특별부가세 감면요건에 해당되는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되어 법인으로 취급되는 단체로서 다음의 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 양도하고 특별부가세 감면신청을 하지 아니하였다. 다 음 부 동 산 양 도 일

① 서울시 성북구 OO동 OOOOOOO 주택(대지 201㎡, 건물 49.79㎡)

② 〃 OOOOOO 주택(대지 60㎡, 건물 36.97㎡)

③ 〃 동대문구 OOO동 OOOOO OOOOO OOOOOO(50평형) 90.3.20 90.12.5 90.12.26 처분청은 청구법인으로부터 위 양도에 대한 특별부가세 감면신청이 없었다는 이유로 조세감면규제법 제67조의 14에서 정한 감면적용을 배제하고 92.10.20 청구법인에게 90.1.1～90.12.31 사업년도분 특별부가세(법인세) 47,074,380원 및 동 방위세 7,992,250원을 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복, 92.10.30 이의신청을 하여 92.11.26 그 결정서를 받고 다시 93.1.14 심사청구를 하여 93.3.12 심사결정서를 받은 후 93.3.27 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 특별부가세 감면신청을 하지 아니한 것은 사실이나 이는 법인세법 제59조의 3 제1항 제17호가 89.12.30 삭제되고 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 제2호의 규정이 신설된 것을 모른채 교회의 부동산양도에 대하여는 종전의 법인세법 규정에 의하여 당연히 특별부가세가 면제되는 것으로 알았기 때문이며, 한편 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 제2호에 의하면 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제하는 것”이 그 취지·목적으로 되어 있고 청구법인이 쟁점부동산의 양도금액을 교회 이전용 대지구입등에 사용하였음은 동 법조항의 특별부가세 면제취지에 부합되는 것이므로 본 건 면제를 배제하고 과세한 처분은 부당한 것으로서 취소되어야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제67조의 14 제4항에 의하면 본 건 면제는 면제신청이 있는 경우에 한하여 적용하게 되어 있으므로 면제신청이 없었던 이 건에 대한 과세처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 이 사건은 쟁점부동산의 양도소득의 경우 조세감면규제법 제67조의 14에서 정한 특별부가세 감면요건에 해당되는지 여부를 가리는데 있다 하겠다. 먼저 조세감면규제법 제67조의 14 제1항 제2호에 의하면 종교법인이 고유목적에 직접 사용하는 토지등을 그 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 되어 있고 동 제4항에서는 『제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 되어 있어 면제신청이 감면의 필수요건임을 알 수 있다. 이 건의 경우 청구법인은 쟁점부동산을 양도한 후 그 양도소득에 대하여 특별부가세 면제신청을 한바 없음이 청구주장과 처분청의 과세기록에 의하여 확인된다. 따라서 쟁점부동산의 양도소득은 조세감면규제법 제67조의 14에서 정한 특별부가세 감면요건에 해당되지 아니한다. 그렇다면 쟁점부동산의 양도소득은 특별부가세 감면요건에 해당되지 아니하므로 본 건 특별부가세를 과세한 처분은 정당한 반면 이와 다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.