공장의 양도가 사업의 포괄양도에 해당되어 세금계산서 발행의무가 없는지의 여부(경정)

[주 문] 주식회사에게 91.10.31 교부한 세금계산서(공급가액 968,869,423원으로 교부한 후 수정세금계산서로 763,464,930원 을 교부)를 적법한 공급시기에 교부한 세금계산서로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 중소기업진흥법 제13조의 규정에 의한 협동화사업장인 경기도 안산시 OO동 OOOOO(OO공업단지) 소재 주식회사 OOOO단지에 협동화 실천계획참가업체로 입주하고 있다가 위 단지 내에 있는 청구법인 지분인 면직물 나염임가공 공장건물 822.48㎡ 및 공장부지 826.43㎡, 기계장치등(이하 “쟁점공장”이라 한다)을 양수법인인 청구외 OO무역주식회사에게 양도함에 있어 91.2.27 매매대금 957,000,000원으로 매매계약을 체결하여 같은 날 계약금 400,000,000원을 수령하고 청구법인의 중소기업진흥기금 채무액 214,924,000원 및 청구법인의 OO무역주식회사에 대한 외상매입금 92,076,000원, 합계 307,000,000원을 상계처리하고 남은 잔금 250,000,000원을 91.10.8에 수령하였으며, 91.10.31 부가가치세 과세대상 재화 공급가액 763,464,930원의 세금계산서를 교부(당초에 968,869,423원으로 교부하였다가 91.11.31 763,464,930원으로 수정교부함)하고, 92.1.23 매출세액 76,346,493원에 대한 91년 제2기분 부가가치세 확정신고를 한 후에 92.5.2 쟁점공장의 양도는 사업의 포괄양도라고 하여 감액수정신고하였다. 처분청은 양수법인이 91.4.1 쟁점공장에 입주하여 제조활동을 영위하였으므로 이 때를 공급시기로 보아 91.10.31 교부한 위 세금계산서는 공급시기 이후에 발행된 세금계산서라는 이유로 세금계산서 미제출가산세 및 신고납부불성실가산세로 92.9.16 91년도 제2기분 부가가치세 29,066,080원을 청구법인에게 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.11.1 심사청구를 거쳐 93.2.12 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점공장의 양도는 사업의 포괄양도에 해당되어 재화의 공급으로 보지 아니하여야 하므로 처분청이 당초의 세금계산서 교부내용을 기준으로 이를 재화의 공급으로 보고, 재화의 공급시기를 양수법인이 입주한 날로 하여 부가가치세 미제출가산세 및 신고납부 불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구외 OO무역주식회사가 쟁점공장에 91.4.1 입주하여 공장을 가동하고 제조활동을 영위하였음이 확인되는 이 건은 청구법인과 양수법인이 OO무역주식회사의 매매계약서에서 부채의 일부 및 종업원 고용관계를 승계하지 아니한다고 하였으므로 사업의 포괄적인 양도에 해당하지 아니한다 할 것이므로 재화의 공급으로 보아야 할 것이고, 청구법인이 91.10.31을 공급시기로 보아 세금계산서를 교부하고 91년 제2기 부가가치세 확정신고 납부하였다가 92.5.2 사업의 포괄양도라고 하여 감액수정신고한 데 대하여 처분청이 거래시기를 양수인이 사업장에 입주하여 사용수익하게 된 날인 91.4.1을 거래시기로 보아 처분한 것은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 첫째, 쟁점공장의 양도가 사업의 포괄양도에 해당되어 세금계산서 발행의무가 없는지의 여부와, 둘째, 처분청이 쟁점공장의 공급시기를 양수법인이 쟁점공장에 입주한 날로 보아 세금계산서 미제출가산세와 신고납부 불성실가산세를 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 쟁점공장의 양도가 사업의 포괄양도에 해당되어 세금계산서 발행의무가 없는지의 여부. 부가가치세법 제6조 제1항에서 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다”라고 하고, 그 제6항에서 “재화를 담보로서 제공하는 것과 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다”라고 하고, 같은 법 시행령 제17조 제2항에서 “법 제6조 제6항에 규정하는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다”라고 규정하고 있다. 이상의 규정을 종합하여 보면, 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 포괄양도라 함은 사업용자산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리·의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것(대법 85누763, 86.1.21 참조)으로 해석된다. 그런데, 청구법인과 쟁점공장의 양수법인인 청구외 OO무역주식회사의 매매계약서 제4조(부채의 승계)에서 청구법인의 부채는 등기부상 근저당권설정 및 제증빙에 의하여 쌍방이 확인한 금액만 양수법인이 부담한다“라고 하고, 같은 계약서 제9조(종업원의 고용승계의 의무)에서 양수법인은 청구법인의 종업원을 원칙적으로 그대로 고용하지 아니하며, 퇴직금 및 종업원에 대한 일체의 임금채무를 인수하지 아니한다”라고 하고 있다. 따라서, 청구법인의 쟁점공장양도는 사업의 포괄양도라고 볼 수 없고 청구법인의 주장은 이유없다고 판단된다.
• 다. 쟁점공장의 거래시기를 언제로 볼 것인지에 대하여

(1) 부가가치세법 제9조(거래시기) 제1항에서 『재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다』고 규정하고 그 제1호에서 『재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때』, 제2호에서 『재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때』, 제3호에서 『제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때』를 열거하였으며, 같은 조 제3항에서 『사업자가 제1항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 간이세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다』고 규정하였고, 제4항에서 『제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다』고 규정하였다. 한편, 같은 법 시행령 제21조(재화의 공급시기) 제1항에서 『법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다』고 규정하고 그 제3호에서 『반환조건부판매·동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때』를 열거하였다. 이상의 규정을 종합하여 보면, 재화의 공급시기는 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때, 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용 가능하게 된 때로 보나, 조건부판매 등의 경우처럼 조건이 성취되어야 판매가 확정되는 거래에 있어서는 조건이 성취되어 재화의 판매가 확정되는 때를 재화의 공급시기로 본다는 의미로 해석된다.

(2) 사실관계

① 먼저, 쟁점공장 매매계약 및 대금지급조건 등의 변경사실에 대하여 살펴보면, 청구법인은 쟁점공장을 양도하기 위하여 OO무역주식회사와 91.2.27 매매계약서를 체결하여 매매대금 957,000,000원 중 계약금 400,000,000원은 위 계약일에 수령하고 중소기업진흥기금에 대한 청구법인의 부채 214,924,000원을 공제한 잔금 중 50,000,000원은 91.8.31에 수령하며 나머지는 양도등기 완료후 정산한다고 약정하였으나, 91.3.20 추가계약서를 작성하여 주식회사 OOOO단지가 중소기업진흥공단으로부터 협동화 실천계획 참가업체 변경승인을 받은 후에 매매물건의 잔금을 청산한다고 잔금지급 조건을 변경하였고, 91.3.30 다시 추가계약서를 작성하여 91.3.20의 추가계약사항이 원만히 이루어지지 못할 경우에는 계약의 목적이 이루어지지 못한 것으로 간주하여 청구법은 OO무역주식회사에게 이전에 따른 제비용 및 손실일체를 배상하여야 한다고 약정하였다. 당초 매매계약시에는 중소기업진흥공단의 승인을 조건으로 약정하지 아니하였다가 나중에 추가한 이유에 대하여 청구법인은 협동화사업 관련법령을 몰랐기 때문에 당초 계약시에는 중소기업진흥공단의 승인조건을 계약서에 기재하지 아니하였고, 계약체결 및 계약금 수령후 공장인수준비를 위해 OO무역주식회사의 직원이 쟁점공장에 파견되어 실태조사하던 도중 협동화사업장은 중소기업진흥공단의 승인을 받아야 매매가 가능하다는 사실을 파악하고 추가계약을 하였다고 청구법인 및 양수자인 OO무역주식회사가 진술하고 있는 바, 신빙성이 있는 것으로 보인다.

② 매매계약 체결후 중소기업진흥공단의 승인 및 대금지급 등 매입추진경위를 살펴보면, 91.4.1 양수자인 OO무역주식회사는 쟁점공장에 입주하여 제조활동을 영위하였고, 91.6.13 주식회사 OOOO단지가 중소기업진흥공단에 협동화실천계획 참가업체 변경승인신청을 하였으나 91.9.7 중소기업진흥공단은 양수법인이 참가업체자격에 미달한다는 이유로 승인불가 통보와 함께 청구법인에 대하여는 사전승인없이 지원시설을 임의매각하였다는 이유로 협동화사업실천계획승인의 취소 및 지원자금 265,408,000원의 회수조치를 취한 사실이 있고, 주식회사 OOOO단지는 92.1.25 다시 참가업체변경 승인을 신청하여 92.1.31 중소기업진흥공단으로부터 승인통보를 받았으며, 92.2.12 서부지역 공업단지관리공단과의 입주계약을 거쳐 92.2.28 토지거래허가 및 소유권이전등기를 완료한 사실이 청구법인이 제시하는 관련기관 공문사본 등 제반증빙서류에 의하여 확인된다. 한편, 매매대금 수령경위를 보면, 매매대금 957,000,000원 중 계약금 400,000,000원은 계약일인 91.2.27에 수령하였고, 청구법인의 중소기업진흥기금에 대한 부채 214,924,000원과 청구법인의 OO무역주식회사에 대한 외상매입금 92,076,000원을 정산하고 남은 잔금 250,000,000원은 91.10.8에 수령하였으며 91.10.31 공급가액을 763,464,930원으로 하여 세금계산서를 교부(당초에 968,869,423원으로 교부하였다가 매매가액이 수정되어 763,464,930원으로 정정교부됨)한 사실이 청구법인이 제시하는 수표사본 등의 증빙자료에 의하여 확인된다. 중소기업진흥공단의 승인공문을 받기 전에 잔금을 수령한 이유는 중소기업진흥공단에서 91.10.5 구두로 승인약속을 한 바 있고, 당시 청구법인은 자금사정이 어려워 부도위기에 처해 있었으므로 부도를 막기 위하여 잔금을 수령하였다고 진술하고 있는 바, 신빙성이 있어 보인다.

③ 다음으로 중소기업진흥공단의 협동화 실천계획 참가업체 변경승인이 쟁점공장의 매매계약에 미치는 영향에 대하여 살펴본다. ㉮ 중소기업진흥법 제14조 제1항, 같은 법 제64조, 같은 법 시행령 제55조 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제3조 제2항의 규정을 모아 보면, 협동화실천계획 참가업체의 변경은 중소기업진흥공단의 승인을 받아야 가능함을 알 수 있고, ㉯ 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 제38조 제1항, 같은 법 제39조 제3항, 같은 법 제52조 및 수도권 소재 국가공업단지 입주 및 관리요령(상공부 고시 제91-31호)의 규정내용과 당소의 심리자료 협조요구에 대한 상공부 회신문(지도 28287-244, 92.11.26), 중소기업진흥공단의 회신문(중진협 620-4657, 92.11.23), 서부지역공업단지 관리공단의 회신문(업무 610-514, 92.12.17) 등을 종합하여 보면, 공업단지 안에서 제조업을 영위하고자 하는 자는 관리기관(이 건의 경우 서부지역공업단지 관리공단)과 입주계약을 체결하여야 하는 바, 협동화 사업체의 경우에는 중소기업진흥공단의 승인을 얻은 경우에만 입주계약이 가능하고, 입주기업체가 공장건설의 완료 후에 그 소유하는 공장 및 공단용지를 포함한 기타 시설을 처분하고자 하는 경우에도 관리공단의 동의를 얻어야 하며 위 규정을 위반한 경우에는 3년 이하의 징역 또는 1,500만원 이하의 벌금형에 처한다고 규정하고 있다. ㉰ 국토이용관리법 제1항 제3호 및 당소의 심리자료 협조요구에 대한 안산시장의 회신문(도시 30212-1242, 92.12.21)에 의하면, 쟁점공장이 소재한 OO공업단지내의 토지는 89.10.4 토지거래규제지역으로 지정되었으며, 안산시장이 이 지역의 토지거래허가를 검토함에 있어 서부지역 공업단지관리공단이 공업배치 및 공장설립에 관한 법률에 의한 입주기준에 부적합하다는 이유로 허가를 반대할 경우에는 불허가처분할 수 있음을 알 수 있다. 이상 살펴 본 바와 같이 중소기업진흥공단의 승인이 없으면 협동화실천계획참가업체로 입주하고자 하는 양수법인의 경우 서부지역공업단지관리공단과 입주계약을 체결할 수 없고, 청구법인은 서부지역관리공단의 동의를 얻을 수 없게 되며, 안산시장의 토지거래허가도 받을 수 없게 되어 쟁점공장의 매매가 불가능한 것이므로, 쟁점공장의 거래에 있어 중소기업진흥공단의 승인을 매매조건부로 한 거래약정은 상당한 이유가 있는 것으로 보인다. (다) 이상의 부가가치세법령 및 사실관계에 기하여 판단컨대, 쟁점공장은 부동산으로써 그 거래사실과 대금지급관계가 명백할 뿐만 아니라, 쟁점공장의 거래에 있어 중소기업진흥공단의 협동화 실천계획 참가업체 변경승인은 필수적으로서 위 승인이 없으면 거래가 불가능하게 되므로 이를 고려하여 변경승인을 조건으로 한 쟁점공장의 매매는 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제3호에서 규정한 조건부판매로 봄이 타당하고, 따라서 비록 양수법인이 91.4.1 쟁점공장에 입주하여 제조활동을 영위하였다 하더라도 중소기업진흥공단의 승인이라는 조건이 성취되기 이전이므로 부가가치세법상 공급시기가 도래했다고 볼 수는 없다하겠고 잠정적인 가사용에 불과한 것으로 보아야 할 것이며, 중소기업진흥공단의 승인일인 92.1.31에 비로소 매매조건이 성취되어 거래가 확정되었다고 보아야 할 것이다. 그러므로 쟁점공장의 공급시기를 양수법인의 입주일인 91.4.1로 보고 91.10.31에 교부한 이 건 세금계산서에 대하여 공급시기 이후 교부된 것이라는 이유로 세금계산서 미제출가산세 및 신고납부 불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 사실관계에 대한 조사를 소홀히 한 부당한 처분인 반면, 쟁점공장의 공급시기는 중소기업진흥공단의 승인일인 92.1.31로서 91.10.31 수취한 이 건 세금계산서는 위 부가가치세법 제9조 제3항의 규정에 비추어 볼 때 공급시기에 교부한 정당한 세금계산서이므로 가산세의 결정은 취소되어야 한다는 청구법인의 주장은 이유있는 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.