법인이 결손금이 발생한 사업년도의 법인세신고를 불이행하였고 처분청에서도 결정하지 아니한 상태에서 국세부과의 제척기간이 도과한 경우 동 결손금을 그 다음사업년도의 이월결손금으로 손금에 산입할 수 있는지의 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 85.8.13 OO실업(주)라는 상호로 설립되어 서울특별시 농수산물 도매시장관리공사가 관리하는 OO동 농수산물 도매시장내 청과시장 서편구역(O구역, 이하 “OO동 농수산물 도매시장 O구역”이라 한다)의 청소용역을 청구외 OO용역(주)로부터 인수하여 청소용역을 무상으로 제공하였고, 86.1.30 청구외 OO산업(주)에 청구법인의 청소용역사업을양도하고 86.2.17～86.5.10 기간중 그 대금 126,000,000원을 수령한 사실이 있으며, 청구법인의 85사업년도(85.8.13～85.12.31)분 법인세와 86사업년도(86.1.1～86.12.31)분 법인세의 신고의무를 불이행하였다. 처분청에서는, 청구법인이 OO동 농수산물 도매시장 O구역 청소용역권을 86.1. 청구외 OO산업(주)에 126,000,000원을 받고 양도한 것으로 확인하고 당초에는 대표이사의 개인소득으로 보아 90.9.1 양도소득세 53,880,000원 및 동 방위세 10,776,000원을 부과하였다가 대표이사의 불복에 따른 심사결정(서울 OOOOOOOOO, 90.12.7)에 의거 91.1 동 처분을 결정취소하고, 92.2.1 청구법인의 85사업년도분 법인세에 대하여는 결정하지 아니하고 86사업년도분 법인세에 대하여만 당기순이익 55,700,574원을 과세표준으로 하여 법인세 22,285,620원 및 동 방위세 2,810,440원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.2.18 심사청구를 거쳐 92.4.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은, 법인설립이후 농수산물 도매시장 O지구 청소용역권을 얻을 목적으로 무상으로 청소용역을 제공하였는데 서울특별시 농수산물 도매시장 관리공사측이 기득권을 인정하지 아니함에 따라 86.1.30 부득이 청구외 OO산업(주)에 사업을 양도하였는데 이러한 연유로 85사업년도(85.8.13～85.12.31)에는 75,177,235원의 당기순손실이 발생하였고, 86사업년도(86.1.1～86.12.31)에는 사업양도가액 107,626,850원을 영업외수익으로 계상함에 따라 55,700,574원의 당기순이익이 발생하였으며, 청구법인에서는 85사업년도 및 86사업년도의 법인세신고의무를 이행하지 못하였는데 처분청에서는 당기순이익이 발생한 86사업년도분 법인세만을 결정하여 과세하고, 85사업년도분 법인세는 국세부과 제척기간이 만료되었다하여 결정하지 않았으나 90.9.1 자로 청구법인의 대표이사 개인에게 양도소득세를 부과한 시점에서 국세징수권의 소멸시효는 중단되었으므로 처분청에서는 85사업년도의 법인세를 결정하여야 하고, 85사업년도의 결손금 75,177,235원을 86사업년도분 법인세결정시 이월결손금으로서 손금으로 인정하여야 한다는 주장이다. 국세청장은, 처분청에서 결손금이 발생한 85사업년도분 법인세의 과세표준은 결정하지 아니하고 당기순이익이 발생한 86사업년도분 법인세의 과세표준만 결정한 것은 일관성이 결여된 처분으로 인정되나, 다만 이 건 심사청구일 현재 85사업년도분 법인세는 국세부과의 제척기간(국세기본법 제26조의2 제2항 제1호)이 만료되었으므로 청구주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 법인이 결손금이 발생한 사업년도의 법인세신고를 불이행하였고 처분청에서도 결정하지 아니한 상태에서 국세부과의 제척기간이 도과한 경우 동 결손금을 그 다음사업년도의 이월결손금으로 손금에 산입할 수 있는지의 여부에 다툼이 있다.
• 나. 관련규정

1. 법인세법상 이월결손금 관련규정을 보면, 법인세법 제9조 제4항에 “내국법인의 각 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 각 사업년도의 결손금으로 한다”고 규정하고 있고, 동법 제8조 제1항에 “내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 게기하는 소득과 금액을 순차로 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있으며, 동항 제1호에 “각 사업년도 개시일전 5년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 소득금액 또는 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액”이 규정되어 있다.

2. 국세기본법상 국세부과의 제척기간 관련규정을 보면, 국세기본법 제1항에 “국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다”고 규정하고 있고, 동항 제1호 본문에 “소득세·법인세·토지초과이득세·상속세·증여세·재평가세·부당이득세·부가가치세 및 교육세(교육세법 제5조 제1항 제1호 및 제4호 내지 제9호의 규정에 의한 과세 표준이 적용되는 것에 한한다)는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년간”으로 규정하고 있다.

• 다. 법인세신고를 불이행한 85사업년도의 결손금을 86사업년도의 이월 결손금으로 인정여부 현행 법인세법의 과세체계는 납세자가 과세표준과 세액을 정부에 신고하는 때에 납세의무가 확정되는(국세기본법 제22조 및 동법시행령 제10조의2 제1호) 신고납부제도로 되어 있고, 예외적인 경우 과세표준과 세액을 정부가 결정하면 그때에 납세의무가 확정되도록 되어 있다. 법인의 각 사업년도 소득금액계산시 공제할 수 있는 이월결손금은 그 이전 사업년도에 발생한 결손금으로서 발생한 이후의 각 사업년도의 소득금액 또는 과세표준계산상 공제되지 아니한 금액(법인세법 제8조 제1항 제1호)을 말하고, 결손금이라 함은 내국법인의 각 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 말하는 것(법인세법 제9조 제4항)으로서, 이는 신고과세 세목인 법인세의 경우 당해 법인의 신고에 의하여 결정되거나 정부의 결정 또는 경정에 의하여 각 사업년도의 세무계산상 결손금으로 확정된 결손금을 의미하는 것이라고 본다. 이 건의 경우 청구법인이 85사업년도분 법인세의 신고의무를 불이행하였고, 처분청에서도 무신고에 따른 결정을 하지 않은 상태로 국세부과제척기간이 도과되었다면 청구법인이 주장하는 85사업년도 결손금은 세무계산상 확정되지 아니한 결손금이고 이와같은 경우 청구법인으로서도 결정을 청구할 권한도 없으므로 동 결손금은 청구법인의 86사업년도분 법인세 계산시에 이월결손금으로 인정할 수 없는 것으로 판단된다.
• 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.