토지의 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제를 배제한 처분이 정당한지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요

• 가. 청구인은 66.12.31 부산직할시 서구 OOO O가 OOOOOOO 대지 183.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하여 91.10.1 청구외 OOO동 OOO금고에 양도하고 91.11.26 자산양도차익예정신고를 할 때에 장기보유특별공제 55,535,220원을 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지상의 건축물은 무허가건축물로서 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지에 해당된다고 보아, 쟁점토지의 양도소득금액을 결정함에 있어서 장기보유특별공제를 배제하고 93.3.1 청구인에게 91년도 귀속분 양도소득세 36,268,730원을 부과하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 93.4.12 심사청구를 거쳐 93.5.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인은 쟁점토지의 양도당시에는 그 지상에 건축물 1동이 있었으며 매수인이 쟁점토지를 취득한 후 그 지상건축물을 철거하였는 바, 그 지상건축물은 무허가 건축물이 아니므로 장기보유특별공제를 하여야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장은 쟁점토지상의 건축물은 70.3.5 멸실처리된 후 건축물을 신축하지 아니하였음이 처분청의 조사에 의하여 확인되고 있으며, 청구인 또한 무허가 건축물이 아니라는 구체적인 증빙서류의 제시가 없는 점으로 볼 때 청구인의 주장은 신빙성이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제를 배제한 처분이 정당한지 여부에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 소득세법 제23조 제2항 제2호에서 “보유기간이 5년이상인 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)의 양도로 인하여 발생하는 양도소득금액은, 양도가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액에서 다시 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다”고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제46조의 3에서 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)를 장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지로 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제18조의 2에서는 재무부령이 정하는 무허가건축물을 “건축법 제5조 또는 제47조 제1항의 규정에 의한 허가를 받아야 하거나 신고를 하여야 할 건축물을 그 허가 또는 신고없이 건축한 건축물과 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물을 말한다”고 규정되어 있다.
• 다. 장기보유특별공제를 배제한 처분이 정당한지 여부 국세심판소에서 부산직할시 서구청장에게 쟁점토지의 양도당시 그 지상에 건축법에 의한 건축물이 있었는지 여부를 조회한 바, 서구청장은 “쟁점토지의 양도당시인 91.10.1 현재 쟁점토지상에 건축물이 없었다”고 회신(건축 58550- 1451, 93.7.22)하고 있고, 청구인도 쟁점토지상에 건축물이 있었다는 사실을 알 수 있는 증빙자료를 제시하지 않고 있을 뿐만 아니라, 설사 그 지상에 건축물이 있었다고 하더라도 건축물관리대장등에 등재되지 않은 점으로 보아 그 지상건축물은 무허가 건축물일 것이므로 청구인의 주장은 이유없다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.