금융기관이 저당권 실행으로 취득한 부동산이 개정이전 규정의 기준에서는 비업무용부동산에 해당하지 아니하나 개정규정에 의하여 비업무용부동산에 해당하게 되는 경우, 당해 부동산에 대한 비업무용부동산 적용기간은 규정개정이후부터 사업년도 종료일까지인지, 아니면 사업년도 전체기간인지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 OO상호신용금고라는 상호로 금융업을 영위하는 법인으로 89.7.1～90.6.30 사업년도 법인세 과세표준과 세액을 신고하면서 저당권실행으로 88.6.28 취득한 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO 대지 319㎡와 88.10.25 취득한 강원도 태백시 OO동 OOOOOO 대지 241㎡ 건물 53.1㎡(이하 “비업무용부동산”이라 함)의 가액에 대한 차입금지급이자의 손금불산입기간을 90.4.4～90.6.30로하여 신고납부하였다. 처분청은 청구법인의 비업무용부동산에 대한 차입금 지급이자의 손금불산입기간을 89.7.1～90.6.30 사업년도 전체로 적용하여 92.5.16 위 사업년도 법인세 11,920,370원과 방위세 1,872,790원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.6.20 심사청구를 거쳐 92.9.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제11호 규정에 의거 저당권실행으로 취득한 부동산을 취득일로부터 2년 6월이 될때까지는 비업무용부동산에서 제외하던 것을 90.4.4 재무부령 제1818호로 같은 규정이 개정되어 취득일로부터 1년이 되는 날까지를 비업무용부동산에서 제외한 것에 대하여 청구법인은 6월말 법인이므로 법개정일 이후인 90.4.4～90.6.30 기간에 대하여 비업무용부동산을 적용하여야 함에도 처분청이 이를 89.7.1～90.6.30 사업년도분 전체기간에 대하여 적용한 것은 국세기본법 제18조 제2항의 소급과세 금지원칙에 위배하여 과세한 처분으로 부당하다는 주장이다. 국세청장은, 위의 시행규칙은 90.4.4 개정되었고 같은법 시행규칙부칙 제2조 규정에 의거 시행후 최초로 종료하는 사업년도부터 적용하도록 되어 있으므로 사업년도 종료일을 기준으로 비업무용부동산 여부를 판단하여야 하고, 이는 소급과세에 해당되지 않으며 처분청에서 89.7.1～90.6.30 사업년도 전체에 대하여 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 청구법인이 저당권실행으로 취득한 비업무용부동산에 대하여 89.7.1～90.6.30 사업년도의 비업무용부동산 적용기간을 위의 법 시행규칙 개정일인 90.4.4 이후부터 적용하는 것인지 사업년도 개시일부터 적용하는지를 가리는데 있다.
• 나. 90.4.4 개정된 법인세법 시행규칙(재무부령 제1818호, 이하 같다) 제18조 제4항 제11호에서 “법인이 저당권의 실행으로 인하여 취득한 자산 기타 채권의 변제를 받기 위하여 취득한 자산으로서 다음 각목의 것은 비업무용부동산으로 보지 아니한다”라고 하고 가목에서 “자산취득일로부터 1년이 경과되지 아니한 것”으로 규정하고, 같은법 시행규칙의 부칙 제2조에서 “이 규칙은 이규칙 시행후 최초로 종료하는 사업년도분부터 적용한다”라고 규정하고 있다. 이를 살펴보면 개정된 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제11호 가목의 규정은 90.4.4 이후 최초로 종료하는 사업년도 전체기간에 대하여 적용하는 것으로 판단된다.(같은뜻: 국세청 법인 22601-1966, 90.10.15) 청구법인이 주장하는 소급과세 해당여부에 대하여는 국세기본법 제18조 제2항에서 “국세를 납부할 의무(세법에 징수의무가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다” 라고 규정하고 있다. 새로운 세법해석의 적용시점에 대하여는 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이할 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하는 것(같은뜻: 국세기본법 기본통칙 2-2-02...18)이고 국세기본법 제21조 제1항 제1호에서 납세의무의 성립시기는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때라고 규정하고 있으므로 그 사업년도가 89.7.1～90.6.30인 청구법인에 대하여 90.4.4 개정된 법인세법 시행규칙의 개정규정을 적용하여 과세한 처분청의 처분은 소급과세에 해당되지 아니한다고 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.