[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 운송보관의 택시업을 영위하는 법인으로 90.5.7 차고지등 업무용으로 사용하던 경기도 수원시 권선구 O동 OOOOOO외 4필지 토지 2,601㎡ 및 건물 168.96㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구외 OOOO전자(주)에 양도하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 520,000,000원에 양도하고도 354,050,000원에 양도한 것으로 허위로 신고한데 대하여 92.8.16자로 90.1.1～12.31 사업년도 법인세 127,818,000원(특별부가세 58,099,090원 포함) 및 동 방위세 21,905,400원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.10.13 이의신청, 93.1.7 심사청구를 거쳐 93.3.12 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구법인은 쟁점부동산을 2년이상 업무용으로 직접 사용하다가 양도하였고 양도가액을 당초에 354,050,000원으로 신고하였으나 대체취득자산이 양도가액 520,000,000원 보다도 많고 세액면제신청서는 적법하게 제출하였으므로 특별부가세를 전액 면제하여야 한다는 주장이다.
- 나. 국세청장은 양도가액 520,000,000원중 과소신고한 양도차익 165,950,000원에 대한 특별부가세의 면제여부는 구 조세감면규제법 제67조의13 제4항의 규정에서 면제신청을 하는 경우에 한하여 적용하도록 하였음에도 청구법인은 면제신청서에 양도차익을 과소신고하였고, 쟁점부동산의 양도가액을 354,050,000원으로 기장하여 이 금액만 새로운 고정자산으로 취득하는데 사용하였다고 보아지므로, 양도가액을 고의로 조작하여 과소기장 및 과소신고한 금액까지 특별부가세를 면제하는 것은 법규정의 취지에도 어긋나는 것으로 처분청의 처분은 적법하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁 점 이 건의 쟁점은 법인이 2년이상 계속하여 업무용으로 직접 사용한 토지등을 양도하기전에 대체자산을 취득하고, 허위로 양도가액을 낮게 신고하여 조세감면규제법 제67조의13의 규정에 의하여 이미 특별부가세를 감면하였으나 그 후에 양도가액의 허위사실이 밝혀짐에 따라 처분청이 실지양도가액과 당초 신고한 양도가액과의 차액에 해당하는 특별부가세를 부과한 경우, 법인이 양도일로부터 3년이내에 또 다른 자산을 취득한 경우에도, 이미 부과한 특별부가세를 취소(환급)하여야 하는지를 가리는데 있다.
- 나. 과세경위 청구법인이 90.3.8 경기도 수원시 권선구 O동 OOOO외 2필지 토지 2,634㎡(이하 “갑부동산”이라 한다)를 268,526,280원에 취득하고, 90.5.7 업무용으로 사용한 경기도 수원시 권선구 O동 OOOO외 4필지 토지 2,601㎡ 및 건물 168.96㎡를 실지로 520,000,000원에 양도하고도 354,050,000원에 양도한 것으로 신고(91년 3월)하여 조세감면규제법 제67조의13의 규정에 의하여 특별부가세 54,073,400원을 감면받았으나, 그 후에 청구법인이 양도한 토지의 가액이 520,000,000원인 사실이 밝혀짐에 따라 92.8.16 청구법인에게 90.1.1～12.31 사업년도분 법인세 127,818,000원(특별부가세 58,099,090원 포함) 및 동 방위세 21,905,400원을 부과하였다. (청구법인은 이 건 심판청구에서 특별부가세분 58,099,090원에 대하여 다투고 있음)
- 다. 관련법령 조세감면규제법(91.12.27 개정이전의 것을 말한다, 이하 같다) 제67조의13 제1항에서 “법인이 2년이상 계속하여 당해법인의 업무용(목장용: 매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다”라고 규정하고, 제4항에서는 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”라고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제55조의11 제3항에서 “특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에 상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년 이내에 토지·건물 또는 기계장치를 취득하고 이를 당해법인의 업무용으로 직접 사용한 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기 전에 업무용으로 직접 사용하는 토지·건물 또는 기계장치를 취득하는 경우에는 그 취득일로부터 2년 이내에 토지등을 양도하여야 한다”라고 규정하고, 제4항에서 “특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 하며 새로운 토지·건물 또는 기계장치를 취득한 때에는 그 취득일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 다음 각호의 서류를 제출하여야 한다.
1. 제3항 본문의 경우에는 재무부령이 정하는 취득명세서
2. 제3항 단서의 경우에는 재무부령이 정하는 취득명세서 및 양도계획서”라고 규정하고 있다.
- 라. 청구법인이 “쟁점부동산”을 양도한 후에 취득한 재산에 대하여도 조세감면규제법 제67조의13의 규정에 의하여 특별부가세를 감면하여야 하는지에 대하여
① 청구법인이 위와 같이 업무용부동산을 취득 및 양도하고 과세표준신고와 함께 제출한 “취득명세서 및 양도명세서(조세감면규제법시행규칙 제20조의8에 의한 별지 32호 서식)”에 취득한 고정자산에는 “갑부동산”과 양도한 자산에는 “쟁점부동산”을 기재하고 있을 뿐, 90.5.18 신축한 경기도 권선구 O동 OOOO 건물 186.9㎡와 92.9.4 준공한 건물 461.32㎡(이하 “을부동산”이라 한다)은 기재된 바 없으므로 “을부동산”에 대하여는 신고하지 아니한 것으로 보인다. 그런데 조세감면규제법 제67조의13 제4항에서 “면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있어서, 면제신청은 감면요건이므로 면제신청을 하지 아니한 “을부동산”의 취득은 감면요건을 충족하지 아니하였다고 보여진다.(대법원 88누1462, 88.5.24 판결참조)
② 청구법인은 “을부동산”을 양도한 520,000,000원중 165,950,000원을 기장누락하고 당초의 업무목적(차고)과는 달리 다른사업(주유소)을 추가로 영위하기 위하여 청구외 OO석유주식회사로부터 300,000,000원을 장기차입하여 주유소건물과 시설을 취득하였음이 청구법인이 제시한 항변자료와 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되므로 조세감면규제법 제67조의13에서 규정한 감면요건에 해당되지 아니한다. (국세청예규 법인 22601-2738, 87.10.10 같은 취지)
③ 위의 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인은 “쟁점부동산”을 양도하고 비록 3년이내에 “을부동산”을 취득하였지만 “을부동산”의 취득에 대하여 법령이 정하는 바에 따라 처분청에 신고한 바 없고, “을부동산”은 기존의 업무와 다른 주유소업을 영위하기 위하여 취득자금을 차입하여 신규사업을 영위한 것으로 보이고, 더욱이 “을부동산”의 대부분은 이 건 과세처분이 있은 후에 취득한 것이어서 청구주장은 이유없고 처분청의 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.