토지가 수도권 신공항 건설용지로 한국공항공단에 수용된 데 대하여 조세감면규제법 제88조의2 규정에 의한 양도소득세감면 종합한도를 적용하여 세액감면하고 부과한 처분이 타당한지 여부(기각)

[참조결정] 국심1993서1633

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인 소유 인천직할시 중구 OO동 OOOOOO 유지 89,220㎡외 30필지의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)는 92.10.17 한국공항공단이 수도권 신공항 건설용지로 수용하고 인천직할시 공공사업지원단은 수도권 신공항건설촉진법에 의하여 동 공단이 협의매수한 쟁점토지의 양도소득세를 조세감면규제법 제57조 제4항 및 동 법시행령 제47조 제2항에 의거 감면신청(공항 3041-127, 92.11.25)하였다. 청구인은 93.5.31 쟁점부동산 양도에 따른 양도소득세 확정신고를 하면서 당해 산출세액(736,061,070원)전액에 대하여 감면신청을 하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도 및 취득당시의 기준시가에 의하여 양도소득세액을 계산하고 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호 및 제88조의2등의 규정에 의하여 세액 300,000,000원을 감면한 후 93.6.1 청구인에게 92년귀속 양도소득세 479,667,170원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 93.6.15 이의신청 및 93.8.24 심사청구를 거쳐 93.11.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 조세감면규제법(91.12.27 개정된 법률 제4451호)부칙 제19조 제2항에서 92.12.31까지 토지수용법에 의하여 수용당하는 경우 양도소득세를 전액 감면하도록 하고도 동 법 제88조의2 규정을 적용함은 부당하고, 동 부칙 조항은 동 법 제88조의2 규정보다도 우선 적용하여야 하기 때문에 이 건 쟁점부동산의 양도소득은 동 법 제88조의2의 규정에 의한 감면한도 적용대상이 될 수 없으며 동 법 부칙 제19조 제2항에 의거 전액 감면되어야 한다고 주장한다.
• 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 제88조의2의 규정에 의한 양도소득세 감면의 종합한도는 동 법 부칙 제19조의 규정에 불구하고 거주자별 과세기간별로 동 법 제57조의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세의 합계액이 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 감면하지 아니하고 과세한 것으로 해석함이 타당하고 이 건 토지의 경우 조세감면규제법 부칙 제19조 제2항에서 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있지만 동 조항에 제88조의2(감면의 종합한도)규정에 불구하고 전액 면제한다고 규정되어 있지 않는 한 감면세액 전부를 면제할 수 없는 것으로 해석하여야 할 것이므로 처분청 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점토지가 수도권 신공항 건설용지로 한국공항공단에 수용된 데 대하여 조세감면규제법 제88조의2 규정에 의한 양도소득세감면 종합한도를 적용하여 세액감면하고 부과한 처분이 타당한지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법(91.12.27 법률제4451호) 제57조(공공사업용 토지에 대한 양도소득세등 감면) 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다(단서생략)”라고 규정하면서, 그 제2호에서 “토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득”을 규정하고, 같은 법 제88조의2(양도소득세 감면의 종합한도)에서 “개인이 제57조 내지 제60조등의 규정에 의하여 감면받는 양도소득세의 합계액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”라고 규정하고 있으며, 같은법 부칙 제2조(일반적 적용례)에서 “이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세년도분부터 적용한다”라고 하고 같은 부칙 제19조(양도소득세등 감면에 관한 특례) 제2항에서 “제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지등을 1992년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 제57조 제1항 및 제66조의3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계

① 청구인이 86.2.24부터 88.4.27까지 취득한 쟁점토지를 92.10.17 한국공항공단이 신공항 건설용지로 협의 매수하고 동 공단은 조세감면규제법 제57조 제4항 및 같은 법시행령 제47조 제2항에 의한 양도소득세 감면신청을 하였다.

② 청구인은 93.5.30 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세 과세표준확정신고를 하면서 양도소득세액 736,061,070원 전액에 대하여 감면신청을 하였는 바, 처분청은 청구인의 위 감면신청에 대하여 조세감면규제법 제88조의2의 규정을 적용하여 세액 3억원을 감면한 후 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였다.

• 라. 쟁점토지의 양도에 따른 양도소득세액 3억원을 감면하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분이 타당한지 여부

① 위 조세감면규제법 제57조 제1항 제2호 및 제88조의2의 규정과 같은법부칙 제19조의 규정에 의하면 92년도중에 토지등이 토지수용법등의 법률에 의 하여 수용된 경우에는 당해 양도소득세의 세액전액을 감면하되 그 감면 한도액은 과세기간별로 3억원을 초과할 수 없는 것인 바, 처분청이 청구인에게 쟁점토지의 양도(수용)에 따른 양도소득세를 부과함에 있어서 양도 및 취득당시의 기준시가(공시지가)에 의하여 양도소득세액을 계산하고 위 조세감면규제법 제88조의2의 규정에 의하여 세액 3억원을 감면한 후 이 건 부과한 처분은 적법하다고 할 것이다(국심 93서1633, 93.9.27 같은 뜻).

② 청구인은 같은법 부칙 제19조의 규정을 들어 이 건 양도소득세액 전액을 면제하여야 한다고 주장하고 있으나 앞에서 살펴본 바와 같이 같은법 제88조의2 규정에 의거 양도소득세의 감면은 과세기간별로 3억원을 초과할 수 없는 것이며, 또한 당해 규정은 91.1.1 양도분부터 적용하도록 동법(90.12.31 법률 제4285호)부칙 제20조에서 규정하고 있고, 91.12.27 개정된 동법부칙 제19조가 법 제88조의2 규정에 불구하고 양도소득세 전액을 면제한다는 것은 아니라고 해석되므로 청구주장은 받아들일 수 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.