[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요
- 가. 청구법인은 주택건설업을 영위하는 법인으로 제주시 OOO동 OOOOO외 4필지 과수원 19,119㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 89.8.8 취득하여 90.12.3과 90.12.20 한국토지개발공사에 협의양도(수용)하고, 90.1.1～90.12.31 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액을 신고할 때에 조세감면규제법 제57조의 규정에 의하여 특별부가세 면제신청을 하였다.
- 나. 처분청은 청구법인이 택지개발예정지구로 지정되어 사용이 제한된 토지를 취득하였으므로 쟁점토지는 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산이고, 또한 취득일로부터 양도일까지 1년이상 보유하였으나 주택건설을 착공하지도 아니한 상태이므로 청구법인의 업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 보아 조세감면규제법 제66조의 규정에 의하여 특별부가세 감면을 배제하고 92.10.16 청구법인에게 90.1.1～90.12.31 사업년도분 특별부가세분 법인세 525,903,420원을 결정고지하였다.
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 92.12.12 심사청구를 거쳐 93.3.18 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구법인 주장 청구법인은 법인의 업무와 관련여부는 법인세법시행규칙 제18조를 준용하여야 하는 바, 같은법시행규칙 제18조 제3항 제12호에서 주택신축판매업의 경우 취득후 2년까지는 비업무용부동산에서 제외하도록 되어 있으므로 취득후 2년이 경과되지 아니한 쟁점토지는 비업무용부동산에서 제외하여야 하며, 또한 쟁점토지는 청구법인의 주택신축용 토지인 재고자산으로서 취득당시부터 업무에 사용된 것으로 보아야 하므로 취득후 양도할 때까지 1년 3개월이상 업무에 직접 사용한 것으로 보아야 한다는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 국세청장은 청구법인이 쟁점토지를 취득할 때에 이미 택지개발예정지구로 지정되어 사용이 제한된 토지로서 주택건설에 사용할 수 없음을 알고 취득하였으므로 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산에 해당되며, 또한 청구법인은 주택건설업체로서 주택신축용 토지는 재고자산으로 업무에 직접 사용된 토지라고 주장하지만 쟁점토지는 취득당시 과수원으로 주택을 신축할 수 없는 토지일 뿐만 아니라 취득일로부터 양도일까지 1년이상 계속하여 주택건설을 착공하지 아니한 상태이므로 업무에 직접 사용한 부동산으로 볼 수 없어 특별부가세 면제를 배제한 처분청의 처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점토지가 청구법인의 업무와 관련이 없는 부동산에 해당된다고 보아 특별부가세 면제를 배제한 처분이 정당한지 여부에 다툼이 있다.
- 나. 관련법령 조세감면규제법 제66조와 같은법시행령 제54조에서 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산판정기준에 해당하는 경우에는 특별부가세 감면에 관한 규정을 적용하지 아니한다고 규정되어 있고, 같은법시행규칙 제20조의2 제1항 제1호에서는 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산으로 “양도일까지 1년이상 계속하여 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용 부동산을 포함한다)”을 규정하고 있다.
- 다. 특별부가세 면제를 배제한 처분이 정당한지 여부
① 국세심판소의 조회에 대하여 한국토지개발공사 사장이 회신한 자료(93.5.11 남택(호용) 1621-3676)와 건설부 고시등을 보면, 쟁점토지는 한국토지개발공사를 사업시행자로 하여 85.7.31 제주일도지구 택지개발예정지구로 지정(건설부고시 제344호)되었고 사업기간은 89.11.28～93.12.31까지로 예정되어 있다.
② 쟁점토지는 청구법인이 89.8.8 취득하기 이전인 85.7.31 건설부장관이 한국토지개발공사를 사업시행자로 하여 이미 제주일도지구 택지개발예정지구로 지정한 토지로 청구법인의 주택건설업에 사용할 수 없는 토지라고 보여지고, 더구나 조세감면규제법시행규칙 제20조의2 제1항 제1호에서는 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제12호와는 달리 매매사업용 부동산의 경우에도 양도일까지 1년이상 계속하여 업무에 직접 사용하지 아니하면 당해법인의 업무와 관련이 없는 부동산으로 보도록 규정하고 있는데, 청구법인은 쟁점토지를 89.8.8 취득하여 90.12.3과 90.12.20 양도할때까지 1년 4개월동안 업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청이 특별부가세 면제를 배제한 처분은 정당하다.
- 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.