공장용지를 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도한 후 공장용지 이전에 대한 세액면제 신청을 하였으나 면제요건의 미비로 인하여 세액면제가 배제된 경우에 있어서 감면신청을 하지 아니한 국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면을 받을 수 있는지 여부(기각)

[참조결정] 국심1990부0861

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분개요 청구인은 청구인이 87.7.30 취득하여 전자부품제조공장부지로 사용해온 경상북도 김천시 OO동 OOOOO외 4필지 대지·답등 9,451㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 91.7.30 주택건설등록업자인 청구외 OO주택건설(대표: OOO)에게 국민주택건설용지로 양도하였다. 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 조세감면규제법 제67조의 12(2년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세면제) 제4항의 규정에 의거 양도소득세 면제신청을 하였으나 쟁점토지의 양도일로부터 1년 이내에 신공장을 시공하여야 하는 요건을 충족하지 못하여 그 면제신청이 배제되었고, 아울러 쟁점토지를 취득한 위 OO주택건설이 같은법 제62조(국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 감면) 제4항에 의한 양도소득세의 감면신청을 하지 아니하여 양도소득세액의 감면도 배제되었다. 처분청은 쟁점토지의 양도와 관련 청구인에게 93.1.15 취득 및 양도 당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세 291,137,010원을 결정 고지하였고, 그 후 위 양도차익을 계산함에 있어서 기준시가의 적용을 잘못한 사실을 확인하고 당해 양도차익을 재계산하여 93.3.16 양도소득세 302,436,830원을 추가 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 93.9.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 조세감면규제법상 감면 혜택이 큰 조세감면규제법 제67조의 12에 의한 『2년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제』를 받고자 처분청에 당해 면제신청을 하였으나 공장이전 예정인 공단 조성이 지체되어 공장용지 양도일로 부터 1년이내에 신공장을 시공을 하지 못함으로써 면제요건의 미비로 면제배제되었는 바 비록 조세감면규제법 제62조의 규정에 의한 『국민주택건설용지에 대한 감면』을 받기 위한 감면신청은 하지 아니하였지만 실질적으로는 감면신청을 한 것과 같다고 할 것이므로 양도소득세액 50/100을 감면함이 타당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 국세청장은 청구인으로 부터 쟁점토지를 매입(91.7.30)한 청구외 OO주택건설(대표: OOO)이 당해 토지를 매입한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한인 92.5.31까지 세액 감면신청을 관할 세무서에 한 바 없으므로 처분청이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 세액감면 배제하고 과세한 처분에 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 공장용지를 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도한 후 조세감면규제법 제67조의 12의 규정에 의한 『공장용지 이전에 대한 세액면제』를 받기 위한 면제신청을 하였으나 면제요건의 미비로 인하여 세액면제가 배제된 경우에 있어서 감면신청을 하지 아니한 같은 법 제62조의 규정에 의한 『국민주택건설용지에 대한 양도소득세 감면』을 받을 수 있는지 여부를 가리는 데 다툼이 있다.
• 나. 쟁점토지의 양도소득에 대하여 세액감면을 배제한 처분의 당부

(1) 관련법령인 조세감면규제법 제62조 제1항 및 제4항에 의하면 내국인이 토지를 국민주택의 건설용지로 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 “주택건설등록업자”에게 양도하는 경우에는 양도소득세의 100분의 50에 상당한 세액을 감면하되 대통령령이 정하는 바에 의하여 주택건설등록업자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제50조 제6항에 의하면 법 제62조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 주택건설등록업자는 당해 토지를 양도하는 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고 기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서에 주택건설사업등록증 사본등을 첨부하여 양도자의 주소지 관할세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 위 규정 내용의 취지는 토지가 국민주택건설용지로 주택건설등록업자에게 양도된 경우 그 양도소득세의 면제를 받기 위하여는 반드시 그 매입자가 소정기간내에 면제신청을 하여야 하고 만일 소정기간내에 면제신청을 하지 아니한 경우에는 양도소득세를 면제받을 수 없는 것으로 보여진다(대법원 88누1462, 88.5.23, 국심 90부861, 90.8.8 같은 뜻임).

(2) 이 건의 경우를 보면, 청구인은 쟁점토지를 91.7.30 주택건설등록업자인 OO주택건설(대표: OOO)에게 양도하고서 92.5.30 조세감면규제법 제67조의12 제1항에 의한 『2년이상 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세면제』를 받기 위해 처분청에 당해 면제신청을 하였으나 쟁점토지의 양도일로부터 1년이 되는 92.7.29까지 신공장이 시공되지 못함으로써 같은법시행령 제55조의10 제5항에서 정하고 있는 면제요건을 갖추지 못하여 면제 배제되었는 바 당해 신공장의 시공이 지체된 이유의 하나가 공장이전 예정부지인 김천 2차공업단지 조성이 청구인등 입주업체의 분담금 납부지체로 지연된 데 있음이 김천시 공문(지경 10410-540, 92.7.1)에 의하여 확인된다.

(3) 청구인이 91.7.30 쟁점토지를 주택건설등록업자인 청구외 OO주택건설에 양도한 후 양수인인 동 주택건설등록업자가 당해년도 과세표준신고기한인 92.5.31까지 쟁점토지와 관련한 양도소득세액 감면신청서를 제출하지 아니한 사실에 대하여는 처분청과 청구인사이에 다툼이 없는 바, 조세감면규제법 제62조 및 같은법시행령 제50조 제6항의 규정에 의하여 감면신청서가 제출되지 아니한 이 건에 있어서 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.