청구법인의 쟁점부동산 일반 분양분에 대하여 법인세 납세의무가 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 90.7.1～91.2.28 사업년도에 서울특별시 은평구 OO동 OOOOOOOO 상가와 같은번지 아파트 11세대를, 91.3.1～91.6.30 사업년도에 같은번지 아파트 2세대를 일반분양하고 청구법인이 비영리 법인이라는 이유로 법인세가 과세되지 아니한 것으로 신고하였으며, 이 건 상가 및 아파트(이하“쟁점부동산”이라 한다)의 일반분양분에 대한 토지매출원가를 산정함에 있어서 재개발사업을 위한 토지구입 3필지중 구입단가가 최고가액인 같은동 OOOOOOOO 대지 208㎡(취득가액: 260백만원)의 1필지 매입 단가인 ㎡당 1,250,000원을 적용하여 계상하였다. 처분청은 청구법인이 비영리 법인이지만, 쟁점부동산의 일반 분양은 수익사업에 해당한다고 보고, 토지의 매출원가를 위 토지를 포함하여 실지매입한 3필지 토지의 평균매입단가인 ㎡당 616,295원을 적용하여 계상하고, 91.12.16 청구법인에게 90.7.1～91.2.28 사업년도분 법인세 1,197,870원 및 91.3.1～91.6.30 사업년도분 법인세 34,126,200원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.2.11 심사청구를 거쳐 92.5.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인 주장

① 청구법인은 주택재개발조합으로 비영리·비수익사업에 해당되어 법인세 납세의무가 없다.

② 쟁점부동산의 일반 분양분에 대한 토지 매출원가를 산정할 때에 처분청이 현실 매매가액으로 평가하지 아니하여 토지매출원가를 과소계상 한 것은 부당하다.

• 나. 국세청장 의견

① 비영리 법인인 경우에도 쟁점부동산의 일반 분양분에 대한 사업은 수익사업에 해당하므로 법인세법 제1조 제1항에 의거 청구법인은 법인세 납세의무가 있다.

② 이 건 수익사업에 대한 토지의 매출원가 산정을 실지취득가액이 확인되는 총 취득원가를 기준으로 안분계산하여 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① 청구법인의 쟁점부동산 일반 분양분에 대하여 법인세 납세의무가 있는지 여부.

② 쟁점부동산의 토지매출원가 산정이 정당하게 계산되었는지 여부.

• 나. 심리 및 판단

(1) 쟁점 ①에 대하여 (가) 법인세법 제1조 제1항 및 같은법 시행령 제2조 제1항을 모아보면, 비영리 내국법인의 경우 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 건설업등의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여는 법인세 납세의무가 있다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 89.7.4 서울특별시장으로부터 OO 제5구역 주택개량 재개발조합으로 설립인가를 받고, 89.8.2 설립등기를 하였으며, 89.8.16 비영리법인(주택 재개발조합)으로 사업자등록을 하였음이 관련공부에 의하여 확인된다. (다) 청구법인은 90.7.1～91.2.28 사업년도에 상가를 368,180,000원에, 아파트11세대를 449,209,780원에 분양하고, 91.3.1～91.6.30 사업년도에 아파트 2세대를 200,021,000원에 조합원이 아닌 일반에 분양하였음에는 처분청과 다툼이 없는 바, 이는 위 법령에서 규정한 수익사업에 해당하는 건설업을 영위한 것이므로 청구법인은 법인세의 납세의무가 있는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점 ②에 대하여 (가) 법인세법 시행규칙 제1조 제2항에서 “비영리법인이 비영리 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우에 자산가액은 시가에 의한다”고 규정되어 있다. (나) 청구법인이 쟁점부동산을 일반에 분양하고 그 분양대금과 건물의 매출원가에는 처분청과 다툼이 없으므로 토지의 매출원가에 대하여 보면, 청구법인은 그 주택조합의 전체토지중 조합원 공동소유 토지를 제외하고 서울특별시 은평구 OO동 OOOOOOOO 대지 208㎡등 3필지 토지 815㎡를 502,280,800원에 취득하였는 바, 쟁점부동산이 위 3필지 토지의 특정한 위치에 있지 않는 한 그 토지의 매출원가는 실지취득가액이 확인된 위 3필지 토지의 평균취득 단가를 적용하여 산정함이 보다 더 합리적이라 판단되므로 처분청의 과세는 정당하다.

(3) 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없어 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.