양도소득세 감면의 종합한도를 적용한 처분이 정당한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요

• 가. 청구인은 90.12.21 서울특별시 강서구 OO동 OOOOOOO 답 128㎡ 외 16필지 전·답·임야 등 25,332㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 7,440,002,500원에 양도하기로 서울특별시와 매매계약을 체결하고 91.1.16 소유권이전등기를 하였으며 그 매매대금은 91.1.25 수령하였다.
• 나. 처분청은 쟁점부동산의 양도시기를 소유권이전등기 접수일인 91.1.16로 보아 자산양도차익을 계산하고 조세감면규제법 제88조의 2(양도소득세감면의 종합한도)의 규정에 의하여 양도소득세 3억원을 감면한 후 92.6.18 청구인에게 91년도 귀속분 양도소득세 1,273,964,190원을 부과하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 92.8.13 이의신청, 92.10.15 심사청구를 거쳐 92.12.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인 주장

① 청구인이 서울특별시와 약정한 용지매매계약서 제3조에 “대금은 제반서류를 구비하여 청구하면 일시불로 현금지급한다”고 되어 있고, 청구인은 90.12.21 계약체결과 동시에 제반서류를 갖추어 대금청구를 하였으며, 늦어도 90년도 말까지는 보상금을 지불하여 달라고 요구하였으나, 서울특별시(도시개발공사)의 예산사정으로 인하여 대금지급이 지연되었는 바, 그 귀책사유는 서울특별시(도시개발공사)에 있는 것이고 계약성립일 이후에는 사유재산으로서 일체의 권리행사를 할 수 없으므로 쟁점부동산의 양도시기는 매매계약이 체결된 90.12.21로 보아야 한다.

② 따라서 90.12.21 당시 시행되던 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의거 양도소득세를 감면하여야 함에도 양도일(90.12.21) 이후인 90.12.31 신설된 조세감면규제법 제88조의 2의 규정을 적용하여 양도소득세를 3억원만 감면한 처분은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견 청구인은 서울특별시 도시개발공사의 예산사정으로 보상금지급이 지연되어 91년도에 지급된 것은 그 귀책사유가 서울특별시 도시개발공사에 있는 것이고 90.12.21에 매매계약이 체결되었으므로 쟁점부동산의 양도시기를 90.12.21로 보아야 한다고 주장하나, 이러한 경우에 대한 양도시기를 별도로 규정하고 있지 아니하므로 소득세법 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항의 규정에 의하여 양도시기를 판단하여야 할 것인바, 쟁점부동산의 소유권이전등기 접수일이91.1.16이고 잔금청산일은 91.1.25 이므로 소유권이전등기 접수일인 91.1.16을 양도시기로 보아 조세감면규제법 제88조의 2의 규정을 적용하여 양도시기를 3억원만 감면한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 보고 조세감면규제법 제88조의 2에 규정한 양도소득세 감면의 종합한도를 적용한 처분이 정당한지 여부에 다툼이 있다.
• 나. 심리 및 판단

(1) 관련법령 소득세법 제27조(양도 또는 취득의 시기) 및 같은 법 시행령 제53조 제1항 제2호의 규정을 모아보면, “자산의 양도차익을 계산함에 있어서, 대금을 청산하기전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 그 취득시기 및 양도시기로 한다”고 규정되어 있다. 한편, 조세감면규제법 제57조(공공사업용 토지 등에 대한 양도소득세등 감면) 제1항 제1호에서 “공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 50/100에 상당하는 세액을 감면한다(단서생략)”고 규정되어 있고, 같은 법 제88조의 2(양도소득세 감면의 종합한도)에서는 “개인이 제57조 내지 제60조·제62조·제67조의 4 및 제72조의 4의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다(90.12.31 신설)”고 규정되어 있다.

(2) 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 보고 양도소득세 감면의 종합한도를 적용한 처분이 정당한지 여부.

① 청구인과 서울특별시장이 90.12.21 체결한 용지매매계약서 제2조 및 제3조에 의하면 “쟁점부동산의 매매대금은 7,440,002,500원으로 하고, 청구인이 쟁점부동산의 소유권이전등에 필요한 제반서류를 구비하여 서울특별시에 매매대금을 청구하면 서울특별시장은 소유권이전을 필한 후 청구인에게 일시불로 현금지급한다”고 되어 있고, 쟁점부동산에 대한 소유권은 91.1.16 서울특별시로 이전등기 되었으며 그 매매대금은 91.1.25 지급되었음이 등기부등본과 서울특별시 도시개발공사 사장의 사실확인서(92.5.16)등에 의하여 확인된다.

② 앞에서 본 소득세법 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항 제2호에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 하도록 규정되어 있는 바, 청구인이 쟁점부동산을 서울특별시에 양도하기로 90.12.21 매매계약을 체결하고 그 소유권이전등기는 대금을 청산(91.1.25)하기전인 91.1.16 하였으므로 쟁점부동산의 양도시기는 소유권이전등기 접수일인 91.1.16이 되는 것이며, 따라서 처분청이 90.12.31 신설된 조세감면규제법 제88조의 2의 규정을 적용하여 쟁점부동산의 양도차익을 계산한 후 양도소득세를 3억원만 감면하고 이 건을 과세한 처분은 정당(국세청 재일 01254-442, 91.2.19, 재일 01254-1394, 90.7.21 같은 뜻임)하다.

(3) 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.