[요지] 부동산을 91.4.9 양도한 것이므로 처분청이 쟁점나부동산의 양도에 대하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한 처분은 타당함.
[요지] 부동산을 91.4.9 양도한 것이므로 처분청이 쟁점나부동산의 양도에 대하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한 처분은 타당함.
[주 문] 부산진세무서장이 93.1.4 청구법인에게 고지한 91.1.1～91.12.31 사업년도분 법인세 301,249,940원의 처분은
1. 종합토지세 32,711,870원 및 지급이자 8,120,863원을 청구법인의 소득금액 계산상 손금에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,
2. 나머지 청구는 기각한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 처분청은 청구법인의 91.1.1～91.12.31사업년도(“91사업년도”라 한다)의 법인세 과세표준 및 세액신고에 대한 서면검토시 청구법인이 공유수면 매립법에 의하여 취득한 부산직할시 남구 OO동 OOOOOO 및 같은동 OOOOOO 소재 공유수면 매립지 44,293㎡(이하 “쟁점가부동산”이라 한다)를 비업무용 부동산으로 보아 이에 관련된 취득세중과분 312,582,120원, 종합토지세 35,001,700원 및 지급이자 8,120,863원을 손금불산입함과 함께 재고자산중 토지누락분 602.329평에 해당하는 금액 280,818,922원을 익금가산하고 부산직할시 남구 OO동 OOOOOO 소재 건물부속토지(이하 “쟁점나부동산”이라 한다)의 양도에 대하여 특별부가세의 50%를 감면하는 것 등으로 하여 93.1.4 청구법인에게 91사업년도분 법인세 301,249,940원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 93.3.3 이의신청을, 93.5.27 심사청구를 거쳐 93.9.27 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
1. 청구주장 1 부산직할시 남구청장이 구 지방세법시행령 (84.4.6개정 대통령령 제11399호) 제84조의3 제1항 제3호의 규정에 의하여 쟁점가부동산을 비업무용부동산으로 보아 취득세를 중과함에 따라 처분청은 위 취득세중과분에 대해 청구법인의 소득금액 계산상 손금불산입함과 동시에 쟁점가부동산에 대한 종합토지세 및 지급이자를 손금 불산입 하였는 바, 쟁점가부동산은 비업무용부동산에 해당되지 아니하므로 처분청의 처분은 부당하다는 주장이다.
2. 청구주장 2 처분청은 91.12.31 현재 청구법인의 미분양토지를 지번별로 합산한 2,339.515평에서 청구법인의 결산서상 토지계정에 계상된 1,737.186평을 차감한 면적 602.329평을 재고자산중 누락된 토지로 본 것이나 부산직할시 남구 OO동 OOOOOO 소재 건물부속토지 109.01평이 건물계정으로 계상되어 있으므로 이를 제외한 493.319평을 재고자산중 누락된 토지로 보아야 한다는 주장이다.
3. 청구주장 3 구 법인세법(82.12.21개정 법률 제3577호) 제59조의3 제19호의 규정에 의하면 공유수면매립법에 의하여 취득한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 전액 감면하는 것으로 규정하고 있는 바, 처분청이 구 조세감면규제법(89.12.30개정 법률 제4165호) 제59조의 규정을 적용하여 쟁점나부동산의 양도에 대한 특별부가세의 50%를 감면하는 것은 부당하다는 주장이다.
1. 청구주장 1에 대하여 쟁점가부동산은 청구법인의 비업무용부동산에 해당된다고 할 것이므로 이와 관련된 관리비용인 취득세중과분, 종합토지세 및 지급이자를 손금불산입한 처분청의 처분에는 잘못이 없다는 의견이다.
2. 청구주장 2에 대하여 처분청이 조사한 청구법인의 미분양토지 2,339.515평에 대한 내역을 보면 부산직할시 남구 OO동 OOOOOO소재 1,831.335평 OOOOOO소재 79.55평, OOOOOO 소재 79.55평 OOOOOOO 소재 83.19평, OOOOOOO 소재 85평, OOOOOOO 소재 84.09평, OOOOOOO 소재 96.8평 합계 2,339.515평으로 청구법인이 주장하는 건물부속토지 109.01평은 그 지번이 OOOOOO로 미분양토지 및 장부상 재고자산으로 계상되지 아니하였으므로 처분청이 재고자산중 누락된 토지 602.329평에 상당하는 금액 280,818,922원을 익금가산하고 유보처분한 것은 정당하다는 의견이다.
3. 청구주장 3에 대하여 구 조세감면규제법(89.12.30개정 법률 제4165호) 제59조 제1항 제10호의 규정에 의하면 공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하면서 같은법부칙 제5조 제1항에서는 이 법 시행후 최초로 양도하는 것 부터 적용한다고 규정하고 있으며, 재무부 질의회신(재산 22601-889, 91.7.1)에 의하면 88.12.31 이전에 공유수면매립의 면허를 받은 자가 취득한 매립지를 90.1.1 이후에 양도시는 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면하는 것으로 해석하고 있는 바, 청구법인은 쟁점나부동산을 91.4.9 양도한 것이므로 처분청이 쟁점나부동산의 양도에 대하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한 처분은 타당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
1. 쟁점가부동산에 관련된 취득세중과분, 종합토지세 및 지급이자를 손금불산입한 처분의 당부
2. 재고자산 중 누락된 토지의 면적이 얼마인지 여부
3. 쟁점나부동산에 대한 특별부가세의 100% 감면여부
1. 쟁점1에 대하여
① 관련법령 법인세법 제16조(손금불산입)의 규정에 의하면 지방세법 제112조 제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지에 대한 취득세로서 지방세법 제112조 제1항의 규정에 의한 세액을 초과하는 금액(이하 “취득세중과분”이라 한다)과 가산금 등은 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며, 같은법 제18조의3과 같은법시행령 제30조 및 제43조의2의 규정에 의하면 비업무용부동산에 해당하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용·유지비 등과 비업무용부동산의 취득에 관련된 지급이자 등은 손금에 산입하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. 한편 구 법인세법시행규칙(89.3.6개정 재무부령 제1780호) 제18조 제4항 제7호의 규정에 의하면 공유수면매립법의 규정에 의하여 취득한 매립지(이하 “공유수면매립지”라 한다)에 대하여는 그 취득한 날 부터 경과된 기간에 관계없이 비업무용부동산으로 보지 아니하는 것으로 규정한 바 있으나, 90.4.4 개정된 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제12호의 규정에 의하면 공유수면매립지로서 당해 매립지의 소유권을 취득한 날부터 4년이 경과되지 아니한 것에 한하여 비업무용부동산으로 보지 아니하도록 규정하고 있으며, 동 부칙 제5조에서는 이 규칙 시행일 (90.4.4) 전에 준공된 공유수면매립지에 관하여는 91년 12월 31일까지는 종전의 제18조 제4항의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 즉 이 규칙 시행일(90.4.4)전에 준공된 공유수면매립지는 그 취득한 날부터 경과된 기간에 관계없이 91년 12월 31일 까지는 비업무용부동산에 해당되지 아니하는 것으로 규정하고 있다.
② 취득세중과분의 손금불산입 여부 쟁점가부동산에 대한 취득세중과분 312,582,120원은 부산직할시 남구청장이 구 지방세법시행령 (84.4.6개정 대통령령 제11399호) 제84조의3 제1항 제3호의 규정에 의한 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과한 것으로서 청구법인이 이에 불복하여 부산직할시 남구청장을 상대로 취득세등부과처분취소 소송을 제기하였으나 대법원의 확정판결(사건번호 대법원 91누3765, 91.11.12 선고)에 의하여 기각된 바 있다. 따라서 처분청이 위 취득세중과분에 대하여 앞에서 살펴본 법인세법 제16조의 규정에 의하여 청구법인의 소득금액계산상 손금불산입한 처분은 타당한 것으로 판단된다.
③ 종합토지세 및 지급이자의 손금불산입 여부 쟁점가부동산은 공유수면매립지로서 부산지방해운항만청장이 발급한 공유수면매립 준공인가내용 변경에 의하면 86.8.21 최종 준공인가 되었음이 확인되는 바 앞의 법령규정에서 본 바와 같이 쟁점가부동산은 90.4.4 개정된 법인세법시행규칙의 시행일전에 준공된 공유수면매립지에 해당되므로 91년 12월 31일까지는 그 취득일로 부터 4년이 경과된 것이라고 하더라도 비업무용부동산에 해당되지 않는다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점가부동산에 관련된 종합토지세 35,001,700원 중 그 납부지연에 따른 가산금 2,289,830원을 제외한 32,711,870원과 지급이자 8,120,863원을 손금불산입한 처분은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.
2. 쟁점2에 대하여 청구법인의 91사업년도말 현재 미분양토지면적이 2,339.515평인 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없으나, 청구법인은 위 미분양 토지면적에서 청구법인의 장부상 토지계정으로 계상된 1,737.186평과 건물계정에 계상된 건물부속토지 109.01평을 차감한 493.319평이 청구법인의 장부상 누락된 토지(재고자산)의 면적이라고 주장하고 있다. 그러나 처분청이 지번별로 조사한 미분양토지면적 2,339.515평에 대한 내역을 보면 부산직할시 남구 OO동 OOOOOO이 1,831.335평, 같은동 OOOOOO이 79.55평, OOOOOO가 79.55평, 같은동 OOOOOOO이 83.19평, 같은 동 OOOOOOO이 85평, 같은동 OOOOOOO가 84.09평, 같은동 OOOOOOO가 96.8평인 바, 청구법인이 주장하는 건물부속토지 109.01평은 그 지번이 OOOOOO로 위 미분양토지에는 포함되지 아니한 것임을 알 수 있으며, 위 미분양토지에 대한 등기부등본에 의하면 처분청이 조사한 지번별 면적이 등기부상 위 지번별 면적과 일치하는 것으로 확인된다. 따라서 처분청이 지번별로 조사한 미분양토지면적 2,339.515평 중 청구법인의 장부(토지계정)에 계상된 토지면적은 1,737.186평으로서 청구법인의 장부상 누락된 토지의 면적은 602.329평에 해당한다고 할 것이므로 처분청이 위 누락된 토지의 면적에 상당하는 금액 280,818,922원을 익금가산하고 유보처분한 것은 타당한 것으로 판단된다.
3. 쟁점3에 대하여 구 법인세법(82.12.21 개정 법률 제3577호) 제59조의3 제1항 제19호의 규정에 의하면 공유수면매립지의 양도에 대하여는 특별부가세를 비과세하는 것으로 규정하였으나, 그 후 88.12.26 개정된 법인세법 제59조의3 제2항 제6호의 규정에 의하면 공유수면매립지의 양도에 대하여는 특별부가세의 50%를 감면하는 것으로 규정하면서 동 부칙(88.12.26개정 법률 제4020호) 제12조에서는 이 법 시행(89.1.1)후 최초로 취득한 공유수면매립지를 양도하는 것 부터 적용하는 것으로 규정한 바 있다. 그러나 위 법인세법의 규정을 다시 조세감면규제법(89.12.30개정 법률 제4165호) 제59조 제1항 제10호에서 규정함에 있어서 공유수면매립지의 양도에 대하여는 특별부가세의 50%를 감면하는 것으로 규정하고, 동 부칙 제5조에서는 이 법 시행(90.1.1)후 최초로 양도하는 것 부터 적용한다고 규정하고 있다. 청구법인은 위 법인세법 부칙(88.12.26개정 법률 제4020호) 제12조 등의 규정에 의하여 청구법인이 88.12.31 이전에 취득한 쟁점나부동산의 양도에 대하여는 구 법인세법(82.12.21 개정 법률 제3577호) 제59조의3의 규정에 의하여 특별부가세가 비과세되는 것이라고 주장하고 있으나 앞에서 살펴본 바와 같이 89.12.30 개정된 조세감면규제법 제59조 및 동 부칙 제5조의 규정에 의하면 공유수면매립지에 대하여는 그 취득시기에 관계없이 90.1.1 이후 최초로 양도하는 것 부터 특별부가세의 50%를 감면하는 것으로 규정하고 있는 바, 88.12.31 이전에 취득한 공유수면매립지를 90.1.1 이후에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 위 조세감면규제법 제59조 제1항 제10호의 규정에 의하여 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면하는 것이라고 할 것이므로(재무부 재산 22601-889, 91.7.1 같은뜻임) 처분청이 쟁점나부동산의 양도에 대하여 특별부가세의 50%를 감면한 처분은 타당한 것으로 판단된다.
4. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.