쟁점공장 양도차익에 대한 법인세를 면제할 수 있는지 여부(취소)

[주 문] OOO세무서장이 92.7.1 청구법인에게 결정고지한 법인세 69,443,303원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 88.2.16 OO도 OO시 OO동 OOOOOO 대지 18,246.5㎡상에 공장건물 10,877㎡(이하 “신공장”이라 한다)를 신축하여 OOOO시 OOO구 OO동 OO OOOO외 3필지 대지(5,337.4㎡)상 공장건물 3,254㎡(이하 “구공장”이라 한다)에서 영위하던 사업을 신공장으로 이전완료하고 88.2.20 사업개시를 하였으며, 동 신공장 사업개시일로부터 2년 이내에 구공장중 대지 5,160.2㎡ 및 공장건물 1,179.3㎡를 양도하여 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 공장양도차익에 대한 법인세 등을 면제받았으나 구공장중 대지 177.2㎡와 공장건물 157.4㎡(이하 “쟁점공장”이라 한다)가 89.11.13 OOOO시가 시행하는 OO교 건설공사 구간의 도로로 편입됨에 따라 90.5.12 OOOO시에 협의수용된 후 청구법인은 조세감면규제법 제42조에 의거 쟁점공장 양도차익에 대한 법인세 면제를 신청하였다. 처분청은 청구법인이 조세감면규제법 제42조 제1항 및 같은법시행령 제36조 제4항의 규정에 의하여 신공장으로 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 쟁점공장을 양도하지 아니하였다고 하여 쟁점공장 양도차익에 대한 법인세 면제를 배제하고 92.7.1 법인세 69,443,303원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하고 92.7.31 심사청구를 거쳐 92.9.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 청구인은 대도시내인 OOOO시 OOO구 OO동 OO OOOO외 3필지와 위 지상공장을 지방(산업기지 개발촉진법에 의하여 지정된 OO특수지역)으로 88.2.16 이전하고 대지 5,337.4㎡중 5,160.2㎡는 2년 이내인 89.12.28 양도하여 공장 양도차익에 대한 법인세 등을 면제받았고 이를 제외한 대지 177.2㎡와 공장건물은 OOOO시가 시행하는 OO교 건설공사 도로용지로 OOOO시가 임의로 분할하여 편입한 대지로서 청구인의 의사와는 관계없이 OOO로부터 용지협의계약통지를 받아 90.5.11 용지매매계약을 체결하여 양도하였던 것으로 부득이한 사유가 있었음에도 법인세 면제신청을 배제하고 과세한 당초처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 청구인은 대도시내의 공장을 지방으로 이전하고 구공장의 일부(대지 및 건물)에 대하여는 신공장 사업개시후 2년 이내에 양도하지 못하였으나 이는 OOOO시에 의하여 도로용지로 편입됨에 따라 부득이한 사정에 기인한 것이므로 이부분의 양도차익에 대하여도 법인세를 면제해야 한다고 주장하나, 관계법령상 2년 이내에 구공장을 양도한 경우에 한하여 법인세를 면제하도록 규정되어 있으므로 면제를 배제한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점공장이 OOOO시가 시행하는 도시계획사업(OO교 건설공사)의 도로로 편입되어 신공장 이전완료·사업개시일로부터 2년 3개월이 되는 날에 OOOO시에 수용되므로써 결과적으로 청구법인이 조세감면규제법 시행령 제36조 제4항의 규정에 의하여 신공장 사업개시일로부터 2년 이내에 쟁점공장을 양도하지 못한 경우에도 조세감면규제법 제42조의 규정에 의하여 쟁점공장 양도차익에 대한 법인세를 면제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세감면규제법 제42조 제1항 및 제5항과 같은법시행령 제36조 제3항 및 제4항에서는 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 공장의 이전을 완료하여 사업을 개시하고 구공장을 양도하는 경우에는 공장을 이전하여 사업을 개시한 날로부터 2년 이내에 구공장을 양도하고 공장양도일이 속하는 과세년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서 등을 제출하는 경우에 한하여 당해 공장대지와 건물을 양도함으로서 발생하는 소득에 대한 법인세를 면제한다고 규정하고 있다. 한편 조세감면규제법 제42조 제3항 본문 및 단서조항에 『제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세 등을 면제받은 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 추징한다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 의하여 지방에서 공장을 취득하여 사업을 개시하지 아니한 때

2. 새로이 취득한 공장에서 사업을 개시한 후 2년 이내에 당해사업을 폐업한 때

3. 새로이 취득한 공장에서 사업을 개시한 후 2년 이내에 당해공장을 처분한 때』라고 규정하면서 같은법시행령 제36조 제8항 제1호에서 『법 제42조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”로서 당해 공장이 토지수용법 기타 법률의 규정에 의하여 수용된 경우』를 규정하고 있는 바, 이는 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 공장의 이전을 완료하고 사업을 개시한 이후 구공장 대지와 건물을 조세감면규제법 시행령 제36조 제4항 소정의 기간 내에 양도하지 못하는 경우에도 그 원인이 관계당국의 법령해석의 착오나 법령의 개정등 납세의무자가 책임질 수 없는 사유때문인 경우에는 같은법 제42조 제1항의 규정에 의하여 법인세 등을 면제하여야 하는 것으로 해석된다(OOO OOOOOOO, OOOOOOO, OO O).

• 다. 쟁점공장이 OOOO시의 도시계획사업인 OO교 건설공사 구간의 도로로 편입되어 조세감면규제법 시행령 제36조 제4항에서 규정한 기간이내에 쟁점공장을 양도하지 못한 경우 조세감면규제법 제42조 제1항에 의거 쟁점공장양도차익에 대한 법인세를 면제할 수 있는지 여부에 대하여 첫째, 청구법인은 OOOO시 OO구 OO동 OOOOOO 소재 청구외 OO개발(주)를 매수인으로 하여 구공장중 OOOO시 OOO구 OO동 OO OOOO, OO 소재 대지 2,488.2㎡와 공장건물 2,074.7㎡(이하 “양도공장”이라 한다)에 대한 토지거래계약신고를 OOOO시 OOO구청에 89.9.20 이행한 후 89.9.22에 국토이용관리법 시행규칙 제11조 제3항의 규정에 의하여 동 토지거래 계약신고 필증을 교부받아 매매대금을 89.11.6 1,442,721,200원으로 하는 양도공장 매매계약서를 작성하고 당일 계약금으로 170,000,000원을 수령한 사실이 OOO구청장의 토지거래계약신고서 수리통보에 관한 공문(지적 30212)과 부동산 매매계약서에 의하여 확인된다. 둘째, 청구법인이 수신자로 기재되어 있는 토지이동처리결과통보에 관한 89.11.7자 OOO구청장의 공문(지적 22680-11432)에 의하면 지적법 제23조에 의하여 OOOO시 토지분할 대위신청에 따라 양도공장 대지 2,488.2㎡중 같은구 OO동 OO OOOO 소재 대지 1,470.7㎡가 지번 OOOO 대지 1,371.6㎡와 지번 OOOO 대지 99.1㎡로 각각 분할되고, 같은구 OO동 OO OO 소재 대지 1,017.5㎡가 지번 OO 대지 939.4㎡와 지번 OOOO 대지 78.1㎡로 각각 분할되어 위 분할된 토지중 서울특별시 영등포구 OO동 OO OOOO 및 OOOO 대지 합계 177.2㎡와 공장건물 157.4㎡가 서울특별시에서 도시계획사업시행할 OO교 건설공사구간중 도로에 편입되는 토지임을 알 수 있다. 셋째, 89.11.6자로 청구법인과 청구외 OO개발(주) 대표이사 OOO간에 체결한 양도공장에 대한 부동산 매매계약은 89.11.7 OOOO시로부터 확정되어 89.11.13 청구법인에 접수된 쟁점공장에 관한 도시계획확정안(도로편입)에 의하여 쌍방합의하에 해약하고 쟁점공장을 제외한 양도공장(대지 2,311㎡ 및 공장건물 1,917.1㎡)에 대한 토지거래신고필증을 89.12.22 제123호로 영등포구청장으로부터 재발급 받아 89.12.23 한국감정원 감정가액으로 평가한 금액 1,582,600,000원을 매매대금으로 하여 부동산 매매계약을 다시 체결한 후 부동산 등기법 제40조 제2항의 규정에 따라 89.12.23 OOO구청장으로부터 부동산매매계약검인을 받은 사실이 부동산매매계약 합의해약서, 토지거래신고필증, 부동산매매계약 검인계약서에 의하여 확인된다. 넷째, 90.4.21 OOO구청장(OO OOOOOOOOOO)으로부터 쟁점공장에 대한 용지 및 지장물 협의계약통지를 받고 90.5.11 토지수용법에 따라 손실보상금을 236,801,500원으로 하여 쟁점공장이 수용됨에 있어서 청구법인과 OOOO시간에 토지수용협의가 성립되어 90.5.12 OOOO시 앞으로 소유권이전등기되었음이 쟁점공장 수용관련 OOO구청장 공문 및 쟁점공장의 등기부등본에 의하여 확인된다. 위 사실들과 관련법령을 모두어 볼 때, 대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 청구법인이 구공장을 산업기지개발촉진법에 의하여 지정된 OO특수지역인 OO도 OO시로 이전함에 있어서 전시한 조세감면규제법 시행령 제36조 제4항에서 규정한 기간 이내에 구공장중 쟁점공장을 양도하지 못하게 된 사유가 ① 도시계획사업시행(OO교 건설공사)을 위하여 OOOO시가 양도공장중 쟁점공장을 지적법 제23조에 의거 일방적으로 토지분할하여 OO교건설공사구간의 도로로 편입함에 따라 당초 쟁점공장을 포함한 양도공장 매매계약이 합의해제되고 쟁점공장을 제외한 양도공장만이 신공장의 사업개시일로부터 2년 이내에 양도된 점. ② 청구법인은 쟁점공장이 도로로 편입된 이후 OOOO시에 쟁점공장의 조기수용을 요청하였으나 OOOO시의 행정업무상 쟁점공장과 마찬가지로 도로로 편입된 토지와 일괄처리되어야 할 뿐만 아니라 손실보상금에 대한 예산확보일정으로 인하여 부득이 신공장 사업개시일로부터 약 2년 3개월 후에 수용된 점. ③ 사회통념상 도로로 편입되어 장차 수용될 것이 예상되는 쟁점공장을 청구법인이 양도하려고 할지라도 도시계획사업시행자 이외의 자가 매수하리라고 기대하기는 현실적으로 어려운 점 때문인 것으로 인정되는 바, 이는 청구법인이 책임질 수 없는 사유에 해당되므로 국세기본법 제14조 제2항 및 조세감면규제법 제42조 제1항의 규정에 의하여 쟁점공장 양도차익에 대한 법인세를 면제하는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.