업무용부동산과 비업무용부동산을 일괄양도함에 있어 그 구분이 불분명한 경우 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적을 초과한 면적을 비업무용부동산으로 본 당초처분의 당부.(2) 비업무용부동산의 양도차익을 전체토지면적 중 비업무용부동산의 면적이 차지하는 비율로 안분계산한 당초처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 82.6.21부터 피혁제품(신발류) 제조업을 영위하고 있는 중소법인으로서 사업부진에 따른 재무구조개선을 위하여 공장을 이전하기로 하고 경상남도 김해군 장유면 OO리 OOOOO등 14필지 소재 공장용지 등 별지토지 21,512㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 공장건물 및 구축물 5,622.44㎡(공장건물 연면적 3,198.48㎡, 기숙사 및 식당 453.96㎡, 체육시설 1,970㎡)를 91.9.16 청구외 (주)OO에게 2,473,000,000원(토지분 2,020,350,000원, 공장건물분 419,360,000원, 구축물분 33,290,000원)에 양도하고, 쟁점토지 21,512㎡중 실제공장용지로 2년이상 업무용으로 사용하고 있는 토지면적을 13,943.54㎡(공장용지 7,718㎡, 임야 1,709㎡, 농지 12,085㎡중 4,516.52㎡)로 하고 나머지농지 7,568.46㎡를 비업무용부동산으로 하여 91사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고시 업무용토지에 해당하는 특별부가세 453,748,360원은 조세감면규제법 제67조의13의 규정에 의하여 감면신고하는 한편 비업무용부동산에 해당되는 법인세 141,411,120원(특별부가세 102,124,470원 포함)을 신고납부하였다. 처분청은 청구법인이 실제공장용지로 사용한 토지의 구분이 불분명하기 때문에 쟁점토지 전체를 공장의 부속토지로 보아 지방세법상 공장입지기준면적인 12,041.6㎡를 2년이상 업무용으로 사용한 부동산으로 보고 나머지 면적 9,470.4㎡를 비업무용부동산으로 보아 비업무용부동산에 해당되는 양도차익을 전체토지면적 중 동 부동산의 면적이 차지하는 비율로 총 양도차익(1,995,936,150원)을 안분계산하여 92.9.16 청구법인에게 법인세 257,840,770원(특별부가세 179,566,880원 포함)을 결정고지하였다. 청구법인은 동 처분에 불복하고 심사청구를 제기하여 92.12.22 심사결정에 의해 쟁점토지 중 비업무용부동산의 면적이 9,470.4㎡에서 7,568.46㎡로 조정되어 법인세 143,422,660원(특별부가세 80,773,660원 포함)이 감액경정되고 나머지 처분은 기각됨에 따라 93.2.16 이에 대하여 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구법인은 쟁점토지 중 실제공장용 부속토지로 사용한 업무용토지는 13,361㎡(지목상 공장용지 7,718㎡, 임야 1,709㎡, 농지(답) 12,085㎡ 중 3,934㎡)이고 나머지 농지 8,151㎡가 비업무용부동산임이 토지현황 측정 성과도에 의하여 확인되고 있으므로 쟁점토지 전체를 공장용 건축물의 부속토지로 보아 지방세법상 공장입지기준면적을 초과하는 토지를 비업무용부동산으로 인정한 것은 부당하고, 또한 양도시 공장용지, 임야, 농지 등은 각각 별도로 매매계약서를 작성하였으므로 토지의 지목별 양도가액과 업무용 및 비업무용별 토지의 양도차익이 각각 구분될 뿐 아니라, 지목별 양도가액단가가 상이하므로 비업무용부동산에 해당되는 양도차익계산을 전체토지면적 중 비업무용부동산의 면적이 차지하는 비율로 안분계산함은 불합리하므로 총양도가액 중 비업무용 부동산에 해당되는 양도가액이 차지하는 비율로 안분계산함이 타당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 국세청장은 쟁점토지 전체가 공장울타리 안에 위치하고 있어 공장부지와 농지의 실지이용실태가 불분명하므로 쟁점토지 중 업무용부동산의 면적은 지방세법에 의한 공장입지기준면적으로 계산함이 타당하고 동 방법에 의해 계산하면 쟁점토지 중 업무용부동산의 면적과 비업무용부동산의 면적은 각각 13,943.54㎡와 7,568.46㎡가 된다. 그리고 비업무용부동산에 해당하는 양도차익계산은 전체면적 중 비업무용부동산 면적이 차지하는 비율로 안분계산하는 것이 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 업무용부동산과 비업무용부동산을 일괄양도함에 있어 그 구분이 불분명한 경우 공장용 건축물의 부속토지로서 공장입지기준면적을 초과한 면적을 비업무용부동산으로 본 당초처분의 당부.

(2) 비업무용부동산의 양도차익을 전체토지면적 중 비업무용부동산의 면적이 차지하는 비율로 안분계산한 당초처분의 당부를 가리는데 그 다툼이 있다.

• 나. 쟁점(1)에 대하여

(1) 관련법령 법인세법시행령 제43조의2 제1항 제1호 및 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제2호 (가)목 및 (나)목에 의하면 건축물(시설물포함)에 직접 사용되는 부속토지로서 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호(89.8.24 제194조의15 제1항 제1호로 개정)에 규정된 공장입지기준면적과 기타 건축물의 부속토지의 합계면적을 초과하는 토지는 비업무용부동산으로 규정하고 있으며, 지방세법시행규칙 제104조의11에서 영 제194조의15 제1항 제1호에 규정된 공장입지기준면적이라 함은 『별표4』에 의한 공장입지기준면적을 말한다고 규정하면서 『별표4』의 제1호 가목 및 제2호에서 공장입지기준면적의 계산산식을 『공장입지기준면적 = 공장건축물연면적÷품목별기준공장면적률』로 규정하고 가죽신제조업의 경우 품목별기준공장면적률은 40%로 열거되어 있다.

(2) 쟁점토지 중 비업무용부동산을 공장입지기준면적을 초과한 면적으로 본 당초처분의 당부. 첫째, 쟁점토지의 양도시 작성된 매매계약서 내용을 보면 청구법인은 91.8.30 쟁점토지를 청구외 (주)OO에 동시에 일괄양도하였음이 확인되는 반면 청구법인이 실제공장용지로 사용한 면적에 대한 증빙자료로 제출한 『토지현황측정 성과도』에 의하면 쟁점토지 중 공장건축물의 부속토지로 실제사용하였다는 경계표시는 양도일 이후인 92.12.4 대한지적공사 경상남도 김해군 출장소에서 작성된 것으로 확인되므로 쟁점토지의 양도당시에는 실제 사용한 공장건축물 부속토지의 경계표시가 별도로 없었고 쟁점토지 전체가 공장건축물 부속토지로 사용되어 왔음을 알 수 있다. 둘째, 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 가목 및 나목에 의하면 공장용 건축물과 시설물에 직접 사용되는 부속토지가 지방세법시행령 제194조의 15조 제1항 제1호에 규정된 공장입지기준면적과 기타건축물의 부속토지의 면적의 합계면적을 초과하는 경우에는 공장건축물의 부속토지의 범위는 공장입지기준면적율에 의해 계산하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지의 경우 비업무용 부동산의 면적은 총면적 21,512㎡중에서 공장입지기준면적 13,943.54㎡(공장건물의 연면적에 의한 입지기준면적 8,795.82㎡, 기숙사 및 식당의 부속토지 3,177.72㎡, 체육시설 1,970㎡)를 제외한 나머지면적 7,568.46㎡로 계산함이 타당하다 하겠다. 따라서 쟁점토지 중 비업무용부동산의 면적이 실제공장용지로 사용되지 아니한 농지 8,151㎡라는 청구주장은 이유없다고 보여지는 반면 쟁점토지 전체를 공장용 건축물의 부속토지로 보아 공장입지기준면적 및 기타시설물의 부속토지의 면적을 초과한 면적을 비업무용부동산으로 본 처분은 정당하다고 판단된다.

• 다. 쟁점(2)에 대하여 조세감면규제법 제67조의13 제1항 및 동법시행령 제55조의11 제2항의 규정을 보면, 업무용과 기타의 용도에 겸용하는 토지 등을 양도한 경우에 그 양도차익을 각각 구분하여 계산할 수 없을 때에는 그 면적의 비율에 따라 양도차익을 안분계산한다고 규정하고 있으므로 쟁점토지의 경우 비업무용부동산에 해당되는 양도차익도 쟁점토지의 총양도차익을 전체토지면적 중 비업무용토지의 면적이 차지하는 비율로 안분계산함이 타당하다고 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 『별지』 【쟁점부동산현황】 구분 지 목 소 재 지 면적(㎡) 쟁점 토지 공장용지 김해군 장유면 OO리 OOO외 4필지 7,718 답 OOO외 6필지 2,085 임 야 OOOO외 1필지 1,709 합 계 14필지 21,512 건 축 물 공장건물연면적 3,198.48 기숙사 및 식당 (바닥면적) 453.96 체 육 시 설 (운동장 1,000㎡, 테니스코트 970㎡) 1,970 합 계 5,622.44