이자소득에 대한 법인세 면제소득금액을 계산함에 있어서, 감면사업과 기타사업에 공통되는 손금을 수입금액에 비례하여 안분계산할 것인지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구법인은 OO특별시 종로구 OOO가 OOOOO에 사업장을 둔 외국은행 국내지점으로서 89사업년도(89.1.1～89.12.31) 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 내국인에게 외화를 대부하고 지급받는 이자 및 수수료에 대한 법인세 감면소득 계산시 감면사업과 기타사업에 공통되는 손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하여 그 감면소득 (227,207,648원)을 계산하였다. 처분청은 89.3.6 법인세법시행규칙 제25조 제3항 단서규정이 삭제되었으므로 위 공통손금을 구분계산함에 있어서 수입금액에 비례하여 공통손금을 안분계산하고 그 감면소득을 △767,548,765원으로 하여 법인세 과세표준과 세액을 경정하고 91.10.16 청구법인에게 법인세 83,069,970원 및 동 방위세 20,373,320원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복, 91.12.14 심사청구를 거쳐 92.3.25 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구법인은 외국은행 국내지점의 외화대부이자 및 수수료에 대하여 법인세를 면제하도록 규정된 조세감면규제법 제69조 제4항이 88.12.26 세법개정시 삭제되었으나 동법 부칙 제24조 제2항에서 88.12.31 이전에 대출된 외화대부이자 및 수수료에 대하여는 계속 법인세를 면제하도록 규정되어 있고 89.3.6에 법인세법 시행규칙 제25조 제3항 단서규정이 삭제됨에 따라 공통손금을 수입금액(매출액)에 비례하여 안분계산 하도록 되었으나, 외국은행의 영업특성상 외화대부이자 및 수수료가 수입금액에서 차지하는 비율이 상대적으로 높아 수입금액에 비례하여 안분계산하는 경우 공통손금이 많이 배분됨에 따라 실제로는 감면소득이 발생하지 않게 되므로, 이는 ① 상위법령(조세감면규제법)에서 규정한 조세감면 혜택이 하위법령(법인세법시행규칙)에 의하여 상실되는 모순이 있으므로 조세감면규제법(88.12.26 개정) 부칙 제24조 제2항의 규정에 의하여 계속 감면되는 기대출 외화대부이자등은 종전의 규정에 따라 매출총이익금액 기준으로 공통손금을 안분계산하여야 하며, ② 89.3.6에 법인세법 시행규칙 제25조 제3항 단서규정이 삭제된 후 91.2.11에 시행한 재무부예규(국조 22601-183)가 있기 까지는 80.2.27에 시행한 재무부예규(직세 1264-548)에 따라 공통손금을 매출총이익금액에 비례하여 안분계산하는 것이 국세기본법 제18조 제3항의 소급과세금지원칙에 부합되고, ③ 종전의 법인세법 시행규칙 제25조 제3항 단서규정은 확인적 의미의 규정이며 경제적 합리성측면에서 보더라도 외국은행 국내지점의 경우 공통손금은 매출총이익 금액 기준으로 배분하는 것이 타당하고 (참조판레:대법원86누349;87.6.23), ④ 공통손금 배분방식을 매출총이익금액 기준에서 수입금액기준으로 변경하는 것은 법률 적용 및 조세부담의 예측가능성을 저해하게 되는 등의 사유로 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.
• 나. 국세청장은 89.3.6에 법인세법 시행규칙 제25조 제3항 단서규정이 삭제되었으므로 공통손금을 계산함에 있어서 다른 감면사업과 같이 수입금액에 비례하여 안분계산한 당초처분에 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 사건은 외국은행 국내지점이 88.12.31 이전에 대부한 외화대부 이자소득에 대한 법인세 면제소득금액을 계산함에 있어서, 감면사업과 기타사업에 공통되는 손금을 수입금액에 비례하여 안분계산할 것인지 또는 매출총이익금액에 비례하여 안분계산할 것인지 여부에 다툼이 있다.
• 나. 관련법령

(1) 조세감면규제법(88.12.26 개정전) 제69조 제4항 및 동법시행령(88.12.31 개정전) 제56조 제2항의 규정에 의하여, 외국은행의 국내지점이 내국인에게 외화를 대부(차주가 외국환은행이 아닌 경우에는 상환기간이 360일 이상인 것에 한함)하고 지급받는 이자 및 수수료에 대하여는 소득세 또는 법인세를 면제하도록 규정되어 있었으나, 88.12.26 조세감면규제법 개정시 동 규정이 삭제되면서 동 법률 부칙 제24조 제2항에 “이 법 시행 당시 (89.1.1 시행) 종전의 제69조의 규정에 의하여 외화대부이자 및 수수료 등에 대한 조세감면에 관하여는 종전의 제69조의 규정에 의한다”라고 규정하고 있어, 88.12.31 이전에 대출한 외화대부이자 및 수수료등에 대한 법인세는 종전의 규정에 의하여 계속 면제받도록 규정하고 있다.

(2) 법인세법시행령 제69조 제1항에서는 “법인세법 및 다른 법률의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 그 사업과 기타의 사업별로 구분할 수 없는 공통손금과 그 공통손금에 대응하는 공통익금을 재무부령이 정하는 바에 의하여 구분 계산하여야 한다”라고 규정되어 있으며, 동법 시행규칙 (89.3.6 개정전) 제25조 제1항 제2호에서 “수익사업과 기타 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정되어 있고, 동조 제3항에 “영 제69조의 규정에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타 사업에 공통되는 익금과 손금의 구분계산은 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. 다만 조세감면규제법 제69조 제4항 규정하는 외국은행의 국내지점이 외화대부사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우의 공통손금은 매출총이익금액(영업수입의 합계금액에서 이에 대응하는 직접 비용을 공제한 금액을 말한다)에 비례하여 안분계산한다”라고 규정되어 있었으나, 89.3.6 에 동법시행규칙 개정시 동조 동항 단서규정을 삭제하였고 동 규칙 개정내용은 그 부칙 제2조의 규정에 의하여 동 규칙 시행 (89.3.6)후 최초로 종료하는 사업년도분 부터 적용하도록 규정하고 있다.

• 다. 살피건대, 청구법인은 법인세법 시행규칙 (89.3.6 개정령) 제25조 제3항 단서 규정이 삭제된 이후에도 조세감면규제법 (88.12.26 개정 법률) 부칙 제24조 제2항의 규정에 따라 계속 법인세가 면제되는 기대출 외화대부이자등에 대하여는 매출총이익금액 기준으로 공통손금을 안분 계산하여 감면소득을 계산하여야 한다고 주장하고 있으나, 앞에서 살펴본 바와 같이 법인세법 시행규칙 제25조 제3항 단서 규정이 삭제된 89.3.6 이후에 최초로 종료하는 사업년도분 부터는 외국은행의 국내지점이 감면사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우의 공통손금은 동규칙 제25조 제1항 제2호 및 제3항의 규정에 의하여 감면사업과 기타사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하는 것이라고 보아야 할 것이고, 88.12.26 조세감면규제법 개정시 외국은행 국내지점의 내국인에 대한 외화대부사업에서 발생하는 이자소득의 조세감면제도를 폐지하면서 동법 제69조 제6항의 규정으로 신설된 외국환은행의 비거주자에 대한 외화대부사업에서 발생하는 이자등의 조세감면소득을 계산함에 있어서도 다른 감면소득과 마찬가지로 법인세법시행규칙(89.3.6 개정령) 제25조 제1항 제2호 및 제3항의 규정에 따라 그 감면사업과 기타사업의 수입금액에 비례하여 공통손금을 안분계산하도록 하고 있는 점등을 종합하여 볼 때, 조세감면규제법 (88.12.26 개정) 부칙 제24조 제2항의 규정에 의하여 법인세가 계속 면제되는 외국은행 국내지점의 기대출 외화대부이자에 대한 면제소득을 계산함에 있어서 그 공통손금은 89.3.6에 개정·시행하는 법인세법 시행규칙 제25조의 규정에 따라 감면사업과 기타사업의 수입금액에 비례하여 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다.(재무부 예규 국조 22601-183; 91.2.11도 같은 취지임)
• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.