법인으로부터 징취한 확인서를 근거로 추계조사 결정한 처분의 당부(경정)

[참조결정] 국심1983서1055 / 국심1986전0089

[주 문] OOO세무서장이 92.1.16 청구법인에게 추계조사결정하여 고 지한 89.1.1～12.31 사업년도분 법인세 4,200,560원 및 동 방위 세 642,250원과 90.1.1～12.31 사업년도분 법인세 429,640,700 원 및 동 방위세 83,671,270원의 부과처분은 장부 기타 증빙 서류를 근거로 실지조사하여 각 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 토목, 건축의 건설업을 영위하는 법인으로서 현 주주들이 전(前) OO종합건설 주식회사(대표이사: OOO)의 주주들로부터 89.12.29자로 주식을 양수계약하여 인수한 후 상호를 현재의 OO종합건설 주식회사(대표이사 OOO)로 변경한 법인으로서 89, 90(1.1～12.31) 사업년도분 법인세과세표준 및 세액을 신고납부하였다. 처분청은 청구법인의 89, 90사업년도분 법인세 과세표준 및 세액을 조사함에 있어서 청구법인으로부터 확인서를 징취한 후 이를 근거로 소득금액 계산상 필요한 장부 또는 증빙서류가 없으며 그 중요한 부분이 미비 또는 허위라는 이유를 들어 법인세법 제32조 제3항 단서와 동법시행령 제93조 제1항 및 제2항 제2호의 규정에 의하여 소득표준율을 적용, 법인세 과세표준과 세액을 추계하여 경정함으로써 92.1.16 청구법인에게 89사업년도분 법인세 4,200,500원 및 동 방위세 642,250원과 90사업년도분 법인세 429,640,700원 및 동 방위세 86,371,270원을 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.3.16 심사청구를 하고 92.5.10 심사결정서를 받은 후 92.7.9 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구주장 처분청의 당초조사시 처분청이 요구하는 확인서에 청구법인이 서명날인 해 주었던 것은 사실이나 이는 당초 조사기간 2개월(91.8.30～90.10.31)이 1개월 (91.11.1～91.11.30)더 연장되는 등 장기조사에 의하여 업무집행의 마비를 초래하였고 직원들의 불안감 등으로 동요가 발생하여 회사가 존폐위기에 있었으며 확인서에 날인하지 않으면 조사기간을 다시 연장한다는 조사관의 강박과 모든 사업관계의 거래처인 사업자와 개인 및 친족에 대한 자금관계를 조사함으로써 거래상대방으로부터의 마찰과 항의 및 거래중지등 앞으로의 회사경영에 막대한 지장을 초래한 위험에 처해 빠른 시일내로 조사를 끝마치고 싶었으며 조사 당시 대표이사인 OOO는 장기 조사로 인한 충격으로 건강상태가 매우 악화되어 입원 가료후 통원치료 중이었으므로 세액의 추징은 차후 문제이고 우선 조사를 종결시키겠다는 뜻에서 조사자가 임의로 작성한 확인서에 날인만 한 것인 한편, 청구법인은 실지조사결정에 필요한 장부와 증빙을 비치하고 있는 바, 실지조사를 행하여 가사 일부 불비한 사항이 있으면 시부인하여 익금가산하면 될 것이고 또 신고대로 시인해 달라는 것도 아님에도 사업수입금액이 1백억원(90사업년도)도 넘는 법인의 소득금액을 추계조사결정하였음은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장 의견 이 건은 서울지방국세청장이 조사한 것으로서 그 당초조사시 작성된 청구법인의 확인서 내용에 의하면 청구법인은 89, 90사업년도분 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없으며 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때로 인정되는 바, 과세표준과 세액을 추계한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 이 사건의 다툼은 청구법인의 89, 90사업년도분 과세표준과 세액을 추계조사결정과 실지조사결정중 어느 방법에 의하는 것이 적법한 것인지를 가리는데 있다 하겠다. 먼저, 법인세법 제32조(결정과 경정) 제3항에 의하면 『정부는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부, 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부, 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다』라고 규정하고 있고 동법시행령 제93조(추계결정 및 경정) 제1항 제1호에서 『소득금액을 계산함에 있어서 허위인 때』는 추계할 수 있도록 규정하고 있다. 위 쟁점에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 89, 90사업년도분 법인세 조사시 청구법인으로부터 징취한 91.11.2자 확인서를 이유로 청구법인의 소득금액을 계산하는데 있어서 필요한 장부 또는 증빙이 없으며 그 중요한 부분이 미비 또는 허위라고 보아 과세표준과 세액을 추계결정하였으나 첫째, 청구법인은 처분청의 당초조사시 작성한 확인서에 대하여 앞의 청구주장에서 본 확인서 작성경위와 이유등을 들어 그 내용이 사실과 다름을 항변하고 있을 뿐만 아니라 동 확인서의 내용을 보더라도 제4항을 보면 “회사를 인수할 시 자산, 부채에 대한 실사를 하지 아니하였다”는 내용이 있으나 OO건설주식회사에 대한 89.12.29자 회사양수도계약서 제5조에 의하면 실사를 하는 것으로 되어 있고 또 일반적으로 회사를 인수하면서 자산, 부채를 실사하지 아니한다는 것은 상정하기 어려운 점등을 볼 때 위 확인서상의 내용에는 사실과 다른 내용도 포함되어 있음이 쉽게 인정되는 바, 동 확인서를 이유로 내세워 과세표준과 세액을 실지조사결정하지 아니하는 것은 무리라 하겠으며, 둘째, 청구인은 당심에 89사업년도분 장부 및 증빙(회계장부 1권, 결산서철 1권, 부가가치세신고서철 1권, 세금계산서철 1권, 전표 및 증빙서철 3권, 일용노무비 지급명세서철 3권, 공사계약서철 1권)과 90사업년도분 장부 및 증빙(총계정원장 1권, 자산장부 1권, 자산부채장부 1권, 손익장부 1권, 일반관리비장 1권, 공사원가장부 1권, 현장별 공사원가장부 1권, 일용노무비 지급명세서 30권, 전표 및 증빙서철 31권, 일계표·월계표 1권, 부가가치세신고철 1권, 세금계산서철 4권, 결산서철 1권)을 제출하고 있는 바, 이들 장부와 증빙을 검토한 바에 의하면 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때가 아닌 것으로 인정되며 셋째, 세법은 원칙적으로 실지조사결정을 지향하고 있고 대법원 판례나 국세심판례(①82누469, 83.4.26, 83누206, 86.9.9, 86누156, 86.12.23, 86누663, 87.6.23 외 다수 ② 국심 83서1055, 83.12.21, 86전89, 86.4.2 외 다수)의 입장도 또한 같으며, 또 실지조사결정방법에 의하는 경우라 하여 당해법인의 기장내용을 그대로 시인하는 것은 아니고 탈루나 오류 또는 허위부분이 발견되면 그 시부인 결과에 따라 손금불산입, 익금가산하면 되는 것이란 점등 이상내용을 모두어 볼 때 청구법인의 89, 90사업년도분 과세표준과 세액의 결정은 실지조사결정방법에 의하는 것이 적법한 것으로 인정된다. 따라서 청구법인의 89, 90사업년도분 법인세과세표준과 세액을 추계조사결정한 처분은 위법한 반면, 장부 기타 증빙에 의하여 실지조사할 것을 구하는 청구주장은 이유있는 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.