토지의 양도일현재 그 지상에 건축물이 있었는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOO 대지 4,322.3㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 89.12.26 청구외 OOOO주택조합에게 국민주택건설용지로 양도하고 양도소득세 과세표준확정신고와 함께 양도소득세 853,592,880원 및 동 방위세 178,838,570원을 납부(90.12.29 까지 3회 분납하였음)한 후, 92.5.25 매수인이 아파트건설을 준공함에 따라 92.6.9 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의거 이미 납부한 양도소득세를 환급신청하였다. 처분청은 85.12.20 쟁점토지 지상에 청구인이 신축하여 사용중인 창고 건물등 3,758.82㎡(이하 “지상건물”이라 한다)가 89.12.26 양도일현재까지 멸실되지 아니하고 남아있다하여 건축물이 정착되어 있는 토지의 양도로 보아 이미 납부한 양도소득세 853,592,880원중 525,416,220원(나머지 차액은 건축물이 있는 토지의 양도로 보아 장기보유특별공제를 인정함에 따른 경정감세액임)을 92.7.2 환급배제 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.8.31 심사청구를 거쳐 92.12.24 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지를 양도하기전인 89.12.20 부터 89.12.25 까지 사이에 지상건물의 철거가 완료되었으므로 쟁점토지의 양도는 양도소득세가 면제되는 토지의 양도라고 주장한다. 국세청장은 청구인이 85.12.20 지상건물을 신축하여 창고보관업(OO창고) 및 임대업을 영위하여 오다가 89.12.26 청구외 OOOO주택조합에 양도하였는데, 첫째, 청구인이 기장한 장부는 90.3.16 경에 마감되었고 90.5.16에 폐업신고하였으며, 90년 제1기 예정기간(90.1.1～90.3.31)분에 대하여 부가가치세 신고서를 제출하였고, 청구인 스스로 결산한 90.1월～90.3월까지의 합계잔액시산표상에도 건물잔액이 140,072,145원으로 기재되어 있는 점, 둘째, 건축물관리대장등에 지상건물의 멸실일자가 89.12.27 로 기재된 것은 청구인이 90.4.16 에 제출한 멸실신고서에 멸실일자를 89.12.27 로 기재하였기 때문이고 관할구청 담당공무원의 현장확인 복명도 90.4.17 에 하였으며, 지상건물의 전기시설철거신청도 90.4.4 에 이루어진 점, 셋째, 지상건물에 대한 전기 및 전화요금도 90.2월까지 정상적으로 납부된 사실이 관련요금영수증에 의하여 확인되고, 지상건물에 물품을 보관시켰던 화주 및 관계직원들도 90.2월까지는 지상건물이 있어 물품을 보관하였다고 진술한 점 등으로 보아 89.12.26 양도일 이후에도 건축물이 있었으므로 쟁점토지의 양도는 양도소득세 면제대상이 되는 나지상태의 양도가 아니라는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 쟁점토지의 양도일현재 그 지상에 건축물이 있었는지 여부에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제62조(국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 면제) 제1항에 “내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모 이하의 주택건설용지로 양도하고 이를 취득한자가 대통령령이 정하는 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다. 다만, 한국토지개발공사 기타 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세를 면제한다”고 규정하고 있고, 같은법시행령 제50조(국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 면제) 제1항에 『법 제62조 제1항에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다』고 규정하고 있으며, 그 제1호에 “건축법에 의한 건축물이 정착되어 있는 토지”를 규정하고 있다.
• 다. 건축물이 있었는지 여부 처분청은 청구인 스스로 기장한 장부, 부가가치세 신고상황, 전기·전화요금납부상황 및 지상건물에 물품을 보관시킨 화주들과 그 직원들의 진술 내용에 근거하여 쟁점토지의 양도일현재 지상건물이 있었던 것으로 조사한 반면, 청구인은 지상건물의 건축물관리대장 및 인접토지 관리인의 확인서등을 제시하고 있으나, 국세청장의 의견으로 이미 제시된 바와 같이 여러가지 정황으로 보아 양도일현재 지상건물이 멸실되었다는 거증으로는 불충분하다 하겠으며, 달리 객관적인 거증제시가 없는 한 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.