토지양도시기 도래전 국민주택건설용지 감면신청시 감면안됨

[주 문] 분 양도소득세 1,002,005,720원 및 동 방위세 200,400,140원의 처분은 경기도 부천시 OO동 OOOO 대지 7,952.5㎡중

① 88.7.27~89.719까지 양도된 토지 3,369.66㎡에 대하여는 (구)소득시행령법 제170조 제4항 제1호(89.8.1 삭제)의 규정에 의하여 법인과의 거래에 해당되므로 실지거래가액[양도가액 자산의 양도차익을 계산하고,

② 위 토지 3,369.66㎡중 88.7.27~88.8.16까지 국민주택건설용 지로 양도된 2,185.56㎡에 대하여는 (구)조세감면규제법 제62 조 제1항(89.12.30 개정전)의 규정에 의하여 양도소득세를 면 제하며, 90.2.26인 4,582.8㎡에 대하여는 그 토지의 실지양도가액인 633,904,307원을 당해 자산의 양도차익으로 하여 그 과세표준 과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 경기도 부천시 OO동 OOOO 대지 7,952.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 66.8.30 청구인의 자인 청구외 OOO의 명의로 취득하여 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설업자인 청구외 (주)OO종합건설(이하“OO주택건설등록업자”라 한다) 에 매매대금을 1,100,000,000원으로 하여 국민주택건설용지로 양도하였다. 처분청은 ① 쟁점토지에 대하여 당초 쟁점토지의 공부상 소유자인 청구외 OOO을 쟁점토지 양도차익에 대한 양도소득세 납세의무자로 보아 90.1.16 양도소득세 486,672,600원을 결정고지한 후 세율적용에 착오가 있다하여 같은해 5.16 그 세액을 569,284,614원으로 경정결정하였으나, ② 청구인은 쟁점토지의 공부상 소유자인 청구외 OOO에 대한 위 부과처분 취소소송에서 쟁점토지의 실질소유자는 청구인이고 그 등기명의자인 청구외 OOO은 명의수탁자에 불과하므로 쟁점토지의 거래에 따른 양도소득의 실질적인 귀속자는 청구인이라 할 것이어서 청구외 OOO을 그 소득의 귀속자로 보고 과세한 처분은 위법하다는 92.2.28 대법원판결(91누13472)에 따라 동 세액을 취소하고, ③ 92.6.16 청구인에게 양도소득세 1,002,005,720원 및 동 방위세 200,400,140원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하고 92.8.13 심사청구를 거쳐 92.11.25 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장

(1) 쟁점토지의 양도시기에 있어서는 OO주택건설등록업자가 청구인에게 쟁점토지에 대한 매매대금 1,100,000,000원중 500,000,000원을 OO주택건설등록업자의 물상보증인(OOO, OOO, OOO, OOO)소유인 서울특별시 관악구 OO동 OOO OO외 3필지 대지 599.44㎡ 및 건물 676.26㎡(이하 “가등기담보부동산” 이라 한다)로 대물변제하기로 약정한 84.12.10을 쟁점토지의 양도시기로 보아야 하고,

(2) 설령 처분청이 가등기담보부동산의 소유권이전등기일인 90.2.26을 쟁점토지의 대금청산일로 본다고 할지라도 청구인은 매매대금 1,100,000,000원을 84.5.23~11.30까지 6회에 걸쳐 수령하기로 쟁점토지 매매계약을 체결하였으므로 이는 소득세법 시행령 제108조 제2항의 규정에 의한 연불조건부 매매에 해당되고 연불조건부 매매의 경우 첫회 부불금의 지급일을 양도시기로 소득세법시행령 제53조에서 규정하고 있으므로 첫회 부불금 지급일인 84.9.3이 쟁점토지의 양도시기이며,

(3) 청구인은 쟁점토지를 OO주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도하였고, OO주택건설등록업자는 쟁점토지상에 국민주택규모 이하의 아파트를 86.2.24 준공한 후 조세감면규제법 제62조 제3항의 규정에 의하여 89.1.16자로 양도소득세 면제신청을 하였는 바, 쟁점토지의 양도시기를 처분청와 같이 90.2.26로 보는 경우에도 세액면제신청서 제출기한(91.5.31)이전인 89.1.16자로 제출된 이 건 양도소득세면제신청은 적법하고,

(4) 실질과세원칙상 기준시가로 결정한 쟁점토지의 양도차익은 실지양도가액(11억원)을 초과할 수 없으므로 쟁점토지의 양도차익중 실지양도가액초과분에 대한 양도소득세는 취소되어야 한다는 주장이다.

• 나. 국세청장 의견

(1) 소득세법 제27조 및 동법시행령 제53조 제1항에서 부동산의 양도시기는 원칙적으로 “당해 자산의 대금을 청산하는 날”로 규정하고 있으며, 자산의 양도시기를 결정함에 있어 “대금을 청산하는 날”이라 함은 잔금지급약정일이 아닌 실지잔금을 지급한 날(대법원 90누1209, 90.7.10)이고, 거래당사자 사이에 본래의 채무에 갈음하여 다른 급부를 현실적으로 이행하는 때에 성립하는 요물계약으로서의 대물변제의 약정을 한 경우 다른급부가 부동산의 소유권이전인 때에는 그 소유권이전등기를 완료하여야만 대물변제가 성립되어 기존채무가 소멸하는 것이므로 그 소유권이전등기가 경료된 때에 대금의 청산이 종결된 것으로 보아야 할 것(대법원 90누5801, 90.10.26 같은 뜻)인 바, 쟁점토지의 양도시기는 가등기담보부동산의 소유권이전등기가 경료된 때인 90.2.26로 인정되고

(2) 당초 쟁점토지의 매매계약 내용이 계약일자인 84.5.23부터 잔금일자인 84.11.30까지 1년 이내에 거래대금이 모두 청산되도록 계약체결되었으나, 다만OO주택건설등록업자의 자금사정 때문에 매매대금을 계약내용대로 지급하지 못하여 별도의 소송에 의거 가등기담보부동산이 쟁점토지 매매대금의 일부로 충당된 사실을 관련법령에 비추어 볼 때 쟁점토지거래가 연불조건부매매라는 청구인의 주장은 관련법령인 소득세법 제51조 제6항 및 같은법시행령 제108조 제2항의 규정이 적용되지 아니하며,

(3) 청구인은 쟁점토지에 대한 양도차익예정신고 및 확정신고 없이 국민주택건설용지를 양도함으로써 발생된 소득에 대한 양도소득세 면제신청서만 OO주택건설등록업자가 아파트를 준공한날(86.2.24) 이후인 89.1.16일 제출하였음이 관계서류에 의거 확인되는 바, 설사 청구인이 주장하는 양도계약일(84.5.23) 당시의 (구)조세감면규제법 제62조 제3항 및 같은법시행령 제50조 제5항을 적용한 경우에도 청구인은 법 소정기한 이내에 양도소득세 면제신청서를 제출하지 아니하였으므로, 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 양도소득세 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 쟁점토지거래가 연불조건부 매매에 해당되는지 여부

(2) 쟁점토지에 대한 잔금을 가등기 담보부동산으로 대물변제받은 경우 양도시기가 언제인지 여부

(3) 쟁점토지거래가 조세감면규제법에 의한 국민주택건설용지 양도에 해당되는지 여부

(4) 기준시가로 계산한 쟁점토지의 양도차익이 실지양도가액을 초과하는 경우 실지양도가액을 당해 자산의 양도차익으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 사실관계

(1) 청구인은 쟁점토지를 OO주택건설등록업자에게 양도함에 있어서 매매대금 1,100,000,000원의 이행담보를 위하여 OO주택건설등록업자의 물상보증인 소유의 가등기담보부동산에 매매예약에 의한 가등기를 설정하기로 약정하고 83.2.16자 가등기를 경료하였으며, OO주택건설등록업자는 청구인으로부터 쟁점토지를 인도받아 84.5.17 국민주택규모 이하의 아파트 17,732.4㎡(이하 “국민주택”이라 한다)를 신축하는 허가를 받은 후 86.12.24 국민주택을 준공하였다.

(2) 청구인은 84.5.23 매매대금을 1,100,000,000원으로 하여 계약 당일 1억원을 수취하고 84.5.30~84.11.30까지 5회에 걸쳐 10억원을 분할 수취하는 부동산매매계약을 체결하였으나, 84.12.10 OO주택건설등록업자가 어음부도가 발생하여 84.10.27까지 6억원만 청구인에게 지급한 후 잔금 5억원을 잔금지급변경기한일인 86.12.30까지 지급하지 못함에 따라 청구인은 89.9.26 대법원(89다카14974)의 가등기에 기한 본등기이행확정판결에 따라 90.2.26 매매대금중 일부 이행을 대물변제로서 83.2.16 가등기담보부동산의 본등기를 청구인 앞으로 이행하였다.

(3) OO주택건설등록업자는 89.1.6 (구)조세감면규제법 제62조 제3항의 규정에 의하여 국민주택건설용지로 양도한 쟁점토지 전체에 대하여 양도소득세면제를 신청하였다.

• 다. 쟁점토지거래를 연불조건부 매매로 볼 수 있는지 여부에 대하여 첫째, 소득세법 제108조 제2항에서 연불조건부 양도 또는 연불조건부 건설·제조 및 용역의 제공은 할부매매에 해당하지 아니하는 자산의 양도 또는 건설·제조 및 용역의 제공으로서 개별약관에 의하여 판매금액 또는 수입금액을 월부·연부 기타의 부불방법에 의하여 판매금액 또는 수입금액을 월부·연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것중 ① 3회이상으로 분할하여 판매금액 또는 수입금액을 받는 것 ② 당해 목적물의 인도기간의 다음날부터 최종의 부불금의 지급기일까지의 기간이 2년이상인 것으로 규정하고 있다. 둘째, 84.5.23 청구인과 OO주택건설등록업자간에 체결한 쟁점토지 매매대금 지급약정일 및 금액은 다음과 같다. 구 분 지급약정기일 금 액 계 약 금 1차 중도금 2차 중도금 3차 중도금 4차 중도금 잔 금

84. 5. 23

84. 5. 30

84. 8. 10

84. 8. 30

84. 10. 20

84. 11. 30 100,000,000원 200,000,000원 100,000,000원 200,000,000원 200,000,000원 300,000,000원 합 계 1,100,000,000원 셋째, OO주택건설등록업자가 청구인에게 지급한 쟁점토지의 매매대금 실지지급일자별 금액은 다음과 같다. 구 분 실제지급일자 금 액 지급수단 계 약 금 1차 중도금 2차 중도금 잔 금

84. 5. 23

84. 9. 3

84. 10. 27

90. 2. 26 300,000,000원 50,000,000원 250,000,000원 500,000,000원 현 금 현 금 신축상가 1동 담보부동산으로 대물변제 합 계 1,100,000,000원 위에서 살펴본 바와같이 청구인은 OO주택건설등록업자로부터84.5.23~90.2.26까지 4회에 걸쳐 쟁점토지의 매매대금을 수령하였으나 전시한 소득세법 제108조 제2항에서 규정한 연불조건부매매라 함은 부동산매매계약당시 대금지급조건상 ① 3회이상으로 분할하여 대금을 지급하고 ② 당해 매매목적물의 인도기간의 다음날부터 최종의 부불금의 지금기일까지의 기간이 2년이상에 해당되어야 하는 것이며 단순히 매수자의 자금사정 때문에 대금을 장기간에 걸쳐 지급받는 것은 연불조건부매매로 볼 수 없는 바, 쟁점토지거래의 경우 84.5.23 당초 매매계약서에서 매매대금 분할지급요건은 3회이상이나 쟁점토지 인도기일의 다음날부터 최종부불금의 지급기일까지의 기간이 1년 이하이므로 쟁점토지거래는 연불조건부매매로 보이지 아니한다.

• 라. 쟁점토지의 양도시기에 대하여, 첫째, 소득세법 제27조와 같은법시행령 제53조 제1항 본문 및 같은항 제2호(88.12.31 신설)에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득 및 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날이 원칙이나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일을 그 취득 및 양도시기로 규정하고 있으며, 소득세법시행령 제53조 제1항 제1호(88.12.1 개정전)에서는 자산의 취득시기 및 양도시기를 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 소유권이전등기원인일로 규정하고 있으나 다만, 등기원인일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 규정하고 있다. 둘째, OO주택건설등록업자는 84.5.23 쟁점토지를 국민주택건설용지로 이용하기 위하여 매매대금 1,100,000,000원중 계약금 100,000,000원을 지급하고 84.5.30~84.11.30 까지 5회에 걸쳐 1,000,000,000원을 지급하기로 약정한 반면, 실제로는 84.5.23 300,000,000원, 84.9.3 50,000,000원, 84.10.27 쟁점토지상 신축된 아파트 상가 1동을 250,000,000원으로 평가하여 합계 600,000,000원을 계약금 및 중도금조로 지급하였으며, 84.12.10 당초 쟁점토지 매매계약서상 중도금 300,000,000원과 잔금 200,000,000원 합계 500,000,000원에 대한 지급기일을 85.6.30~86.12.30까지 4회에 걸쳐 지급하기로 변경하고 변경된 지급기일까지 위 매매대금중 500,000,000원을 지급하지 못할 경우 83.2.16 가등기 설정한 담보부동산으로 대물변제한다는 각서를 작성하여 청구인에게 제시하였으며, OO주택건설등록업자가 위 연기된 지급기일에 매매대금중 500,000,000원을 지급하지 못하자 90.2.26 청구인은 가등기담보부동산의 본등기를 청구인 명의로 경료하였다. 셋째, 채무자가 부담하고 있는 본래의 급부에 갈음하여 다른 급부를 현실적으로 이행함으로써 채권을 소멸시키는 대물변제(민법 제466조)의 성립은 대물급부가 부동산 소유권 이전인 경우 당사자가 대물변제의 의사표시를 하는 것만으로는 부족하고 그 밖에 등기까지도 완료하여야만 대물변제로서 변제의 효력이 발생하는 것으로 해석되는 바(대법원 90누5801, 90.10.26 같은 뜻), 쟁점토지의 대금청산일은 가등기담보부동산의 본등기일자인 90.2.26로 보인다. 넷째, OO주택건설등록업자는 84.12.10 어음부도로 인하여 쟁점토지중 5,927.08㎡에 대한 소유권이전등기를 청구인으로부터 직접 받지 못하고 중간생략등기 형식으로 86.12.24 준공된 국민주택규모 이하의 아파트 입주자에게 소유권이전등기를 별첨과 같이 경료하였다. 위 사실들과 관련법령을 모두어 볼 때, 쟁점토지거래의 대금청산일은 90.2.26로 인정되므로 쟁점토지의 양도시기는 별첨과 같이 잔금청산일 이전에 소유권이전등기해 준 토지의 경우에는 그 등기접수일이 양도시기가 되고, 나머지 토지의 양도시기는 잔금청산일인 90.2.26로 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지의 전체에 대한 양도시기를 90.2.26로 보고 과세함은 부당하다.
• 마. 쟁점토지거래가 조세감면규제법의 규정에 의한 국민주택건설용지 양도에 해당되어 양도소득세를 면제 또는 감면할 수 있는지 여부에 대하여 첫째, 조세감면규제법 제62조 제1항·제3항 및 같은법시행령 제50조 제2항·제3항·제10항(89.12.30 개정전)을 모아보면 내국인이 토지를 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 “주택건설등록업자”라 한다)에게 주택건설촉진법에 의한 국민주택규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지로 양도하고 이를 주택건설등록업자가 당해 토지를 매입한 날로부터 3년이 되는 날까지 국민주택을 건축한 경우에는 주택건설등록업자가 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한내에 양도소득세액면제를 양도자의 주소지 관할세무서장에게 신청하는 경우에 한하여 당해 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제하며 89.12.30 자로 개정된 조세감면규제법 제62조 제1항에서는 위와같은 경우 100분의 50에 상당하는 양도소득세를 감면하는 것으로 규정하고 있다. 한편 조세감면규제법시행령 제50조 제1항에서 내국인이 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 양도하는 토지중 건축법에 의한 건축물이 정착되어 있는 토지의 법 소정의 양도소득세 면제 또는 감면대상에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 이는 주택건설등록업자의 국민주택건설비용을 경감시켜 서민들에게 국민주택공급을 촉진시키기 위하여 내국인이 주택건설등록업자에게 국민주택건설용지로 토지를 양도할 때 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제 또는 감면하는 조세감면규제법 제62조 제1항의 입법취지로 보아 건축법에 의한 건축물이라 함은 국민주택건설용지 양도자 소유의 건축물로 해석된다. 둘째, 청구인은 83.2.16 쟁점토지 매매에 관한 가계약을 체결하고 당일 매매대금이행을 담보하기 위하여 OO주택건설등록업자가 제시하는 담보부동산 위에 청구인을 가등기권자로 하는 매매계약에 의한 가등기를 설정하였으며, 그후 84.5.27 OO주택건설등록업자는 청구인으로부터 나대지 상태의 쟁점토지를 사용승락 받아 쟁점토지의 1필지 소재 대지 11,045.63㎡상에 국민주택 17,732.4㎡(국민주택비율 100%)를 신축하는 건축허가를 부천시장으로부터 받은 후 84.5.23 청구인은 주택건설등록업자와 쟁점토지 매매계약을 체결하고 86.12.24 국민주택 17,732.4㎡를 준공한 사실이 등기부등본 건축허가서 및 신청서, 준공검사필증, 쟁점토지 매매계약서등에 의하여 확인된다. 셋째, OO주택건설등록업자는 89.1.16 청구인의 주소지 관할세무서장인 용산세무서장에게 청구인이 쟁점토지를 국민주택건설용지로 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 면제신청서를 제출하였다. 위 사실들과 관련법령을 종합하여 볼 때, 소득세법시행령 제53조 제1항 제1호(88.12.31 개정전)의 규정에 의하여 88.7.27 및 88.8.12로 양도시기가 도래된 쟁점토지중 2,184.26㎡에 대하여는 89.1.16 양도소득세 면제신청이 적법한 것으로 인정되므로 양도소득세를 면제하여야 한다는 청구주장은 이유있는 반면, 89.7.19과 90.2.26 양도시기가 각각 도래하는 쟁점토지중 5,768.24㎡에 대하여는 당해 토지에 대한 양도시기부터 당해 토지를 양도한 날이 속하는 과세년도의 과세표준신고기한인 90.5.31 및 91.5.31 사이에 양도소득세 면제 또는 감면을 각각 신청하지 아니하였으므로 양도소득세를 면제 또는 감면 배제한 당초처분은 정당한 것으로 인정된다.
• 바. 기준시가로 결정한 자산의 양도차익이 실지양도가액을 초과할 경우 실지양도가액만을 당해 자산의 양도차익으로 볼 수 있는지 여부에 대하여 첫째, (구)소득세법 제23조 제4항·같은법 제45조 제1항 제1호(90.12.31 개정전) 및 같은법시행령 제170조 제4항 제1호(89.8.1 삭제)의 규정을 모아보면 자산의 양도차익을 결정함에 있어서 취득가액 또는 양도가액은 원칙적으로 그 자산의 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하나 국가·지방자치단체 기타 법인과의 거래에 있어서 양도 또는 취득당시의 실지거래가액이 확인되는 경우에는 그 실지거래가액에 의하여 자산양도차익을 결정하도록 규정하고 있다. 한편 국세기본법 제14조 제2항에서는 『세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다』고 규정하고 있는 바, 자산의 양도차익을 취득 및 양도당시의 기준시가로 결정하는 경우에 있어서도 기준시가에 의한 양도가액에서 그에 의한 취득가액을 공제한 양도차익이 실지로 양도한 가액의 범위를 초과할 수 없는 것으로 해석된다(대법원 87누713, 87.12.8 같은뜻) 둘째, 청구인이 쟁점토지를 OO주택건설등록업자에게 매매대금1,100,000,000원에 양도한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 처분청이 92.6.16 청구인에게 결정고지한 양도소득세 결정결의서를 보면 쟁점토지의 양도시기를 가등기담보부동산의 본등기일자인 90.2.26로 하여 기준시가로 계산한 쟁점토지의 양도차익이 실지양도가액 1,100,000,000원을 초과하는 1,499,131,670원으로 확인된다. 위 사실들과 관련법령에 비추어 보아 (구)소득세법시행령 제170조 제4항 제1호의 규정에 의거 쟁점토지중 양도시기가 89.8.1 이전인 3,369.66㎡에 대하여는 법인과의 거래에 해당되므로, 그 양도가액을 실지거래가액인 466,095,693원(쟁점토지 매매대금 11억원을 쟁점토지 7,952.5㎡중 3,369.66㎡가 차지하는 비율로 안분계산한 금액임)으로 하고, 그 취득가액은 불분명하므로 환산가액으로 하여 그 자산양도차익을 결정하며, 쟁점토지중 양도시기가 90.2.26인 4,582.84㎡의 양도차익을 기준시가로 결정함에 있어서도 그 양도차익이 실지양도가액인 633,904,307원(쟁점토지 매매대금 11억원을 쟁점토지 7,952.5㎡중 4,582.84㎡가 차지하는 비율로 안분계산한 금액임)을 초과할 수 없으므로 그 실지양도가액(633,904,307)원을 쟁점토지중 4,582.84㎡의 자산양도차익으로 하여 과세함이 타당하다고 판단된다.
• 사. 결론 따라서 심판청구는 청구주장이 일부이유있으므로 국세심판관합동회의 의결에 따라 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【별 첨】 (주) OO종합건설에 쟁점토지 양도내역 등기부상 소유자 등기원인일 등기접수일 면적 (㎡) 양도 시기 OOO외 14인 OOO외 35인 (주)OO종합건설 OOO외 33인 OOO외 5인 OOO외 8인 OOO외 1인 OOO외 1인 OOO외 2인 OOO OOO외 1인 OOO OOO OOO외 3인 OOO (주)OO종합 건설

88. 7.27

88. 8.12 84.11.30

85. 2. 1

85. 2. 1

85. 2. 1

85. 2.20

85. 2.20

85. 2.20

91. 2. 5

91. 5. 3

91. 5.12

91. 5.30

91. 5.20

91. 6. 4

88. 7.28

88. 8.16

89. 7.19

90. 5. 4

90. 8.28

90. 8.31

90. 9. 6 90.10.18 90.12.28

91. 4. 3

91. 6.10

91. 6.18

91. 6.21

91. 6.28

91. 7.16 (미등기) 555.4 1,628.86 1,185.4 1,718.85 355.62 533.43 118.54 118.54 113.91 177.81 118.54 59.27 37.32 333.67 37.32 840.02

88. 7.27

88. 8.12

89. 7.19

90. 2.26 ″ ″ ″ ″ ″ ″ ″ ″ ″ ″ ″ ″ 합 계 7,952.5