양도소득세 감면의 종합한도) 및 같은법부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제14조의 규정에 의거 양도소득세 1,080,698,693원 중 3억원을 감면신청하고 그 차액 775,273,557원을 신고납부한 후 92.6.29 위 같은법부칙 제14조의 규정을 근거로 양도소득세 전액을 감면하여 위 차액을 환급하여 달라고 수정신고하였다. 처분청은 92.11.10 관계법령 【조세감면규제법 제57조 제1항 제2호 및 제88조의 2와 같은법부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제14조 및 제20조】에 의거 청구인의 위 수정신고내용은 이유없다고 보아 92.11.10 청구인에게 당초 신고내용대로 91년도분 양도소득세 1,080,698,693원 중 3억원만을 감면하고 그 초과분 775,273,557원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.12.24 심사청구를 거쳐 93.4.12 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 조세감면규제법 제88조의 2의 규정(양도소득세 감면의 종합한도)은 개인이 같은법 제57조, 제60조, 제67조의 4 규정에 의하여 양도소득세를 감면받는 경우에만 적용되는 규정이며, 같은법 부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제14조는 같은법 제57조 제1항, 제60조 제1항의 개정규정에 불구하고 양도소득세를 면제한다고 규정되어 있는 바, 같은법 제88조의 2 규정은 같은법 제57조, 제60조의 규정이 적용되어 50% 감면되는 경우에만 감면세액 3억원을 한도로 한다는 규정으로 보아야 하고, 같은법 부칙 제14조가 적용되는 경우에는 해당되지 않는 것이므로 처분청이 같은법 제88조의 2의 규정을 적용하여 양도소득세 3억원만을 감면하여 준 것은 잘못이라는 주장이다. 국세청장은 조세감면규제법 제88조의 2 규정은 정책목적상 감면해주는 경우라도 한 사람이 3억원 이상의 토지양도소득을 얻은 경우까지 모두 감면해 주는 것은 고소득자에게 지나친 혜택을 주어 과세형평상 문제가 있어 감면액에 한도를 설정한 것이므로 91.1.1 이후 양도분에 대하여는 과세기간별로 양도소득세의 합계액이 3억원을 초과하는 경우 그 초과하는 부분에 대하여는 감면하지 아니하는 것으로 보인다. 따라서 청구인은 91.9.3 쟁점토지를 양도하였으며 그 세액이 3억원을 초과하였으므로 그 초과세액에 대하여 처분청이 감면을 배제하고 환급을 거부한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 토지를 91.12.31 이전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 수용당한 경우로서 조세감면규제법 부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제14조에 의거 양도소득세가 면제된 경우 같은법 제88조의 2의 양도소득세 감면의 종합한도 규정을 적용할 수 없는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

① 조세감면규제법 제57조 제1항(90.12.31 개정된 것) 제2호에서 “토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생한 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의50에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정하고 있고, 같은법 부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제14조에서는 “법 제57조 제1항 제2호에 해당되어 토지 등을 91년 12월 31일 이전에 양도하는 경우에는 제57조 제1항의 개정규정에 불구하고 양도소득세를 면제한다”고 규정하고 있다.

② 같은법 제88조의 2의 규정(90.12.31 신설된 것)에서는 “개인이 제57조의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”고 규정하고 있고, 같은법 부칙(90.12.31 법률 제4285호) 제20조에서는 “제88조의 2의 개정규정은 이 법 시행(91.1.1)후 최초로 종료하는 과세기간분부터 적용한다”고 규정하고 있다.

• 다. 위 다툼에 대하여 본다. 첫째, 위 조세감면규제법 제88조의 2(양도소득세 감면의 종합한도)의 입법취지는 양도소득세를 정책목적상 감면해 주는 경우라도 한 사람이 3억원 이상의 토지양도소득을 얻는 경우까지 모두 감면해 주는 것은 고소득자에게 지나친 혜택을 주어 과세형평상 문제가 있다고 보아 감면액에 한도를 설정한 것이며 위 같은법 부칙 제20조에서 위 규정은 91.1.1 이후 양도분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 같은법 제57조의 제1항에 의거 양도소득세의 50/100을 감면받거나, 위 부칙 제14조에 의거 양도소득세를 면제받거나 어느 경우에도 91.1.1 양도분부터는 위 양도소득세 감면의 종합한도 규정을 적용받는다고 할 것이다. 둘째, 이 건은 91.9.3 OOOO개발공사에 쟁점토지를 양도하였으므로 처분청이 위 관계법령에 의거 이 건 양도소득세 1,080,698,693원 중 3억원만을 감면하고 그 초과분 775,273,557원을 감면배제한 당초처분은 적법 타당하고 청구인은 관계법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.