양도일을 매매계약체결일로 볼 것인지 아니면 잔금청산일로 볼 것인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요

• 가. 청구법인은 부산직할시 해운대구 OO동 OOOOOOOO 대지 3,760㎡ 건물 1,281.83㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)를 지방으로 이전하기 위하여 주식회사 OO햄·OO우유(이하 “OO햄”이라 한다)에 양도하고 91.3월 법인세 신고를 할 때에 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 법인세와 특별부가세감면을 신청하였다.
• 나. 처분청은 쟁점공장의 양도일을 잔금을 수령한 90.1.20로 보아 89.12.30 개정된 조세감면규제법시행령 제36조 제1항의 규정에 의하여 이 건 법인세등 감면세액을 재계산하여 93.7.2 청구법인에게 92.1.1～92.12.31 사업년도분 법인세 379,882,080원을 부과하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 93.8.28 심사청구를 거쳐 91.11.23 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인은 쟁점공장을 지방으로 이전할 목적으로 89.11.17 OO햄과 매매계약을 체결하고 계약금을 수령하였으며 중도금은 89.12.20 잔금은 90.1.20 수령하였는 바, 조세감면규제법 제41조 제1항에 규정한 “양도”라 함은 소득세법상의 양도시기와는 관계없이 양도원인행위가 이루어진 매매계약 체결일을 기준으로 하여야 하므로 처분청이 쟁점공장의 양도를 잔금수령일인 90.1.20로 보아 89.12.30 개정된 조세감면규제법 시행령 제36조 제1항의 규정을 적용하여 이 건 세액을 추징한 처분은 부당하고 매매계약체결일인 89.11.17 당시에 시행된 조세감면규제법 시행령 제36조 제1항의 규정을 적용하여 쟁점공장의 양도에 대하여 법인세등을 전액 감면해야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장은 청구법인이 쟁점공장을 양도하기로 89.11.17 계약을 체결하고 90.1.20 잔금을 수령 하였는 바, 89.12.30 개정된 조세감면규제법 시행령 제36조 제1항은 동 부칙 제2조의 규정에 의거 90.1.1 이후 최초로 개시하는 과세년도부터 적용하도록 되어 있고 쟁점공장의 양도일은 잔금수령일인 90.1.20 이므로 89.12.30 개정된 조세감면규제법 시행령 제36조 제1항을 적용하여 이 건을 과세한 처분은 달리 잘못이 없다는 주장이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점공장의 양도일을 매매계약체결일로 볼 것인지 아니면 잔금청산일로 볼 것인지 여부에 다툼이 있다.
• 나. 조세감면규제법 제42조 제1항에서 “대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 법인세를 면제한다”고 규정하고 있으며, 이에 관련된 같은법 시행령 제36조 제1항을 보면, 면제세액의 계산에 있어서 89.12.30 동 시행령이 개정되기 전에는 가액기준 뿐만 아니라 면적기준에도 의할 수 있도록 하였으므로 이전후 공장의 면적이 이전전 공장의 면적보다 큰 경우 즉, 가액기준에는 미달하지만 면적기준에 초과하면 산출세액 전액을 면제받을 수 있고, 다만 가액기준에도 미달하고 면적기준에도 미달하는 경우에는 가액기준에 의해서만 면제세액을 계산하도록 하였으나, 89.12.30 동 시행령이 개정된 이후에는 90.1.1 양도하는 분부터는 가액기준과 면적기준에 의하여 계산한 금액 중 적은금액을 면제세액으로 하도록 규정하고 있다.
• 다. 처분청과 청구법인이 국세심판소에 제출한 관련자료를 보면, 청구법인은 쟁점공장을 지방으로 이전하기 위하여 89.11.17 OO햄과 1,865,329,656원에 매매계약을 체결하고 계약금으로 186,000,000원을 수령하였고 89.12.20 중도금 746,340,000원, 90.1.20 잔금 932,989,656원을 수령하였으며, 90.7.25 장수군수로부터 전라북도 장수군 천천면 OO리 OOOOOOOO 공장부지 5,410㎡를 61,824,318원에 구입하기로 가계약을 체결한 후 90.12.24 동 지상에 건물 2,670.8㎡를 착공하여 92.1.28 동 건물을 준공(건물취득가액은 780,406,600원이고, 기계장치가액은 89,726,502원임)한 사실을 알 수 있다. 청구법인은 조세감면규제법 제41조 제1항에서 규정한 “양도”라 함은 양도원인행위가 이루어진 계약체결일을 기준으로 하여야 한다고 주장하나, 위에서 규정한 양도의 경우에도 일반적으로 자산의 양도시기를 규정한 소득세법시행령 제53조 제1항의 규정에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날로 보아야 할 것이므로 처분청이 쟁점공장의 잔금수령일인 90.1.20을 양도일로 보아 89.12.30 개정된 조세감면규제법시행령 제36조 제1항 제2호를 적용하여 면제대상 소득에 대한 산출세액을 계산하고 이 건을 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.