청구법인이 수취한 세금계산서를 건설업면허대여업체로부터 교부받은 “사실과 다른 세금계산서”인 것으로 보아 매입세액공제를 배제한 처분의 당부(취소)

[주 문] 부천세무서장이 91.10.15 결정고지한 87년 제2기분 부가가치 10,120,000원 및 88년 제1기분 부가가치세 5,965,910원의 부과처분 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 건설업체인 청구외 OO종합건설(주) 《이하 “청구외법인”이라 한다》와 87.8.1 공장증축계약을 체결하고 공사기성고에 따라 87.10.5 부터 88.2.15 기간에 걸쳐 총공사금액 141,715,933원을 지급하면서 세금계산서 3매를 수취하였다. 처분청은 청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 세금계산서중 용산세무서로부터 위장거래하고 통보된 88.2.15 자의 49,715,922원에 대한 세금계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액공제를 배제하면서 그외에 위 공사와 관련된 여타의 세금계산서에 대하여도 매입세액 공제를 배제하고 91.10.15 자로 87년 제2기분 부가가치세 10,120,000원 및 88년 제1기분 부가가치세 5,965,910원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 91.11.1 심사청구를 거쳐 92.1.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 청구외법인이 동 공장을 증축하였음이 당해 관계서류에 의하여 입증이 됨에도 불구하고 처분청은 쟁점계산서만을 근거로 진실한 세금계산서인지의 여부도 확인함이 없이 청구외법인을 건설업면허 대여업자로 인정하여 총공사금액 141,715,933원에 대한 매입세입공제를 배제한 당초처분은 부당하다고 주장한다. 국세청장은 청구법인이 동 공장의 증축공사를 청구외법인이 하였음을 입증할 수 있는 증빙을 제시하지 않고 있고 청구외법인은 86년 3월부터 88년 2월에 이르는 기간동안 604회에 걸쳐 면허를 대여하여 88.2.15 건설업면허를 취소당한 부실한 건설업체임을 미루어 볼 때, 청구법인이 청구외법인으로부터 받은 세금계산서 3매 141,715,933원을 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제배제한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 배제할 수 있는지의 여부에 다툼이 있다. 부가가치세법 제17조 제2항의 규정에 의하면 사업자가 세금계산서를 교부받지 아니하였거나 교부받은 세금계산서를 정부에 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우 “매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하고 있다. 첫째, 청구외법인은 86년 3월부터 88년 2월에 이르는 기간동안 604회에 걸쳐 면허를 대여하여 88.2.15 건설업면허를 취소당한 부실한 업체이나, 건설업면허 대여로 인하여 법원 및 검찰청으로부터 용산세무서에 통보된 범죄일람표에 의하면 청구법인이 공장을 증축한 87.11.5 부터 88.2.15 기간 청구외법인이 건설업면허를 대여하여 건설한 공사중에 청구법인의 공장증축이 포함되어 있지 아니하고, 둘째, 청구외법인을 관할하는 용산세무서는 쟁점계산서가 위장거래임을 처분청에 통보할 때 청구외법인의 87사업년도 결산서 부속명세서인 공사손익명세서에 계상된 공장증축공사 수입금액 141,715,933원중에서 이를 차감해야 할 것임에도 불구하고 감액경정하지 않았음이 당심의 심리자료 요구에 대한 용산세무서의 답변(법인22631-669, 92.5.2.)에 의거 확인이 되고 있을 뿐만 아니라 셋째, 처분청은 용산세무서에서 통보된 쟁점계산서가 위장거래에 의한 계산서로서 청구법인의 공장을 청구외법인이 증축하지 아니하였다고 할 경우 실지건설업자에게 과세해야 함이 타당할 것임에도 불구하고 이를 밝혀내지 못하고 있는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인의 증축공사시 청구외법인이 건설업 면허를 대여하였는지의 여부가 명확히 밝혀지지 않는 이 건의 경우에 처분청이 청구법인의 증축공사와 관련된 이 건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 배제한 것은 부당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.