토지를 청구법인에게 양도한자가 면제받은 양도소득세를 청구법인에게 징수한 처분이 정당한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요

• 가. 청구법인은 85.10월부터 주택건설업을 영위하고 있는 법인으로 88.4.20 경상남도 충무시 OO동 OOOO외 5필지 대지·전 6,358㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구외 OOO으로부터 국민주택건설용지로 취득하였고, 쟁점토지를 청구법인에게 양도한 OOO은 조세감면규제법(82.12.21 개정된 것) 제62조 제1항 단서규정에 의하여 양도소득세 52,578,607원을 면제받았다.
• 나. 처분청은 청구법인이 국민주택건설용지로 취득한 쟁점토지상에 3년이 경과하도록 국민주택을 건설하지 아니하였다고 하여 당초에 면제된 양도소득세 52,578,607원을 조세감면규제법(82.12.31 개정된 것) 제62조 제2항의 규정에 의하여 청구법인의 91.1.1～91.12.31 사업년도분 법인세에 가산하고, 93.1.4 청구법인에게 91.1.1～91.12.31 사업년도 법인세 55,501,790원을 부과하였다.
• 다. 청구법인은 처분청의 부과처분 55,501,790원 중 52,578,607원에 불복하여 93.2.26 심사청구를 거쳐 93.6.8 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 쟁점토지를 취득할 당시에 시행된 조세감면규제법 제62조 제2항과 같은법시행령 제50조 제4항 제1호를 보면 주택건설등록업자가 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우에 당초에 면제된 양도소득세를 주택건설 등록업자에게 추징한다고 규정되어 있는 바, 국민주택 건설용지를 취득한 토지 위에 아파트를 건설할 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지만 아파트를 건설하면 되는 것이지 토지취득일로부터 건설부장관의 승인을 받아야 하는 기간에는 제한이 없었는데도 처분청에서는 조세감면규제법시행령 제50조 제4항 제2호에 규정한 아파트 이외의 국민주택을 건설하는 경우에 토지취득일로부터 3년 이내에 국민주택을 건설하여야 한다는 규정을 유추하여 토지취득일로부터 3년 이내에 건설부장관의 아파트건설 승인을 받아야 한다고 해석하고 이 건을 과세하였는 데, 이는 쟁점토지의 취득당시에 시행된 법령을 잘못 해석한 것으로 위법·부당하다. 이는 92.12.31 조세감면규제법시행령 제50조 제5항 제1호(종전 제50조 제4항 제1호)가 개정되어 주택건설등록업자가 아파트를 건설하는 경우에는 토지취득일로부터 3년 이내에 건설부장관의 사업계획승인을 받아야 한다고 명문으로 규정하고 있고, 동시행령 부칙 제7조 제2항에서 “92.12.31 이전에 토지를 취득한 경우에는 93.1.1에 취득한 것으로 본다”고 되어 있는 점으로 보아서도 아파트를 건설하기 위하여 취득한 쟁점토지의 경우 토지취득 당시에 시행된 법령을 적용하면 이 건 과세는 취소되어야 한다. 청구법인은 쟁점토지에 건축할 아파트단지 진입로에 해당되는 토지소유자들로부터 매매가격 등이 협의되지 않아 토지를 확보하지 못하여 아파트신축계획이 지연되고 있으며 진입로가 확보되는 대로 아파트를 건축할 계획이다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제62조 제2항 및 같은법시행령 제50조 제4항 제1호를 보면, 주택건설 등록업자가 국민주택건설용지로 취득한 토지에 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니한 경우 감면받은 세액을 징수하도록 규정되어 있고, 당청예규(재산 22607-33, 90.1.21)에서도 실수요자가 국민주택규모 이하의 아파트를 건설하는 경우에는 당해토지 매입일로부터 3년 이내에 건설부장관의 사업계획승인을 받아야 하고 당해아파트는 승인받은 사업계획서상의 준공일까지 건설해야 하는 것으로 해석하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인이 국민주택용지로 쟁점토지를 취득하고 그 취득일로부터 3년이 되는 날까지 주택건설촉진법 시행령에 의한 아파트를 건설하고자 하였다면 건설부장관의 승인을 받아야 하고 또 승인을 받았으나 불가피한 사정으로 건설계획이 지연되었을 경우 구체적으로 그 지연사유에 해당되는 토지의 수용이나 도시계획 기타 법률의 규정에 의하여 주택을 건설할 수 없는 부득이한 경우에 해당될 때 감면세액을 추징하지 아니하는 것인데, 청구법인은 이와 같이 사업계획승인이나 건설계획의 부득이한 지연사유 등을 밝히지 못하고 막연한 주장만 하므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 주택건설등록업자인 청구법인이 쟁점토지를 국민주택건설용지로 취득한 날로부터 3년이 경과하도록 국민주택을 건설하지 아니한 경우, 쟁점토지를 청구법인에게 양도한자가 면제받은 양도소득세를 청구법인에게 징수한 처분이 정당한지 여부에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 이 건 과세원인 발생당시에 시행된 조세감면규제법 제62조(82.12.21 개정된 것) 제1항 및 같은법시행령 제50조 제1항과 제3항에서 “내국인이 토지를 국민주택규모 이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 당해토지를 매입한 날로부터 3년이내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다. 다만, 주택건설등록업자(실수요자) 등에게 양도한 경우에는 양도소득세를 면제한다”고 규정되어 있고, 같은법 제62조 제2항에서 주택건설 등록업자가 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해토지에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우에는 제1항 단서의 규정에 의하여 면제된 세액에 상당하는 금액을 주택건설등록업자에게 법인세에 가산하여 징수한다고 규정되어 있으며, 같은법시행령 제50조 제4항(82.12.31 개정된 것)에서는 법 제62조 제2항에서 규정하는 주택건설 등록업자가 국민주택을 건설하지 아니하는 경우로, 제1호에서 주택건설 등록업자(실수요자)가 주택건설촉진법 시행령에 의한 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택을 건설하지 아니하는 경우를 제2호에서 아파트외의 국민주택을 건설하는 경우에는 당해토지를 매입한 날로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.
• 다. 청구법인에게 면제된 양도소득세를 추징한 처분이 정당한지 여부 앞에서 본 조세감면규제법 관련법령을 종합하여 보면, 주택건설 등록업자(실수요자)가 국민주택의 건설용지로 취득한 토지에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우 당초에 면제된 양도소득세를 주택건설 등록업자에게 징수하는 사유가 아파트를 건설하는 경우에는 건설부장관의 승인을 얻은 사업계획서상의 준공일까지 국민주택규모 이하의 아파트를 건설하지 아니하는 경우와, 아파트외의 국민주택을 건설하는 경우에는 당해토지를 매입한 날로부터 3년이내에 국민주택을 건설하지 아니하는 경우로 서로 다르게 추징요건을 규정하고 있는 바, 주택건설 등록업자인 청구법인이 쟁점토지 위에 아파트를 건설하는 경우로 볼 것인지 아니면 아파트건설 이외의 다른 목적으로 취득한 경우로 볼 것인지 여부를 검토하여 본다. 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점토지 위에 아파트를 건설하고자 하였다면 쟁점토지를 88.4.20 취득하고서 아파트건설에 관한 설계도를 작성한다거나 건설부장관에게 아파트건설사업계획 승인 신청서를 제출하였을 것이나, 취득후 5년이 지난 이 건 심판청구 심리일까지도 이러한 사실이 전혀 없을 뿐만 아니라 청구법인이 쟁점토지 위에 아파트를 건설하고자 하는 다른 노력의 흔적도 객관적으로 확인되지 아니하므로 쟁점토지는 아파트를 건설할 목적으로 취득한 토지라고 볼 수 없고 아파트건설 이외의 다른 목적으로 취득한 토지라고 보여지며, 또한 아파트 이외의 국민주택을 건설하기 위한 토지로 본다하더라도 청구법인이 쟁점토지를 매입한 날로부터 3년이 경과하도록 국민주택을 건설하지 아니한 경우에 해당되므로 당초에 면제된 양도소득세를 청구법인에게 법인세에 가산하여 징수한 처분은 정당하다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 국세심판관 합동회의의 의결(93.10.14)을 거쳐 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.