[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구인은 76.5.17 서울시 서초구 OO동 OOOO, O, O 및 OO 소재 전 227.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 89.9.21 서울시 OOO공사 직장주택조합에 국민주택 건설용지로 양도하고 관련 양도소득세를 납부한 후 쟁점토지상에 신축된 조합주택의 준공일(92.6.23)부터 3월이 경과한 92.10.5 위 납부한 양도소득세 기납부세액의 환급신청을 하였다. 처분청은 청구인의 양도소득세 환급신청에 대하여 국민주택건설용토지 양도에 적용되는 양도소득세의 감면을 배제하고 92.10.15 양도소득세 환급신청서를 반려하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.12.14 심사청구를 거쳐 93.3.27 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구인 주장 청구인은 63년도부터 30년여간 목회활동을 하면서 89년도부터 현재까지 제주도에서 목사로서 교회일을 보고있는 사람으로 76.5.17 쟁점토지를 취득하여 소유하다가 89.9.21 쟁점토지를 OOOOO공사 주택조합에 조합주택건설용지로 매각하고, 90.12.14 양도소득세 33,237,370원을 납부하였으며, 그후 92.6.23 쟁점토지위에 조합주택이 준공되었으나 청구인이 환급신청서류나 환급신청기한을 잘 몰라 조합주택이 준공된 날로부터 3개월이 지난 92.10.5 서부세무서에 국민주택건설용 토지의 양도소득세액 환급신청서를 제출한 데 대하여 처분청은 환급신청기한 경과의 사유로 환급신청서를 반려하였는 바, 청구인은 법에 정한 실체적 요건을 모두 갖추고 있고 단지 생활근거지가 제주도이고 세금에 대해 문외한이라 양도소득세 환급신청서를 법정기한 직후에 제출한 것이며, 기한내인 1992.9.20 제주세무서에 신청서 제출을 위해 방문한 점등을 감안할 때, 적법한 신청으로 보아 기납부한 양도소득세등의 환급을 하여야 한다.
- 나. 국세청장 의견 쟁점토지의 부동산등기부등본에 의하여 89.8.11 청구인은 매매를 원인으로 89.10.4 등기접수하여 OOOOO공사 OO주택조합에 쟁점토지를 매각하였고, 위 주택조합이 쟁점토지 매수일로 부터 3년 이내에 조합주택을 건설하여 1992.6.23 준공되었음이 건축물관리대장에 의해 확인되며, 청구인이 1992.10.5 국민주택건설용 토지세액 환급신청서를 처분청에 제출하였는 바, 청구인은 조세감면규제법 OO2조 제1항 및 제3항과 동법시행령 제50조 제9항의 규정에 의해 당해 국민주택이 준공된 1992.6.23 부터 3월 이내에 국민주택건설용 토지세액 환급신청서를 처분청에 제출하여야 함에도 기한 경과후인 1992.10.5 일자로 처분청에 환급신청한 것이므로 법정기한내에 환급신청하지 않은 청구인에게 처분청이 1992.10.15 자로 국민주택건설용 토지세액 환급신청서를 반려한 처분에는 달리 잘못이 없다.
3. 심리 및 판단
- 가. 이건 심판청구의 다툼은 처분청이 청구인의 92.10.5 자 양도소득세 환급신청을 기한이 도과한 부적법한 신청으로 보아 반려한 처분의 당부를 가리는데 있다.
- 나. 관련법령인 조세감면규제법 OO2조(국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 면제)제1항에서는 “① 내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다. 다만, 한국토지개발공사법에 의한 한국토지개발공사(이하 이 건에서 “한국토지개발공사”라 한다)기타 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다. (88.12.21 개정)”고 규정하고 동법 시행령 제50조 제9항에서는 “①법 OO2조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 환급받고자 하는 내국인은 당해 국민주택이 준공된 날로부터 3월 이내에 재무부령이 정하는 국민주택건설용 토지세액환급신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 당해내국인의 납세지관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고 기한전에 준공된 경우에는 당해과세표준 신고기한내에 제출할 수 있다. (87.12.31 개정)
1. 당해국민주택이 준공된 사실을 증명하는 서류
2. 당해토지에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 납부한 사실을 증명하는 서류
3. 신청자가 환급받을 권리를 양도받은 자인 경우에는 제14항의 규정에 의한 국민주택건설용 토지세액환급권 양도서”로 규정하고 있어 국민주택건설용지로 양도된 토지에 대한 기납부 양도소득세의 환급신청은 당해국민주택이 준공된 날로부터 3월내에 환급신청서를 제출하도록 규정하고 있다. 그리고, 쟁점토지상에 신축된 OOOOO공사 조합주택의 준공일은 92.6.23이고 청구인의 처분청에 대한 환급신청서 제출일은 92.10.5로서 이는 양도소득세 환급신청서의 제출기한인 준공일로 부터 3월이 경과한 환급신청으로서 부적법하다. 청구인은 위 환급신청서의 제출이 늦어진 경위에 대하여 관련법령의 무지로 인한 것이므로 적법한 환급신청으로 보아야 한다고 주장하나 이유있는 주장으로 보기 어려워 받아들일 수 없다.
- 다. 따라서 처분청이 청구인의 92.10.5자 환급신청을 신청기한후 제출된 부적법한 환급신청으로 보아 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면을 배제하고 환급신청서를 반려한 당초처분에는 잘못이 없다고 할 것이므로 국세기본법 제81조 및 OO5조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.