주택 신축과 관련하여 교부받은 매입세금계산서의 매입세액을 공제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 90.7.26 면세사업자등록(건설, 국민주택)을 한 후 서울특별시 강서구 OO동 OOOOOO. 대지 155.7㎡에 다가구주택 6가구 218.43㎡(이하 “쟁점①주택”이라 한다)와 같은동 OOOOOO 대지 146.7㎡에 다가구주택 5가구 208.47㎡(이하 “쟁점②주택”이라 한다)를 신축한 후 쟁점①주택은 91.9.20 청구외 OOO에게 쟁점②주택은 91.10.16 청구외 OOO에게 양도하였다. 처분청은 위 다가구주택 양도를 국민주택규모를 초과한 주택신축판매로 보아 92.1.16 자로 청구인에게 91.2기 부가가치세 22,450,940원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.2.25 심사청구를 거쳐 92.6.9 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 첫째, 청구인은 쟁점주택을 신축하여 91.2.27 부터 91.9.15 사이에 OOO 외 9인에게 임대한 후 91.10.4 사업자등록증의 업종을 부동산임대업으로 정정교부받아 부동산임대업을 영위하다가 양도하였으므로 이는 사업의 포괄양도·양수에 해당되어 부가가치세 과세대상이 아니라는 주장이다. 국세청장은 청구인이 당초 사업자등록시 국민주택건설업으로 사업자등록을 한 점으로 보아 쟁점주택신축후 판매할 목적으로 건축하였음을 알 수 있고, 쟁점①주택은 91.9.2 양도계약하고, 쟁점②주택은 91.9.9 양도계약한 후 91.10.4 부동산임대업으로 사업자등록을 정정한 것은 청구인이 쟁점주택의 양도를 사업의 포괄양도·양수라고 주장하기 위한 행위로 보여지며, 사업의 포괄양도·양수계약 내용을 사실로 인정할 만한 객관적인 증빙을 전혀 제시하지 못하고 있으므로 당초처분은 정당하다는 의견이다. 둘째, 청구인은 쟁점주택 신축과 관련하여 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 5,444,395원을 매출세액에서 공제하여야 한다는 주장이다. 국세청장은, 청구인이 당초 사업자등록시 부가가치세 면세사업자로 등록하였고 부가가치세 예정 및 확정신고를 하지 않았으므로 이러한 경우의 매입세액은 부가가치세법 제17조(납부세액) 제2항 제4호의 규정에 따라 매출세액에서 공제할 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 첫째, 쟁점주택의 양도가 사업의 포괄양도·양수에 해당되는지 여부와 둘째, 쟁점주택 신축과 관련하여 교부받은 매입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부에 이 건의 다툼이 있다.
• 나. 관계법령 첫째, 부가가치세법 제6조 제6항에서 사업의 양도는 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 동법시행령 제17조 제2항에서는 사업의 양도는 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것을 제외한다)와 의무(미지급금에 관한 것을 제외한다)를 포괄적으로 승계시키는 것으로 한다고 규정하고 있으며, 둘째, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 및 제4호와 동법시행령 제60조에서 동법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받아 예정신고 및 확정신고 또는 수정신고와 함께 제출하지 아니한 경우와 동법 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있다.
• 다. 청구인이 쟁점주택 양도계약일(91.9.2 과 91.9.16) 이후인 91.10.4에 당초 국민주택건설업으로 교부받은 면세사업자등록증을 부동산임대업으로 정정한 것은 쟁점주택의 양도를 사업의 포괄양도·양수라고 주장하기 위한 행위로 보이고 쟁점주택의 매수자 또한 매수후 부동산임대사업자 등록을 한 사실도 없으며, 청구인이 당초 사업자등록시 국민주택건설업으로 사업자등록을 한 점으로 보아 청구인은 부동산매매업자라 할 것이고 부동산매매업자가 일시적, 잠정적으로 부동산을 임대한 후 매매한 경우에는 부동산매매업에 해당되는 것(대법원 84누279, 85.5.14 동지)이므로 처분청이 쟁점주택의 양도를 국민주택규모를 초과한 주택신축판매로 보아 이 건 과세한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.
• 라. 청구인이 교부받은 세금계산서는 면세사업자등록을 하여 쟁점주택을 신축하면서 교부받은 세금계산서일 뿐만 아니라 이를 부가가치세 예정 및 확정신고 기한내에 제출한 사실도 없고 국세기본법 제45조에서 규정한 수정신고 기한내에도 제출한 사실이 없으므로 매출세액에서 매입세액을 공제하지 아니한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.