장기보유특별공제가 배제되는지 여부(기각)

[참조결정] 국심1990서1348

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 57.2.22 취득한 부산직할시 동래구 OO동 OO 답 92㎡와 동소 OOOO 답 1,402㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 각각 90.11.1 및 90.11.8 에 양도하였다. 처분청은 쟁점토지의 경우 공부상 지목은 답이나 동래구청의 90년 개별공시지가 자료인 토지특성조사표상 주거지역내 나대지로 되어 있으므로 소득세법시행령 제46조의3 규정에 의거 장기보유특별공제가 배제된다는 감사원의 감사지적에 의하여 장기보유특별공제를 배제하고 92.10.22 청구인에게 90년도 귀속분 양도소득세 89,079,950원 및 동 방위세 17,815,390원을 부과처분 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 양도당시의 관련법령에 의하면 장기보유특별공제는 지적법상 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 5배 내지 10배의 비율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우 그 초과하는 부분의 토지만 배제하도록 규정하고 있으며 또한 장기보유특별공제가 배제되는 것은 지적법시행령 제6조의 구분에 따른 지목이 대지인 경우에 한해서만 적용이 된다는 해석이 있고(재무부재산 22601-343, 91.3.11), 국세심판소(국심 90서1348, 90.9.29)에서도 건축가능지역의 종전토지의 지목이 전이면 환지경우에도 장기보유특별공제가 가능하다고 심판결정한 것을 볼 때 장기보유특별공제가 배제되는 것은 지적법상의 지목이 대지인 경우를 전제로 한 것이라 할 것이고, 쟁점토지는 양도당시 도시계획법상 주거지역내 답으로서 대지가 아니며 토지대장등 지적공부상 분명히 지목이 답으로 되어 있고 또한 합법적인 건축물의 부지이거나 관계법령상의 택지조성사업으로 인한 건축예정지도 아니기 때문에 지적법상의 지목이 대지인 경우로 볼 수 없는 바, 본건의 경우 장기보유특별공제를 배제한 처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 장기보유특별공제는 장기간에 걸쳐 형성된 양도소득을 단일 누진세율 체계로 과세함에 있어 장단기 보유에 따른 세부담상의 균형유지와 부동산의 장기보유를 유도하여 부동산투기억제를 방지하기 위해 토지와 건물에만 적용되는 것으로 건축물이 없는 나대지 상태로 장기보유하는 것은 국토의 효율적 이용을 저해하는 측면이 있으므로 지적법상 지목이 대지로서 건축물이 없는 토지와 건축물이 있더라도 일정 범위를 초과하는 부문의 토지에 대하여는 장기보유특별공제를 허용하지 않는 것으로 이 경우 대지란 지적법시행령 제6조에서 영구적인 건축물 및 그 부속시설물의 부지와 기타 법령에 의한 택지조성사업으로 인한 건축예정지라고 규정하였고 일반적으로 나대지라 함은 개발건축이 가능한 토지를 말하는 바, 쟁점토지의 경우 취득일이 57.2.22이고 양도일은 90.11월로 보유기간이 10년 이상이며 토지공부상 지목이 답으로 되어 있으나 동래구청에서 조사한 90년 귀속 개별필지 공시지가 산정기준자료인 토지특성조사표 상 주거지역내 나대지 상태로 되어 있어 처분청이 장기보유특별공제를 배제한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 이 사건은 90.11월에 양도한 쟁점토지로서 그 공부상 지목은 답이고 실제현황이 주거지역내 나대지 상태인 경우 소득세법 제23조 제2항 제2호 및 동법시행령 제46조의3(90.12..31 개정전의 것)에 의하여 장기보유특별공제가 배제되는지 여부를 가리는데 있다 하겠다. 먼저 관련 법규정에 대하여 보면,

① 소득세법 제23조(양도소득) 제2항 제2호는 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다) 및 건물의 양도에 있어서 그 보유기간이 5년 또는 10년 이상인 것에 대하여는 각 양도차익의 100분의 10 또는 100분의 30에 상당하는 금액을 장기보유특별공제액으로 양도차익에서 공제하여 양도소득금액을 계산한다고 규정하고 있다.

② 소득세법시행령 제46조의3(장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지, 90.12.31 개정전의 것)은 『법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 지적법상의 지목이 대지로서 건축물(재무부령이 정하는 무허가건축물을 제외한다)이 없는 토지와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 20에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한 면적)을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 토지는 그러하지 아니하다.

1. 양도일 현재 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 토지로서 재무부령이 정하는 것(89.8.1 개정)

2. 양도일 전 2년 이상의 기간 동안 계속하여 재무부령이 정하는 주차장·농경지·체육시설용지·제조장 기타 사업용으로 사용하는 토지로서 재무부령이 정하는 것』이라고 규정하고 있다.

③ 소득세법시행규칙 제18조의3(장기보유특별공제대상이 되는 토지)은 『① 영 제46조의3 제1항에서 “재무부령이 정하는 것”이라 함은 당해 토지의 취득후 도시계획법·자연공원법·도로법 기타 법령의 규정에 의하여 건축 및 사용이 금지 또는 제한된 경우 당해 토지를 말한다.(90.3.15 개정)

② 영 제46조의3 제2호에서 “재무부령이 정하는 것”이라 함은 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지를 말한다.(90.3.15 개정)』라고 규정하고 있다. 다음 사실관계에 대하여 보면,

① 쟁점토지는 청구인이 57.2.22 취득하여 90.11.1 및 90.11.8 양도함으로써 그 보유기간이 10년 이상이었음이 등기부등본에 의하여 확인된다.

② 쟁점토지는 그 양도당시 지적공부상의 지목이 답이었음이 토지대장에 의하여 확인된다.

③ 쟁점토지는 처분청에 대한 감사원의 감사지적서에 의하면 그 양도당시 실제현황이 주거지역내 나대지 상태이었음이 확인된다.

④ 당 심판소의 선심판결정례에 의하면 소득세법시행령 제46조의3(90.12.31 개정전의 것)에서 규정하고 있는 “지적법상의 지목이 대지”인 경우를 “지적공부상의 지목이 대(垈)”인 경우와 같은 의미로 해석하여 왔음을 알 수 있다.(국심 90서1745, 90.10.13외 다수) 이상 관련 법규정과 사실관계를 모두어 살피건대, 90.12.31 이전에 양도된 토지에 대하여 소득세법 제23조 제2항 제2호 및 동법시행령 제46조의3(장기보유특별공제대상에서 제외되는 토지, 90.12.31 개정전의 것)의 규정을 적용함에 있어서 이제까지는 동 시행령 조문에서 규정하고 있는 “지적법상의 지목이 대지”인 경우를 “지적공부상의 지목이 대(垈)”인 경우와 같은 의미로 해석하여 지적공부상의 지목이 대(垈)가 아닌 토지에 대하여는 동법시행령 제46조의3에서 정한 장기보유특별공제대상 제외토지에 해당되지 아니하는 것으로 보아 온 것이 당 심판소의 입장이었다. 그러나 첫째, 세법에서는 소득세법시행령 제44조(토지등의 범위)와 동법시행규칙 제5조(농지의 범위)에서와 같이 당해 토지의 종류를 지적공부상의 지목으로 판단해야 할 경우에는 반드시 “지적공부상의 지목”으로 표현하고 있으므로, 소득세법시행령 제46조의3에서 “지적법상의 지목”이라고 표현을 한 경우는 “지적공부상의 지목”과는 달리 해석할 필요가 있고, 둘째, 지적법 제16조(지목) 제1항에 의하면 『지목은 토지의 주된 사용목적에 따라 전·답·과수원·목장용지·임야·광천지·염전·대(垈)·공장용지·학교용지·도로·철도용지·하천·제방·구거·유지·수도용지·공원·체육용지·유원지·종교용지·사적지·묘지·잡종지로 구분하여 정한다』고 하였고, 동법시행령 제6조(지목의 구분) 제8호에서 『대:영구적 건축물의 부지와 이에 접속된 부속시설물의 부지 및 정원과 도시계획사업 기타 법령에 의한 택지조성사업으로 공사가 완료된 건축예정지는 대(垈)로 한다』고 규정하고 있는 한편, 지적법에는 “대지”라는 지목이 없고 대지에 대한 용어정의도 하고 있지 아니하나 건축법 제2조(정의) 제1호에 의하면 『“대지”라 함은 지적법에 의하여 각 필지로 구획된 토지를 말한다』고 정의하고 있고 지적법 제2조(용어의 정의) 제3호에서는 『“필지”라 함은 하나의 지번이 붙는 등록단위를 말한다』고 정의하고 있음을 볼 때 일반적으로 대지라 함은 각 지번으로 구획된 토지로서 현재 건축물이 있거나 건축이 가능한 토지를 의미하는 것으로서 지적공부상의 지목과는 다르므로 소득세법 시행령 제46조의3에서 “지적법상의 지목이 대지”라 함은 지적공부상의 대(垈)에 해당하는 토지 뿐만 아니라 건축이 가능하다면 동 지목(垈) 이외의 사실상 나대지 상태의 토지까지도 포함하는 개념이라 봄이 타당하며, 셋째, 장기보유특별공제배제는 건축이 가능한 토지임에도 건축을 하지 아니하고 보유만 하고 있는 토지를 규제하기 위한 목적이므로 지적공부상의 지목이 “대(垈)”인 토지 뿐만 아니라 사실상 나대지인 토지도 규제대상으로 보아야 하고, 그렇지 아니한 경우에는 사실상의 현황에 의하여 장기보유특별공제 배제대상에서 제외되는 토지를 규정하고 있는 소득세법 시행령 제46조의3의 단서와 동법시행규칙 제18조의3의 규정이 전혀 의미가 없다 할것이므로 동법시행령 제46조의3에서 말하는 “지적법상의 지목이 대지”인 토지에는 사실상의 나대지도 포함되는 것으로 봄이 보다 합리적이라 할 수 있고, 넷째, 소득세법시행규칙 제18조의3 제2항에 의하면 토지초과이득세법상의 유휴토지등에 해당하지 아니하는 토지의 경우에는 건축물이 없는 경우등에도 장기보유특별공제를 배제하지 아니하게 되어 있고, 한편 토지초과이득세법 제3조 제2항에서는 유휴토지판정은 사실상의 현황에 의하고 다만 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상 등록현황에 의한다고 규정하고 있음을 보더라도 소득세법시행령 제46조의3에서 말하는 “지적법상의 지목이 대지”인 경우라 함은 사실상의 현황이 나대지인 경우까지 포함하는 개념이 확실하다 할 것이며, 다섯째, 소득세법시행령 제46조의3(90.12.31 개정전의 것)은 동 조문의 “지적법상의 지목이 대지”라는 표현이 “나대지”로 90.12.31 개정되었으며, 이는 재무부 발간 개정세법 취지 설명에 의하면 창설적인 규정을 한 것이 아니라 종전의 규정을 보완한 것임을 알 수 있다. 이상내용을 모아 볼 때 소득세법시행령 제46조의3에서 “지적법상의 지목이 대지”인 토지라 함은 지적공부상의 지목이 “대(垈)”인 경우 뿐만 아니라 지적법상의 대(垈)에 유사한 토지로서 사실상의 현황이 나대지인 토지까지도 포함하는 개념이라 하겠고 이 건 쟁점토지는 그 양도당시의 현황이 나대지이었음이 확인되므로 소득세법시행령 제46조의3에 의하여 장기보유특별공제가 배제되는 토지에 해당된다. 그렇다면 쟁점토지는 장기보유특별공제가 배제되는 토지에 해당되므로 처분청이 이와같이 보아 장기보유특별공제를 배제한 처분은 적법한 반면 이와달리 소득세법시행령 제46조의3에서 말하는 “지적법상의 지목이 대지”인 경우를 “지적공부상의 지목이 대”인 경우와 같은 의미로 해석하여 본건 지적공부상의 지목이 대(垈)인 경우가 아니므로 장기보유특별공제대상 제외토지에 해당되지 아니한다는 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다.(한편 이 건 심판결정은 지금까지의 심판결정례를 변경하는 것인 바, 이후부터 종전의 심판결정례는 이 심판결정례에 의하여 대체된다) 이 건 심판청구는 합동회의 결과, 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.