[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 사실 및 원처분 개요 청구법인은 법인세법 제26조의 규정에 의한 89.3.1～90.2.28 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액신고를 한 사실이 없으며, 청구법인 소유인 경기도 양주군 남면 OO리 OOOOOO 외 21필지 대지 3,934㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 89.6.30 양도하고 구법인세법 제59조의 3 제2항 및 제3항과 동법시행령 제124조의 8 제4항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청서를 신고기한내에 제출한 사실이 없다. 처분청은 청구법인의 위 사업년도에 대한 법인세를 결정함에 있어 쟁점토지의 양도차익 48,632,994원 및 임대료수입 6,425,000원을 법인세 과세표준계산시 익금에 산입하고 특별부가세 면제를 배제하여 91.10.17 청구법인에게 법인세 34,374,030원(특별부가세 17,839,020원을 포함한 금액임) 및 동 방위세 2,642,780원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 91.12.7 심사청구를 거쳐 92.3.16 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 처분청이 법인세 과세표준계산시 익금에 산입한 쟁점토지의 양도차익 및 임대료수입은 전액 학교교육을 위하여 지출하였음이 장부 및 증빙서류에 의하여 확인이 가능하므로 조세감면규제법 제49조(기부금등의 손금산입) 제3항의 규정에 따라 전액 손금에 산입해야 하고, 쟁점토지 양도차익에 대한 특별부가세 면제신청서를 90.5.15 관할세무서에 제출하였으므로 특별부가세 면제를 배제한 처분은 부당하다는 주장이다. 국세청장은 청구법인이 비영리법인인데도 법인세법시행령 제2조 제4항 및 동법시행규칙 제24조의 규정에 의한 수익사업과 비영리사업을 구분경리한 사실이 없고 청구법인 스스로 수익사업에서 발생한 소득을 기부금으로 계상한바 없으므로 조세감면규제법 제49조 제3항을 적용하지 아니한 당초 처분은 잘못이 없으며, 또 청구법인은 쟁점토지를 89.6.30 양도하고 법인세 과세표준 신고기한인 90.5.14까지 특별부가세 면제신청서를 제출한 사실이 없으므로 특별부가세 면제를 배제한 처분 역시 잘못이 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 이 건의 다툼은 쟁점토지의 양도차익 및 임대료수입을 조세감면규제법 제49조 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입할 수 있는지 여부 및 특별부가세 면제신청서를 법인세 과세표준 신고기한내 제출하지 아니한 경우 특별부가세 면제를 배제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
- 나. 관련법규정을 보면, 법인세법시행령 제2조 제4항은 “비영리 내국법인이 수익사업을 영위하거나 수입이 있을 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수입사업 또는 수입의 원천(이하 “수익사업”이라 한다)에 속한 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 "비영리사업"이라 한다)에 속하는 것을 각각 개별의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우에 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다”고 규정하고 있고, 동법시행규칙 제24조 제1항은 “영 제2조 제4항과 영 제4조에 규정하는 경리의 구분은 당해 각 규정에 의하여 구분하여야 할 사업 또는 수입별로 익금과 손금을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하는 것으로 한다. 다만, 각 사업 또는 수입에 공통되는 익금과 손금은 예외로 한다”고 규정하고 있다. 또 조세감면규제법 제49조 제3항은 “사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 학교법인 또는 사회복지사업법 제7조의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인이 당해 수익사업에서 발생한 소득을 그 법인이 운영하는 학교의 학교교육 또는 사회복지사업을 위하여 지출하는 기부금은 당해 사업년도의 소득금액의 범위안에서 이를 그 사업년도의 손금에 산입할 수 있다”고 규정하고 있다. 구법인세법 제59조의 3 제2항에서는 특별부가세 면제대상을 열거하고 동항 제3호는 “사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 소유하는 기본재산을 교육사업에 사용할 목적으로 양도함으로서 발생하는 소득”을 규정하고 있으며, 동법 동조 제3항에서는 “제2항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있고, 동법시행령 제124조의 8 제4항에서는 “법 제59조의 3 제2항 제3호의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준신고서와 함께 재무부령이 정하는 특별부가세 면제신청서를 제출하여야 한다”고 규정하고 있다.
- 다. 사실관계를 보면, 청구법인은 비영리법인(학교법인)으로 자산, 부채, 손익을 수익사업과 비영리사업에 속하는 것으로 각각 구분하여 경리하여야 함에도 불구하고 이의 구분없이 현금의 수입·지출을 기준으로 단식부기에 의한 회계처리를 하여 세입·세출결산서를 감독기관에 보고하고 있으며, 신고기한내에 수익사업에 대한 법인세를 신고한 사실도 없다. 원래 기부금이란 타인에게 당해 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 것으로서 재산적가치가 있는 것을 의미하는 것인데 조세감면규제법 제49조 제3항의 규정에 의한 기부금등은 이와는 달리 동일 법인내의 수익사업회계에서 비영리사업회계(학교회계)로 전출되는 경우에도 기부금등으로 손금산입을 인정한다는 특례규정이며, 이의 적용은 관련법령에 규정된 요건과 절차를 충실히 이행한 경우에 한하여 적용된다 할 것이다. 따라서 청구법인이 수익용 기본재산 처분대금을 학교교육을 위하여 지출하였음이 법인세법에 규정되어 있는 수익사업과 비영리사업의 구분경리를 통하여 학교회계로 전출된 사실등에 의하여 명백히 입증되지 아니하는한 조세감면규제법 제49조 제3항의 규정에 의한 기부금등의 손금산입은 이를 인정할 수 없다. 또 청구법인은 쟁점토지의 양도일이 속하는 사업년도의 법인세 과세표준 신고기한(90.5.14)까지 구법인세법시행령 제124조의 8 제4항의 규정에 의한 특별부가세 면제신청서를 제출한 사실이 없으므로 특별부가세 면제를 배제한 처분에는 잘못이 없다. 이 건은 청구주장이 모두 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.