[참조결정] 국심1992중2213
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 88.7.19～89.3.22(등기접수일 기준)기간중 취득한 경상남도 OO시 OO동 O OOOO 소재 임야 1,670㎡등 44필지의 토지 154,662㎡를 89. 6.12 경상남도에 협의양도하였고, 88.7.19～89.12.30(등기접수일 기준)기간중 취득한 경상남도 OO시 OO동 OOO 전 539㎡ 등 82필지의 토지 178.117㎡, (이상의 토지를 “쟁점토지”라 한다)를 90.9.13 경상남도에 협의양도하였으며, 쟁점토지의 양도후 구조세감면규제법(89.12.30 법률 제4165호 개정전 및 90.12.31 법률 제4285 개정전)제57조 제1항에 규정하는 공공사업용토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 해당되는 것으로 보아 89사업년도분 법인세(특별부가세) 84,866,520원 및 90사업년도분 법인세(특별부가세) 498,781,400원의 감면신청을 하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점토지중 60필지의 토지 92,304㎡를 88.6.21 매입한 후 88.8 경상남도에 산업기지개발사업자 지정신청서를 제출하였으나, 경상남도로부터 개인 등은 산업기지개발사업자 신청이 불가하다는 통보를 받았음(88.9.16)에도 불구하고, 88.9.16～89.11.24 사이에 수회에 걸쳐 66필지의 토지240.474㎡를 추가매입하여 비업무용토지로 소유하고 있다가 89.5.30 및 90.9.13에 각각 경상남도에 양도한 것은 조세감면규제법 제66조, 동법시행령 제54조 및 동법시행규칙 제20조의2 제1항 제1호의 규정에 의거 특별부가세감면배제대상에 해당되는 것으로 보아 92.10.1. 89사업년도분 법인세(특별부가세) 114,366,120원, 90사업년도분 법인세(특별부가세) 608,313,800원을 각각 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.10.14 심사청구를 거쳐 92.11.27 심판청구를 하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
1. 처분청은 쟁점토지를 포함한 OOOOOO기지개발구역은 75.6.23 건설부장관이 사업지역으로 고시(건설부 고시 제107호)하고 87.6.18 일부토지에 대한 사업시행자를 경상남도지사로 지정하여 재차 고시(건설부 고시 제268호)한 후 전체 사업지구내의 토지를 사업우선순위에 의거 순차적으로 재고시하였으므로, 쟁점토지에 대한 공업기지개발구역고시는 75.6.23 이루어진 것으로 보아야 한다고 하고 있으나, 산업기지개발구역으로 지정되면 산업기지개발촉진법 제5조 제1항의 규정에 의거 도시계획법 제4조에 규정하는 행위(토지의 형질변경 등)가 제한되지만, 산업기지개발사업의 실시계획이 승인되면 사업시행자는 산업기지개발촉진법 제10조의 규정에 의거 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있으며 토지수용법 제14조의 규정에 의한 사업인정으로 보도록 되어 있으므로 산업기지개발구역 지정고시와 산업기지개발사업의 실시계획승인고시는 별개의 법률행위인데 처분청에서 법률 내용을 오인하고 있고,
2. 처분청은 청구법인이 경상남도지사에게 제출한 “OOOOOO기지개발구역내 OO지구사업시행자지정신청(86.8)”에 대한 경상남도지사의 회신(88.9.16) 내용이 “귀사에서...사업시행자 지정신청한 내용에 대하여는 개인개발로 인한 토지이용의 효율성이 저하되어 건설부에서 개발잔여지에 대한 OOOOOO기지의 개발계획을 수립시달된 바 있으며...현재로서는 개인개발을 위한 시행자 신청이 불가...”하다고 되어 있고, 87.6.18 건설부고시(제268호)에서 경상남도지사를 사업시행자로 지정한 후 사업시행자에 변동이 없는 점 등으로 미루어 볼 때 쟁점토지에 대한 개인개발이 불가능한 시점을 87.6.18 로부터 보는것이 타당하다고 보아 청구법인이 법령에 의해 사용이 제한된 이후에 쟁점토지를 취득하였으므로 특별부가세의 감면을 배제하여 과세처분하였으나, 청구법인이 경상남도지사에게 위 사업자지정신청을 하기전에 공장용지조성 및 분양신청(88.6.22)을 하여 경상남도 OOOOO공단 주민이주지원 사업소장으로부터 “OO, OO지구 주변에 귀사의 공장증설부지 신청에 대하여는 현재로서는 확장계획이 없으며...”라는 회신(이주30244-625, 88.7.11)을 받아 경상남도지사에게 OOOOO산업개발구역내 OO지구 사업자지정신청을 하게 되었고, 경상남도지사는 위와같은 내용으로 동 신청서를 반려한 것이나, 이러한 회신내용은 법률에 근거한 것이 아니라 행정행위에 의한 통지로서, 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 규정하는 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것”에 해당되지 않고, 통지내용에서도 청구법인을 사업시행자에서 완전히 배제한 것은 아니었으며 실제로도 87.6.18 이후 다수의 법인이 사업시행자로 지정되어 개인개발을 한 사례도 있으므로 87.6.18 로부터 개인개발이 불가능하였다고 보는 것은 사실관계를 오인한 것이며,
3. 쟁점토지는 89.4.15 건설부고시 제166호 및 90.1.25 건설부 고시 제20호에 의거 사업시행자가 경상남도지사로 지정되었으므로 이 시점을 “법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것” 보아야 하고, 이 시점은 쟁점토지 취득후이므로 쟁점토지는 양도당시 비업무용토지가 아니며, 공공사업용토지 등에 대한 양도소득세등 감면(조세감면규제법 제57조)대상이라는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 쟁점토지를 포함한 OO·OO공업기지개발구역은 건설부장관이 75.6.23 최초로 사업지역으로 고시(건설부고시 제107호)한 후 87.6.18 사업지구내의 일부토지에 대한 사업시행자를 경상남도지사로 지정하여 재차 고시(건설부고시 제268호)하였고, 그 후 88.5.20(건설부 고시 제231호), 89.4.15(건설부 고시 제166호), 90.1.25(건설부 고시 제20호) 전체사업지구내의 토지를 사업우선 순위에 의거 순차적으로 재고시하였으므로, 쟁점토지에 대한 공업기지개발구역고시는 75.6.23 이루어진 것으로 판단되고 청구법인이 88.8 경상남도지사에게 신청한 사업자지정신청에 대하여 경상남도지사는 “개인개발을 위한 시행자 신청이 불가...”하다는 회신(88.9.16)을 하였고, 87.6.18 건설부 고시 제268호에 의거 사업시행자가 경상남도지사로 지정된 후 사업시행자의 변동이 없는 점으로 미루어 볼 때 쟁점토지에 대한 개인개발이 불가능한 시점을 87.6.18 로부터 기산하는 것이 타당하다고 판단되며, 청구법인은 쟁점토지를 사용이 제한된 이후에 취득(88.6.21～89.11.24)한 것이므로 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산의 양도로 보아 특별부가세의 감면을 배제한 당초처분이 타당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점토지 취득전에 법령에 의한 사용제한이 있었던 것으로 보아 양도당시 비업무용토지에 해당되는 것으로 판단하여 특별부가세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 다툼이 있다.
- 나. 관련규정 구조세감면규제법 제57조(89.12.30 개정전) 제1항 본문의 규정에 의하면 『다음 각호의 1에 해당하는 공공사업용토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있고, 그 제2호에 『토지수용법 기타 법률에 의한 수용의 경우』를 규정하고 있으며, 그 제5호에 『산업기지개발촉진법에 의한 기타개발구역내의 토지 등을 당해 기지개발구역사업시행자에게 양도하는 경우』를 규정하고 있다. 91.12.27 개정전 조세감면규제법 제57조 본문의 규정에 의하면 『다음 각호의 1에 해당하는 공공사업용 토지 등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의50에 상당하는 세액을 감면한다』고 규정하고 있고, 그 제2호에 『토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』을 규정하고 있다. 조세감면규제법 제66조의 규정에 의하면 『법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이 법 또는 다른 법률중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니한다』고 규정하고 있고, 동법시행령 제54조의 규정에 의하면 『법 제66조에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산판정기준에 해당하는 것을 말한다』고 규정하고 있으며, 동법시행규칙 제20조의2 제1항 제1호의 규정에 의하면 『양도일까지 1년 이상 계속하여 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용 부동산을 포함한다)』을 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 하나로 규정하고 있고, 동조 제2항 본문의 규정에 의하면 『다음 각호의 1에 규정하는 부동산은 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다』고 규정하고 있으며, 그 제4호에 『법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 및 제4호 내지 제10호에 해당하는 것』을 규정하고 있다. 법인세법시행규칙 제18조(90.4.4 개정전) 제4항 제1호의 규정에 의하면 『당해부동산 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것과 그 금지 또는 제한이 면제된 날로부터 2년이 경과되지 아니한 것』을 규정하고 있다.
- 다. 쟁점토지 양도에 대하여 특별부가세를 과세한 처분의 당부 이 건과 관련된 규정을 보면 조세감면규제법 제66조에서는 법인의 업무와 직접관련이 없는 부동산에 대하여는 특별부가세 비과세 및 감면 사유가 있더라도 비과세 및 감면을 배제하도록 규정하고 있고, 동 조항에 따라 규정된 동법시행규칙 제20조의2 제1항에서는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에 대하여 구체적으로 규정하고 있으며, 동조 제2항에서는 비업무용부동산으로 보지 않는 경우를 규정하고 있는데 그중 제4호에서는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호에 규정된 “당해부동산 취득 후 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것”은 비업무용부동산에서 제외되는 것으로 규정하고 있다. 청구법인은, 쟁점토지의 경우 사업시행자가 경상남도로 지정되어 실시계획이 변경승인된 89.4.15(건설부 고시 제166호) 및 90.1.25(건설부 고시 제20호)에 OO지구에 편입되었으므로 이때로부터 “법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것”으로 보아야 하고 이때는 “당해부동산 취득후”이므로 쟁점토지 양도당시에는 비업무용부동산이 아니고, 따라서 쟁점토지의 양도는 특별부가세 감면대상이라는 주장이다. 그러나 토지의 수용에 의하여 양도하는 토지에 있어서 토지의 수용을 위한 일련의 절차를 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것으로 본다면 법인이 비업무용부동산으로 장기간 소유하던 토지도 수용에 의하여 양도하기만 하면 토지양도에 따른 특별부가세를 감면받게 되는 등, 비업무용부동산의 양도에 대하여 특별부가세의 감면을 배제하도록 규정한 조세감면규제법 제66조의 규정이 사실상 그 존재의 의의를 상실하게 되는 모순이 발생하게 된다. 따라서 당 심판소에서는, 택지개발과 관련하여 토지의 수용(협의양도)을 위한 일련의 절차가 이행되는 과정에서 관련법령의 규정에 의하여 그 사용이 금지되거나 제한받은 토지는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 “법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산”으로 볼 수 없고 수용이외의 타법령에 의거 기왕에 제한되어 있던 토지가 수용되는 경우에 한하여 관계법령에 의하여 그 사용이 금지 또는 제한받는 토지라고 해석(국심 92중2213호, 92.12.30 합동회의)한 바 있다. 쟁점토지의 경우에도 산업기지개발을 위한 수용 관련절차 이외에 타법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 사실이 없으므로 조세감면규제법시행규칙 제20조의2 제1항의 규정에 의거 법인의 업무와 관련없는 부동산에 해당되는지를 판단하여야 하는데 쟁점토지는 동조 동항중 제1호에 규정된 “양도일까지 1년이상 계속하여 당해법인이 업무에 직접 사용하지 아니한 것”에 해당되므로, 쟁점토지를 청구법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산으로 보아 특별부가세의 감면을 배제한 당초처분이 타당한 것으로 판단된다.
- 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.