건설업분양대금에 대하여 종합소득세를 과세받았음에도 불구하고 이를인정하지 않고 양도소득세를 다시 부과한 처분의 당부(취소)

[주 문] OO세무서장이 92.1.16 청구인에게 결정고지한 양도소득세 8,807,300원 및 동 방위세 1,761,450원의 과세처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 서울특별시 구로구 OO동 OOO 소재 대지 734.87㎡를 취득하여 그 지상에 근린생활시설(상가) 1동 11개점포 671.6㎡를 83.9.27 신축하고 대지면적 734.87㎡를 포함(이하 “전체부동산”이라 한다)하여 90.6.20 청구외 주식회사 OO주택 명의로 소유권이전등기하였다. 처분청은 전체부동산중 3개점포 대지 220.79㎡ 및 건물 201.78㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하고 92.1.16 청구인에게 양도소득세 8,807,300원 및 동 방위세 1,761,450원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.3.12 이의신청, 92.5.8 심사청구를 거쳐 92.8.14 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 OO주택건설(건설·연립주택)이라는 상호로 83.9.27 상가 건물을 신축하여 83.12.15 청구외 주식회사 OO주택에 164,364,609원(토지가액 50,354,903원, 건물가액 103,646,097원, 부가가치세 10,364,609원)에 분양계약을 체결하였고, 매수법인 주식회사 OO주택의 자금사정으로 잔금(34,364,609원) 수령이 85.4.29 까지 지체되기는 하였으나, 83.12.24 청구인(OO주택건설)이 폐업하게 됨에 따라 전체부동산의 분양가액 164,364,609원 중 건물부분에 대한 부가가치세 10,364,609원을 제외한 154,000,000원을 83.12.27 종합소득세 신고시 수입금액에 산입하여 신고하였고, 이 신고에 대하여 당시 관할 세무서에서 수입금액 및 세액을 결정하였으며 동 결정결의서 내용에 따라 종합소득세 18,394,800원 및 동 방위세 3,678,960원을 납부하였는데도 단지, 소유권등기 이전이 지체되었다는 이유로 청구인에게 양도소득세 등을 과세한 처분은 위법하고, 이 건 과세된다 하더라도 85.4.29 에 잔금 수령하였으므로 92.1.16 에 과세한 처분은 부과제척기간이 경과한 후의 처분이라고 주장한다. 국세청장은 청구인이 전체부동산의 분양에 대하여 83년귀속분 종합소득세 결정시 이미 과세되었다고 주장하면서 종합소득세 결정결의서 사본을 제시하고 있으나 관할세무서장의 사실확인증명이나 원본대조확인이 없는등 불분명하여 받아들일 수 없고, 전체부동산을 7년이상 경과한 90.6.20 에야 소유권이전등기 하게된 사유에 대한 설득력 있는 해명이 없어 85.4.29 에 분양대금 중 잔금수령하였다는 주장 역시 믿을 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 이 건은 ① 전체부동산의 분양에 대하여 사업소득으로 83귀속분 종합소득세 결정시 이미 과세된 것이 사실인지 여부 및

② 85.4.29 에 분양대금 중 잔금을 수령한 것이 사실인지 여부(예비적 청구)에 다툼이 있다.

• 나. 전체부동산의 분양에 대하여 건설업사업소득으로 종합소득세가 이미 과세되었는지 여부 첫째, 청구인은 OO주택건설(건설·연립주택)이라는 상호로 83.9.27 청구인 소유의 서울특별시 구로구 OO동 OOO 소재 대지 734.87㎡ 지상에 상가건물 1동 11개점포 671.6㎡를 신축하여 보존등기하고, 83.12.15 전체부동산을 청구외 주식회사 OO주택에 164,364,609원(토지가액 50,354,903원, 건물가액 103,646,097원, 건물분 부가가치세 10,364,609원)에 분양계약체결하였음이 전체부동산의 등기부등본 및 분양계약서에 의하여 확인되고 있고, 둘째, 83.12.24 청구인이 위 건설업을 폐업하게 됨에 따라 전체부동산 분양대금 164,364,609원 전부를 83년 중 수령한 것으로 보고 위 분양대금중 건물분 부가가치세 10,364,609원(같은날 세금계산서 발행하였음)을 제외한 154,000,000원을 수입금액에 가산하여 83.12.27경 83년귀속 소득세 과세표준 확정신고시 신고수입금액을 2,049,060,000원으로 신고하였고, 당시 관할세무서에서는 청구인의 신고내용을 수용하여 결정수입금액을 2,054,060,000원(수입누락 적출금액 5,000,000원 가산)으로 결정한 사실이 청구인이 제출한 신고서 및 결정결의서 사본에 의하여 확인되고 있으며(이 건 결정당시 관할 세무서의 조사담당 공무원도 청구인이 제시한 결정결의서 사본이 위 조사담당 공무원이 작성하여 결제받은 서류의 사본임을 확인하고 있음), 셋째, 위 결정결의서에 기재된 고지세액(종합소득세 18,394,800원 및 동 방위세 3,678,960원)을 85.6.28 까지 3차례에 걸쳐 완납하였음이 납부영수증원본에 의하여 확인되고 있고, 넷째, 전체부동산을 분양받은 청구외 주식회사 OO주택도 83년도에 전체부동산의 가액을 154,000,000원으로 하여 고정자산으로 계상하였음이 83년귀속분 법인세 과세표준신고서에 첨부된 제무제표 및 결산공고문(84.2.28 경향신문)에 의하여 확인되고 있을 뿐만 아니라 84년에 전체부동산 11개점포중 쟁점부동산(3개점포)을 포함한 7개점포가 임대되어 임대수입에 대한 부가가치세를 신고·납부한 사실이 이 법인의 84년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고서와 이에 첨부된 임대공급가액명세서에 의하여 확인된다. 위에 열거한 사실내용을 종합하여 볼 때, 청구인이 전체부동산을 청구외 주식회사 OO주택에 83년중 분양하고 분양대금 전부를 건설업수입으로 산입하여 종합소득세로 과세받았음이 사실인데도 이를 인정하지 아니하고 청구인에게 양도소득세 등을 다시 과세한 처분은 사실관계 조사를 소홀히하고 법리를 오해한 잘못이 있다고 판단된다. 한편, 부과제척기간이 경과되었다는 청구인주장(예비적 청구)은 심리할 실익이 없으므로 생략한다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.