쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 당초처분의 당부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 강동구 OO동 OOOOO 소재 대지 367.3㎡와 동지상 건물 756.97㎡(지층, 1·2층, 옥탑 기타 건물 591.09㎡, 주택 165.88㎡ 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 88.12.30 취득하였다가 90.5.31 양도하고 90.7.31 자산양도차익 예정신고 납부한 바 처분청은 청구인이 자산양도차익을 과소신고 납부하였다 하여 92.1.16 청구인에게 90년 귀속 양도소득세 7,477,850원 및 동 방위세 1,505,580원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복, 전심절차를 거쳐 92.8.29 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인은 (1) 처분청에서 위 건물중 주택부분을 제외한 기타건물의 양도를 사업용 재화의 공급으로 보아 부가가치세 22,120,505원을 과세하였고 이는 처분청이 동 건물의 양도로 인한 소득을 사업소득으로 판단한 것이므로 이를 일반부동산의 양도소득으로 보아 양도소득세를 부과하는 것은 부당하고

(2) 처분청이 쟁점부동산중 건물의 양도가액을 국세청 기준시가인 87,294,230원으로 하여 과세하였으나, 청구인은 위 부가가치세를 매수자로부터 별도징수한 바 없으므로 이런 경우 양도가액은 부가가치세를 포함하여 공급대가로 본 것이므로 순수한 양도가액은 건물의 기준시가에서 부가가치세 추징분을 제외한 금액 65,173,725원(87,294,230원 - 22,120,505원)을 건물의 양도가액으로 보아야 한다는 주장이다.

• 나. 국세청장은 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생한 납세의무는 소득세법 제4조 제1항 제3호에 의한 양도소득에 해당하고 청구인도 90.7.31 자산양도차익 예정신고·납부한 바 있으며, 다만 양도차익에 대하여 10,456,126원을 과세신고확인분에 대해 추가고지한 이 건은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 사건은 (1) 위 부동산의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 당초처분의 당부와 (2) 처분청이 결정한 양도가액이 타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 양도소득세를 과세한 당초처분의 당부를 보면,

(1) 청구인은 위 부동산의 양도를 처분청이 잔존재화의 공급으로 보아 당초 부가가치세 28,566,783원을 부과하였고 이에 불복, 당심에 심판청구한 결과 당심에서도 위 건물의 주택 165.88㎡중 임대에 공한 주택부분 110.6㎡를 제외하고 기타 건물(591.09㎡)에 대하여는 이를 재화의 공급으로 보아 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다고 결정한 바 있으므로 위 건물의 양도로 인한 소득은 사업소득으로 판단한 것이므로 이에 양도소득세를 과세함은 부당하다는 주장인 바,

(2) 위 부동산의 양도로 인하여 발생한 양도차익은 소득세법 제4조 제1항 제3호에 의한 양도소득에 해당되며 청구인도 이에 따라 90.7.31 자산양도차익 예정신고 납부시 위 부동산의 양도차익을 계산하면서 소득세법시행령 제115조의 규정에 의한 기준시가를 잘못 적용하여 과소신고 납부한 것을 추징한 것으로서 개인의 경우 매각한 고정자산이 재고상품으로서 매매업등에 해당되는 경우가 아닌 한 그 매각대금은 사업소득금액계산상 총수입금액이나 필요경비에 산입하지 아니하며 매각한 고정자산이 소득세법 제23조에 열거된 양도소득 과세대상자산인 경우에는 사업용 고정자산의 양도로 보아 부가가치세를 과세하는 것과는 별도로 양도소득세를 과세하는 것이 타당하므로 이 건 양도에 대하여 부가가치세를 과세하고 따로 양도소득세를 과세한 당초처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 다. 청구인은 처분청이 기준시가로 평가한 건물의 양도가액 87,294,230원에서 기 추징한 부가가치세 22,120,505원을 공제한 65,173,725원을 건물의 순수한 양도가액이라고 주장하나 부가가치세 과세대상 재화의 양도차익을 실지거래가액으로 계산하는 경우에는 그 양도당시 매매가액에 부가가치세가 포함되어 있다면 청구인의 주장과 같이 그 매매가액에서 부가가치세액을 제외한 금액을 양도가액으로 결정함이 타당하나, 이 건과 같이 기준시가에 의하여 양도차익을 결정하는 경우에는 양도당시 기준시가가 곧바로 부가가치세법상의 공급가액 즉 과세표준에 해당되므로 동 가액에서 다시 부가가치세액을 제외한 금액을 양도가액으로 결정할 수 없고 따라서 이 부분 청구주장은 관계법리를 오해한 것으로 이유없다 할 것이다.
• 라. 이 건 심판청구는 청구주장에 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다