연말정산근로소득지급조서를 법정제출기한이 지난후에 제출하였을 때 지연제출가산세(3/1,000)를 적용할 수 있는지 여부(경정)

[주 문] 공주세무서장이 91.8.16 청구법인에게 결정고지한 법인세 9,506,200원의 처분은, 90년 귀속 연말정산분 근로소득 지급 조서 지급금액의 3/1,000에 상당하는 가산세를 적용하는 것 으로 하여 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 충남 연기군 조치원읍 OO동 OOOOO에 소재한 의료법인으로서 90년도 귀속 연말정산분 근로소득 지급조서를 법정제출기한인 91년 2월말일 까지 제출하지 아니하고 91.4.10 제출하였다. 처분청은 청구법인이 근로소득지급조서를 기한내에 제출하지 아니하였다 하여 법인세법 제41조 제4항의 규정에 의하여 그 지급금액의 3/100에 상당하는 가산세 9,506,220원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복, 전심절차를 거쳐 92.3.4 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 법인세법 제63조 제5항 제1호에서 지급조서 지연제출기한을 6월 30일까지로 규정하고 있으므로 청구법인의 경우 법인세법 제41조 제4항 단서의 규정에 의하여 지급금액의 3/1,000에 상당하는 지연제출 가산세를 부과해야 한다는 주장이다. 국세청장은 청구법인이 지급조서를 91.2.28 까지 정부에 제출하여야 함에도 91.4.10 이를 제출하였으므로 법인세법 제41조 제4항 본문의 규정에 의하여 그 지급금액의 3/100에 상당하는 가산세를 적용하는 것이 타당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 사건은 90년 귀속 연말정산분 근로소득 지급조서를 91년 2월말 까지 정부에 제출하지 아니하고 91.4.10에 제출한 경우 지연제출 가산세(지급금액의 3/1,000)을 적용할 수 있는지의 여부에 다툼이 있다.
• 나. 이 건과 관련한 법령을 살펴본다.

(1) 법인세법 제63조 제1항 단서 및 소득세법 제158조의 규정에 의하면 소득세법 제21조의 규정에 의한 근로소득과 동법 제22조의 규정에 의한 퇴직소득을 지급하는 자는 그 지급조서를 당해년도의 다음년도 2월말까지 정부에 제출하도록 규정되어 있으며, 법인세법 제63조 제5항의 규정에서는 지급조서를 위의 기한내에 제출하지 아니한 자는 1월분부터 4월분까지는 6월 30일, 5월분부터 8월분까지는 10월 31일, 9월분부터 10월분까지는 12월 31일, 11월분부터 12월분은 다음년도 2월말일까지 제출할 수 있다라고 규정되어 있다.

(2) 법인세법 제41조 제4항의 규정에 의하면 “정부는 내국법인이 제63조 제1항 규정에 의하여 제출하여야 할 지급조서를 동조 제5항의 기한내에 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급조서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 때에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 3/100에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수하여야 한다. 다만 제63조 제1항의 규정에 의하여 제출하여야 할 지급조서를 동조 동항의 규정에 의한 기한을 경과하여 동조 제5항에 규정하는 기한내에 제출한 경우에는 그 기한 경과후 제출한 지급조서의 지급금액의 3/1,000에 상당하는 금액을 가산하여 법인세로서 징수한다”라고 규정되어 있다.

• 다. 청구법인의 경우 90년 귀속 연말정산분 근로소득 지급조서를 91.2.28까지 정부에 제출하지 아니하고 그 제출기한이 경과된 91.4.10에 이를 제출하였으며 이에 대하여는 다툼이 없다. 따라서 청구법인이 지급조서를 제때에 제출하지 아니함에 따라 징수하는 이 건 가산세를 적용함에 있어서 법인세법 제63조 제5항 및 제41조 제4항 단서의 규정에 의하여 그 지급금액의 3/1,000에 상당하는 금액을 가산하여 법인세(가산세)로서 징수하여야 한다고 판단되므로 (국세청 예규 법인22601-1131 ; 90.5.23도 같은 취지임) 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.