[주 문] 반포세무서장이 91.11.1 청구법인에게 특별부가세 73,869,430 원의 환급을 거부한 처분은 청구법인이 양도한 별지토지중 서울특별시 구로구 O동 OOOOOO 대지 271㎡, 같은동 OOOOOO 대지 271㎡ 및 같은동 OOOOOO 대지 271㎡ 토 지는 그 전체면적을 환급대상의 토지로 하고, 같은동 OOOOOO 대지 274㎡와 같은동 OOOOOO 대지 274㎡는 청 구법인이 양도하지 아니한 부분의 토지의 면적을 측량하여 그 면적을 제외한 면적을 각 환급대상토지로 하여 그 환급할 세액을 결정하는 것으로 재조사 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 89.6.2 주식회사 OO주택개발(이하 “(주)OO주택”이라한다)을 합병한 OO공영주식회사(이하 “OO공영(주)”라 한다)가 89.10.24 상호변경한 법인으로서 89.5.31 (주)OO주택이 양도한 별지1 “가”내지 “자”토지(서울특별시 구로구 O동 OOOOO외 8필지 전·대지 및 임야 2,742㎡)와 89.7.1 OO공영(주)가 양도한 별지1 “차”토지(서울특별시 구로구 O동 O OOOO 임야 99㎡)의 양수인 청구외 OOO외 4인이 위 토지상(이하 “쟁점토지”라 한다)에 국민주택을 건설하였으므로 91.10.1 조세감면규제법 제65조의 규정에 의하여 (주)OO주택이 납부한 특별부가세 71,282,900원 및 OO공영(주)가 납부한 특별부가세 2,586,520원의 환급을 신청하였다. 처분청은 청구외 OOO등이 국민주택을 건축한 토지가 청구법인이 양도한 토지인지 여부가 불분명하고 이 건 특별부가세 환급의 신청은 매입자인 청구외 OOO외 8인이 하여야 함에도 청구법인이 하였음을 이유로 특별부가세의 환급을 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 91.12.30 심사청구를 거쳐 92.4.14 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
- 가. 청구주장 청구외 OOO이 국민주택을 건축한 토지가 청구법인이 양도한 토지임이 등기부등본등 공부에 의하여 확인되고, 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의하면 양도소득세 또는 특별부가세의 환급신청은 양도인이 하도록 되어 있으며, 법 소정의 기한내에 소정의 구비서류를 갖추어 적법하게 특별부가세 환급신청하였으므로 이 건 특별부가세는 환급함이 타당하다는 주장이다.
- 나. 국세청장 의견 국세청장은 조세감면규제법 제62조 제1항의 규정에 의하면 특별부가세등의 감면신청은 주택건설등록업자가 하도록 되어 있는 바 이 건의 경우 쟁점토지를 주택건설등록업자에게 양도하였는지 여부가 확인되지 않고, 설령 양수인을 주택건설등록자로 인정한다고 하더라도 양수인인 OOO등이 신청하지 않고 청구법인이 신청하였으므로 적법한 신청으로 볼 수 없어 이를 받아들일수 없다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 쟁점토지를 개인에게 국민주택건설용지로 양도한 후 특별부가세의 환급을 신청한 데 대하여 환급거부한 처분의 당부를 가리는 데 다툼이 있다.
- 나. 관련법령 조세감면규제법 제62조(국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 면제) 제1항에 “내국인이 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 국민주택건설촉진법에 의한 국민주택의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 대통령령이 정하는 기한내에 국민주택을 건축한 경우에는 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 그 토지를 양도한 내국인에게 환급한다. 다만, OOOO개발공사 기타 대통령령이 정하는 실수요자에게 양도하는 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 있으며, 제3항에 “제1항의 규정은 토지를 양도한 내국인이 대통령령이 정하는 바에 의하여 신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 단서의 경우에는 그 매입자가 신청하여야 한다”고 규정하고, 같은법 시행령 제50조(국민주택건설용지에 대한 양도소득세등 면제) 제2항에 “법 제62조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기한”이라 함은 당해토지를 매입한 날로부터 3년이 되는 날을 말한다”고 규정하고, 제3항에 “법 제62조 제1항 단서에서 『대통령령이 정하는 실수요자』라 함은 다음의 자를 말한다”고 규정하고, 그 제1호에 “대한주택공사법에 의하여 설립된 대한주택공사”를, 그 제2호에 “주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(주택건설등록업자)”를 규정하고 있고, 제9항에 “법 제62조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 특별부가세를 환급받고자 하는 내국인은 당해 국민주택이 준공된 날로부터 3월이내에 재무부령이 정하는 환급신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 당해 내국인의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다”고 규정하고 있다. 위의 규정을 모두어 보면, 내국인이 토지를 국민주택 건설촉진법에 의한 국민주택의 건설용지로 양도하고 이를 취득한 자가 당해토지를 매입한 날로부터 3년 이내에 국민주택을 건축한 경우, 그 토지를 양도한 내국인이 당해토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 환급을 당해 국민주택이 준공된 날로부터 3월 이내에 신청하면 그 양도소득세 또는 특별부가세를 환급해 주도록 하고 있음을 알 수 있다.
- 다. 특별부가세 환급거부한 원처분의 당부. 첫째, 88.7.22자 OO공영(주)와 (주)OO주택 사이에 체결된 합병계약서에 의하면 (주)OO주택은 주주총회의 승인을 받아 합병기일에 그 권리의 일체를 OO공영(주)에 인계하고 OO공영(주)는 이를 승계한다고 되어 있고, 89.5.31자 (주)OO주택의 임시 주주총회 의사록을 보면 3인의 주주전원이 참석하여 위 합병계약을 승인하였으며, 청구법인의 법인등기부등본에 의하면 89.6.2자로 (주)OO주택이 OO공영(주)에 흡수합병등기가 되었고, 89.10.24자로 그 상호를 OO건설주식회사(청구법인)로 변경등기하였음이 확인되므로, 청구법인은 (주)OO주택 및 OO공영(주)의 권리 일체를 승계받은 법인임을 알 수 있고, 둘째, 쟁점토지 등기부등본 및 토지대장에 의하면, 쟁점토지는 (주)OO주택이 소유하고 있던 별지1 “가”내지 “자”토지를 89.5.31 청구외 OOO외 8인에게 양도하고, OO공영(주)가 소유하고 있던 별지1 “차”토지는 89.7.1 위 OOO외 8인에게 양도하였으며, 그후 쟁점토지는 별지2와 같이 90.10.31 청구외 OOO외 2인의 토지와 합병되어 구로구 O동 OOOOO(대지 2,082㎡) 및 OOOOO(대지 1,018㎡)의 두필지로 되었다가 90.11.26 OOOOO필지는 OOOOO(499㎡), OOOOOO(486㎡), OOOOOO(271㎡), OOOOOO(271㎡), OOOOOO(271㎡) 및 OOOOOO(284㎡)로 분할되고, OOOOO필지는 OOOOO(255㎡), OOOOOO(274㎡), OOOOOO(274㎡) 및 OOOOOO(215㎡)로 분할되었음을 알 수 있으며, 셋째, 위 분할된 필지중 구로구 O동 OOOOOO외 4필지 지상 건축물의 건축물관리대장 및 준공검사필증에 의하면 아래와 같이 청구외 OOO외 4인이 그 지상에 세대당 면적이 85㎡이하인 국민주택(다세대주택)을 신축하고 쟁점토지를 매입한 후 3년 이내인 91.7.3～91.9.10 준공검사를 받은 사실이 확인되는 바, 쟁점토지의 지적도 등본을 보면 구로구 O동 OOOOOO, OOOOOO 및 OOOOOO 토지는 청구법인이 청구외 OOO외 8인에게 양도한 토지의 일부에 속하나, 같은동 OOOOOO 및 OOOOOO 토지에는 당초 청구법인이 위 OOO외 8인에게 양도한 토지외에 청구외 OOO외 2인이 소유했던 토지의 일부가 포함되어 있음이 확인되고, 아 래 필 지 건축주 세대수 세대당면적 준공검사일자 구로구 O동 OOOOOO OOO 8 40.62㎡
91. 8.30 구로구 O동 OOOOOO OOO 8 40.62㎡
91. 9.10 구로구 O동 OOOOOO OOO 8 40.62㎡
91. 7. 3 구로구 O동 OOOOOO OOO 8 40.62㎡
91. 7.26 구로구 O동 OOOOOO OOO 8 40.62㎡
91. 7.26 넷째, 청구법인은 쟁점토지위에 국민주택이 준공된 91.7.3～91.9.10로부터 3월 이내인 91.10.1에 이 건 특별부가세 환급을 신청하였다. 이상의 규정과 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인은 조세감면규제법 제62조 제1항 본문의 규정에 해당하는 법인으로서 법이 정하는 절차에 따라 적법하게 이 건 특별부가세 환급을 신청한 것으로 판단되나, 앞에서 본 바와 같이 구로구 O동 OOOOOO(271㎡), OOOOOO(271㎡) 및 OOOOOO(271㎡) 토지는 청구법인이 당초 위 OOO외 8인에게 양도한 토지의 일부로서 각 토지의 전체면적이 환급대상이 되지만, 같은동 OOOOOO(274㎡) 및 OOOOOO(274㎡) 토지에는 당초 청구법인이 양도한 토지외에 청구외 OOO외 2인의 토지가 일부 포함되어 있으므로 동 토지를 실제측량하여 청구법인이 양도하지 아니한 부분의 면적을 동 토지면적에서 각각 제외한 면적이 이 건 특별부가세 환급대상이 된다고 판단된다. 따라서 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.