[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 인천직할시 서구 OO동 OOO소재 잡종지 171,017㎡, 같은구 OO동 OOOOOO소재 잡종지 6,464.3㎡, 경상남도 삼천포시 OO동 OOO소재 잡종지 9,752㎡ 합계 187,233.3㎡(이하“쟁점토지”라 한다)를 83.11.4부터 85.9.28까지 사이에 공유수면 매립을 원인으로 취득하여 90.9.2부터 90.12.20까지 사이에 양도한 후 91.3.30 특별부가세는 100% 비과세 처리하고 방위세 3,257,994,710원만 신고납부하였다. 처분청은 쟁점토지의 양도에 따른 특별부가세는 조세감면규제법(89.12.30 개정)제59조 제10호의 규정에 의하여 50% 감면대상으로 보아 92.1.10 청구법인에게 법인세 4,291,586,650원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.2.24 심사청구를 거쳐 92.5.23 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 공유수면매립지는 기존토지와 같이 항시 양도가능 상태가 유지되는 것이 아니고 매립공사가 완성되어 등기절차가 이루어져야만 토지로서 매매가 될 수 있을 뿐 아니라 매립중에 판매되는 경우는 일종의 매립면허 권리로서만 양도되는 것인 바, 특별부가세 적용시 기투자된 매립지를 일반토지의 양도와 동일시하여 매립면허의 취득이나 완공여부를 불문하고 양도일자를 기준으로 과세함은 조세법령상 불소급의 원칙에 반하므로 쟁점토지의 양도에 따른 특별부가세는 100% 비과세 대상에 해당되고, 또한 공유수면매립에 의하여 취득한 토지의 매매는 양도가 아니고 제품의 판매에 해당되기 때문에 특별부가세의 과세대상이 아니라는 주장이다. 국세청장은 청구법인이 쟁점토지를 88.12.31 이전에 취득하였더라도 90.9.2부터 90.12.20까지 사이에 양도하였기 때문에 89.12.30 개정된 조세감면규제법 제59조 제10호의 적용대상이 되므로 처분청이 동 규정에 따라 특별부가세를 과세한 당초처분은 잘못이 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 특별부가세가 50%세액의 감면대상에 해당된다고 본 당초처분의 당부.
- 나. 관련법령 조세감면규제법(89.12.30 개정, 법률 제4165호) 제59조 본문 및 제10호의 규정을 보면, 공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다라고 규정하고 있고, 같은법 부칙 제1조 및 제5조에 의하면 이 법은 90.1.1부터 시행하되, 제59조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 것부터 적용하며 이 법 시행당시 종전의 소득세법·법인세법 또는 이 법의 규정에 의하여 부과(환급, 추징 또는 징수를 포함한다)하였거나 부과할 양도소득세 또는 특별부과세에 관하여는 종전의 규정에 의한다라고 규정하고 있다.
- 다. 쟁점토지의 특별부가세가 50% 세액감면대상에 해당된다고 본 당초처분의 당부. 첫째, 앞에서 살펴본 조세감면규제법(89.12.30 개정) 제59조 제10호의 규정이 신설되기 이전까지 시행 되어온 법인세법 제59조의3 제2항 제6호 및 같은법 부칙 제12조 제2항의 규정을 보면 89.1.1 이후 최초로 공유수면 매립법에 의하여 매립의 면허를 받은자가 취득한 토지를 양도하는분 부터는 특별부가세의 50%에 상당하는 금액을 면제하고, 89.1.1 이전에 이미 공유수면 매립법에 의하여 매립의 면허를 받은자가 취득한 토지의 양도분의 특별부가세는 100%에 상당하는 금액을 면제하도록 규정되어 있는데 반해, 89.12.30 위 법인세법 규정을 폐지하면서 신설된 조세감면규제법 제59조 제10호 및 같은법 부칙 제1조의 규정에 의하면 90.1.1 이후에 매립지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세의 50%에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 과거에 매립면허를 받은자에 대한 예외규정을 별도로 두지 아니함으로써 종전에 기히 매립면허를 받아 취득한 매립지를 90.1.1 이후에 양도하는 경우에도 이제는 전액 감면혜택을 부여하지 아니하고 50%만 감면받을 수 있도록 정책변경을 반영한 것으로 해석된다(법제처 기획 02102-11, 91.5.17 같은 해석임). 따라서 청구법인은 89.12.31 이전에 공유수면 매립면허를 취득하고 조성한 매립지를 90.9.2부터 90.12.20까지 양도하였음이 쟁점토지의 매매계약서, 양도대금 입금품의서 및 입금표등에 의해 확인되고 있을 뿐 아니라 처분청과 청구법인간에 다툼이 없으므로 쟁점토지의 양도에 따른 특별부가세는 100분의 50에 상당하는 세액이 감면대상임을 알 수 있고, 둘째, 공유수면매립지의 양도는 제품의 판매에 해당되기 때문에 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세를 과세한 처분은 부당하다는 청구법인의 주장에 대하여 살펴보면, 법인세법 제59조의3(88.12.26 개정)제2항 제6호 및 조세감면규제법(89.12.30 개정) 제59조 제10호의 규정에 의하면 공유수면매립법의 규정에 의하여 공유수면을 매립한 자가 그 취득한 매립지를 양도함으로써 발생한 소득은 양도소득세 또는 특별부가세의 과세대상이 된다고 규정하고 있으므로 직접 매립을 한 청구법인이 매립지상태로 양도한 쟁점토지의 경우는 특별부가세의 과세대상에 해당된다 하겠다. 위의 관련법령 및 사실을 종합하여 볼 때, 90.1.1 이후인 90.9.2부터 90.12.20 사이에 양도한 쟁점토지의 특별부가세는 조세감면규제법(89.12.30 개정) 제59조 제10호의 규정에 의하여 100분의 50에 상당하는 세액감면대상에 해당된다고 보여지므로 처분청이 동 규정에 따라 특별부가세를 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없이 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.