[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 동대문구 OO동 OOOOO등 25필지 대지 133㎡(전체면적 19,151㎡중 64/9,223지분) 및 건물 59.5㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 61.8.30 취득하여 89.5.27 청구법인의 출자자인 청구외 OOO에게 양도한 후 쟁점부동산의 양도가액을 87.1.1자 한국감정원 감정가액 80,500,000원으로 하고, 취득가액을 장부상가액인 15,266,776원으로 하여 90.3.30자로 89사업년도 법인세 과세표준금액 및 세액을 신고납부하였다. 처분청은 쟁점부동산의 양도자인 청구법인과 양수자인 청구외 OOO간에는 법인세법상 특수관계 있는 자에 해당되며, 쟁점토지의 양도가액은 양도일(89.5.27)로부터 2년 5개월 이전에 한국감정원이 평가한 금액으로서 양도당시의 시가로 볼 수 없다고 인정하고 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액을 기준시가로 하여 양도차익을 계산하여 92.1.6 청구법인에게 법인세등 33,046,690원(법인세 11,780,560원, 특별부가세 21,266,130원) 및 동 방위세 5,093,240원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.3.3 심사청구를 거쳐 92.6.3 심판청구를 OO하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 89.5.27 쟁점부동산을 청구법인의 출자자인 OOO에게 양도하고 적법하게 신고하였는데도 처분청에서는 동 매매행위가 특수관계 있는 자와의 거래로서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 87.1.1자 감정가액을 쟁점부동산의 양도가액으로 인정하지 아니하였는 바, 처분청이 쟁점부동산의 감정시점부터 양도시점까지 사이의 시가변동이 있었음을 구체적으로 입증하지 못하면서 이를 부인하고 기준시가로 과세함은 부당하다는 주장이다. 국세청장은 쟁점부동산을 양수한 청구외 OOO이 청구법인의 출자자로서 청구법인과 특수관계에 있는 자라는 데에는 서로 다툼이 없고, 또한 양도일로부터 2년 5개월 이전의 감정가액은 양도당시의 시가로 볼 수 없으므로 처분청이 법인세법 제20조에 의하여 부당행위계산의 부인대상 거래로 보아 법인세를 과세한 당초처분은 잘못이 없다는 주장이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 청구법인과 양수자간에 특수관계에 있는 자로 보아 양도일로부터 2년 5개월 이전의 한국감정원의 감정가액을 시가로 인정하지 아니하고 양도가액을 기준시가로 과세한 당초처분의 당부
- 나. 관련법령 ㉮ 법인세법 제20조 제1항의 규정을 보면, 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다라고 규정하고, 같은법 시행령 제46조 제1항의 규정에 의하면 법 제20조에서 『특수관계 있는 자』라 함은 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다라고 규정하고 있으며, 그 각호를 보면 1. 출자자(제31조의2에 규정하는 소액주주를 제외한다)와 그 친족, 2. 법인 또는 출자자의 사용인(출자자에 있어서는 영리법인인 경우에는 임원에 한하고, 비영리법인인 경우에는 이사 및 설립자에 한한다)이나 사용인 이외의 자로서 법인 또는 출자자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께하는 친족(3～6: 생략)등을 열거하고 있으며, 제2항 본문 및 제4호를 보면 법 제20조에서 『조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우』라 함은 출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도하는 때 등에 해당하는 경우를 말한다라고 규정하고 있고, ㉯ 같은법 제59조의2 제1항에 의하면 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다라고 규정하고 있으며, 제3항에서 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용을 공제한 금액으로 하되, 다만 양도가액과 취득가액으로 한다라고 규정하고 있으며, ㉰ 같은법 시행령 제124조의2 제7항의 규정에 의하면 제46조 제1항에 규정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산하도록 규정하고 있다.
- 다. 청구법인이 양수자와 특수관계에 있는 자로 보아 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가로 과세한 당초처분의 당부. 첫째, 양도당시의 청구법인의 주식이동상황명세서를 보면, 쟁점부동산을 취득한 청구외 OOO은 동 법인의 총 주식 41,291주중 15,278주(37%지분)를 소유하고 있음이 확인되고 있어 양수인은 법인세법 시행령 제46조 제1항 제1호의 규정에 의하여 청구법인과 특수관계에 있는 자임을 알 수 있을 뿐 아니라 이에 대하여 처분청과 청구법인간에 서로 다툼도 없으며, 둘째, 청구법인이 90.3.30자로 89사업년도 법인세 과세표준금액 및 세액신고시 신고한 쟁점부동산의 양도가액 80,500,000원은 쟁점부동산의 양도일(89. 5.27)로부터 2년 5개월 이전인 87.1.1 한국감정원의 감정가액인 바, 동 감정가액은 청구법인이 양도를 목적으로 한국감정원에 의뢰하여 평가한 금액이 아니고, 또한 감정평가시점부터 양도시점까지의 기준시가 변동여부를 보면 감정평가시점의 토지등급은 200등급～227등급인데 비해, 양도시점의 토지등급은 204～231등급으로서 동기간에 공부상가격(기준시가)이 91,758,022원에서 118,398,013원으로 변동되었음이 확인되고 있다. 따라서 감정평가일로부터 양도일까지의 사이에 쟁점부동산의 시가도 변화되었다고 볼 수 있으므로 동 감정가액 80,500,000원은 쟁점부동산의 양도당시 시가로 볼 수 없으며, 셋째, 청구법인은 90.3.30 89사업년도 법인세 과세표준금액 신고시 쟁점부동산의 취득가액은 양도일현재 장부가액 15,266,776원으로 하고, 양도가액은 실지거래가액이 아닌 87.1.1 한국감정원의 감정가액 80,500,000원으로 신고하였는 바, 쟁점부동산의 취득시기가 61.8.30로서 이 경우 취득가액은 77.1.1 현재 기준시가 또는 당초 취득가액에 76.12.31 이전의 취득일로부터 76.12.31 까지의 보유기간에 의한 도매물가상승율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액중 많은 금액을 취득가액으로 하기때문에 77.1.1 현재 시가가 확인되지 아니한 경우에 해당되고, 또한 양도가액의 경우에도 청구법인이 89사업년도 법인세 과세표준신고시 실지거래가액으로 신고한 것이 아니고 87.1.1자 감정가액으로 신고하였기 때문에 양도당시 실지거래가액이나 감정가액이 없는 경우에 해당된다. 위의 사실을 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점부동산의 취득가액 및 양도가액을 기준시가로 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다. 따라서 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.