조세심판원 심판청구

과세특례자로 부동산임대업을 영위하다가 토지 및 건물의 일부가 수용되므로 인하여 건물을 철거하고 폐업신고를 한 후 일반과세자로 사업자등록을 하여 잔여 토지 위에 건물을 신축한 경우 그 건물신축에 관련된 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부(취소)

사건번호 국심 1993부1590 선고일 1993-09-14

[요지] 90.12.20 에 재건축 목적으로 건축허가 신청을 하였고 92.5.30 에 건설도급계약을 체결하여 92.7.8 에 부동산 임대업에 대한 사업자등록을 신청한 사실로 미루어 볼 때 기존의 부동산 임대사업이 계속된 것으로 인정되고 이러한 경우 과세특례포기신고를 하여야만 일반과세자로서의 법적용을 받을 수 있음

[주 문] 동부산세무서장이 93.2.16 청구인에게 결정고지한 92년2예정분 부가가치세 10,715,910원과 93.2.16 청구인이 93.1.21환급신청한 92년 2확정분 부가가치세 31,000,000원에 대한환급을 거부한 처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분의 개요

  • 가. 청구인은 부산직할시 동구 OO동 OOOOOOO(대지 756㎡, 건물 216.13㎡: 지하1층 지상2층 목조와가)에서 83.4.1부터 과세특례자로 부동산 임대업을 영위하다가 대지 및 건물의 일부가 수용되므로 기존건물 216.13㎡를 철거(철거신고는 92.3.19)하고 동 과세특례사업에 대하여 92.7.2 폐업신고를 하였다.
  • 나. 청구인은 부산직할시 동구 OO동 OOOOOOO 잔여 대지 490.01㎡위에 건물 2,855.52㎡(지하1층 지상6층 철근콘크리트조)를 신축하여 부동산 임대업을 영위할 목적으로 92.7.8 일반과세자로 사업자등록신청을 하여 92.7.10 일반사업자등록증을 교부받았으며, 92.10.26 92년 2기 예정신고시 시설투자 매입세액 9,741,738원을 환급 신고하여 92.11.4 환급을 받았으며, 93.1.21 92년 2기확정 부가가치세 신고시 시설투자매입세액 31,000,000원을 환급신고하였다.
  • 다. 처분청은 과세특례자가 일반과세자로 과세유형을 전환하기 위해서는 부가가치세법 제30조 제2항의 규정에 의하여 일반과세자로 적용받고자하는 과세기간 개시 10일전(청구인의 경우 92.6.20)에 과세특례포기신고서를 처분청에 제출하여야 하나, 청구인은 이를 이행하지 아니하였으므로 일반과세자가 될 수 없다고 보아, 92.11.4 환급한 92년 2기예정 부가가치세 9,741,738원을 초과환급신고 가산세 974,173원을 가산하여 93.2.16 10,715,910원을 결정고지하고, 92년 2기 확정분 부가가치세 31,000,000원은 환급을 거부하였다.
  • 라. 청구인은 이에 불복하여 93.4.2 심사청구를 거쳐 93.6.16 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

  • 가. 청구인 주장 청구인이 부산직할시로부터 토지의 상당부분을 수용당하고 잔여 토지위에 신축한 임대건물이므로 임대사업의 계속성이 없고, 폐업 및 개업시에 처분청에서 과세특례포기에 대한 언급이 없었고, 처분청이 청구인에게 사업자등록증을 교부한 것은 정당하고 폐업과 신규개업을 인정한 것이므로 일반과세자로서 그 매입세액이 공제되어야 한다고 주장한다.
  • 나. 국세청장 의견 국세청장은 청구인이 90.12.20 에 재건축 목적으로 건축허가 신청을 하였고 92.5.30 에 건설도급계약을 체결하여 92.7.8 에 부동산 임대업에 대한 사업자등록을 신청한 사실로 미루어 볼 때 기존의 부동산 임대사업이 계속된 것으로 인정되고 이러한 경우 과세특례포기신고를 하여야만 일반과세자로서의 법적용을 받을 수 있다고 한다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁점 과세특례자로 부동산임대업을 영위하다가 토지 및 건물의 일부가 수용되므로 인하여 건물을 철거하고 폐업신고를 한 후 일반과세자로 사업자등록을 하여 잔여 토지 위에 건물을 신축한 경우 그 건물신축에 관련된 매입세액을 공제받을 수 있는지를 가리는데 다툼이 있다.
  • 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제5조 및 같은법시행령 제9조와 제10조의 규정을 모아 보면 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일부터 20일내에 사업자등록을 하여야 하고, 정부는 등록한 사업자에게 사업자등록번호가 부여된 사업자등록증을 교부하여야 하며, 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 사항에 변동이 발생한 때에는 휴업(폐업)신고서에 사업자등록증을 첨부하여 지체없이 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정되어 있다.

(2) 부가가치세법 제17조 제1항에서 “사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액.

2. (생략)”이라고 규정하고 있고

(3) 부가가치세법 제24조 제1항과 제2항 및 같은법시행령 제72조 제1항과 제73조 제1항·제2항에서 “정부는 각 과세기간별로 당해과세기간에 대한 환급세액을 확정신고기한 경과후 30일내에 사업자에게 환급하여야 하며, 법 제11조의 규정(영세율)이 적용되는 때나 사업설비를 신축·취득·확정 또는 증축하는 때(사업설비투자 실적명세서 첨부)에는 각 예정신고 기간별로 그 예정신고기한 경과후 20일 이내에 사업자에게 환급(조기환급)하여야 한다”고 규정하고 있다.

  • 다. 부가가치세의 납부세액계산 방법과 과세유형전환

(1) 부가가치세는 사업자를 일반과세자와 과세특례자로 구별하여 납부세액의 계산방법을 달리하고 있다. 즉, 일반과세자는 부가가치세법 제17조의 규정에 의하여 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하지만, 과세특례자는 부가가치세법 제26조의 규정에 의하여 공급대가의 일정비율을 납부세액으로 하고 있다. 위와 같이 사업자의 과세유형에 따라 납부세액이 다르기 때문에 부가가치세법에서 과세유형의 전환에는 일정한 절차와 요건을 갖추도록 규정하고 있다.

(2) 과세특례자로 부동산 임대업을 영위하는 사업자가 일반과세자로 과세유형을 전환하여 임대용건물을 신축할 경우 국가는 그 건물신축에 관련된 매입세액을 사업자에게 공제(환급)하여야 하는 결과가 되므로, 세부담의 형평을 기하고 과세기간단위로 구분하여 부가가치세를 과세하기 위하여 부가가치세법 제30조에서 과세특례자가 일반과세자로 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전에 과세특례포기신고를 하도록 규정하고 그 후 3년간은 다시 과세특례자로 적용받을 수 없도록 하는 등 사후 관리규정을 두고 있다.

(3) 부가가치세법시행령 제10조에서 사업의 폐업에 관하여 규정하고 있는 바, 과세특례자로 부동산임대사업을 영위하는 사업자가 기존건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하면서 임대사업의 계속성과 동일성이 유지되고 있는 경우 과세특례자로서의 사업을 폐업신고하고 일반과세자로 신규로 사업자등록을 신청하였다 하더라도 이는 실질적으로 사업을 폐업하고 새로운 사업을 개시한 것이라고 볼 수 없으므로 부가가치세법 제30조 제2항에 규정한 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하면 일반과세자로 적용받을 수 없다할 것이다.

  • 라. 이 건의 경우 사업의 계속성과 동일성이 유지되고 있다고 볼 수 있는지에 대하여

(1) 청구인은 83.4.1부터 92.3.19 (사실상의 폐업일)까지 과세특례자로 부동산임대업을 영위하던 부산직할시 동구 OO동 OOOOOOO 대지 756㎡의 지상건물 216.13㎡(지하1층 지상2층 목조와가)를 92.3.19 철거하고 새로운 건물을 신축하기 위하여 92.7.10 개업전 사업자등록을 하였으며, 도로용지로 부산직할시에 수용되고 남은 같은곳 대지 490.01㎡에 기존 목조와가 건물의 면적보다 약 13배가 더 넓은 건물 2,855.52㎡(지하 1층, 지상 6층 철근콘크리트조)을 93.4.8 신축한 사실이 있어 청구인의 기존 과세특례자로서의 부동산 임대용역업과 신규 일반과세자로서의 부동산임대용역업이 계속성과 동일성을 유지한 것으로 보이지 아니한다.

(2) 또한 처분청은 92.7.2 과세특례사업에 대한 폐업신고를 받아들이고 92.7.10 일반과세자로 사업자등록증을 신규로 교부한 바 있음에도 과세특례포기 신고서를 제출하지 아니한 책임을 모두 청구인에게만 부담시키는 것은 국세기본법 제15조에 규정한 신의성실의 원칙에 비추어 볼 때 바람직스럽지 아니하다고 보여진다. 따라서, 청구인은 실질적으로 과세특례자로서의 기존의 부동산 임대업을 폐업하고 신규로 일반과세자로 사업자등록을 하여 종전과는 다른 부동산 임대업을 영위한 것으로 보여지므로 정당하게 교부된 일반과세자 사업자등록증으로 거래상대방과 거래한 이 건 부가가치세 매입세액을 공제(환급)하여야 한다고 판단된다.(92부 4197, 93.4.15 합동회의도 같은 뜻임) 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)