청구인이 과세특례를 포기한 사실이 있는지 여부(경정)

[주 문] 시흥세무서장이 91.10.17 청구인에게 경정고지한 부가가치세 89년 2기분 4,771,040원, 90년 1기분 28,989,170원, 90년 2기분 16,886,740원의 부과처분은 서울특별시 구로구 OO동 OOOOO 소재 건물 1,518.89㎡에 대한 매매가액을 55,000,000 원(부가가치세 포함)으로 하여 이를 각각 경정한다.

[이 유]

1. 과세처분 개요 청구인은 82.3.2부터 서울특별시 구로구 OO동 OOOOO에서 부동산(공장: 대지 1,219.2㎡와 건물 1,518.89㎡)임대업을 영위하던중 89.12.27 청구외 주식회사 OO기전에 위 부동산을 매매대금 1,090,000,000원에 중간 지급조건부로 양도하기로 매매계약을 체결하고 그 대금을 89.12.27부터 90.8.31까지 수회에 걸쳐 수령한 후 90.8.22 그 소유권이전등기를 경료하였다. 처분청은 위 부동산 총 매매가액중 토지부분과 건물부분이 불분명하다고 보아 지방세 과세시가표준액에 의하여 건물가액을 안분계산하여 산출된 건물가액에 일반과세자의 세율(10%)을 적용하여 91.10.17 청구인에게 부가가치세 89년 2기분 4,771,040원, 90년 1기분 28,989,170원, 90년 2기분 16,886,740원을 과세하였다. 청구인은 이에 불복하여 91.12.16 심사청구를 거쳐 92.3.23 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 (가) 청구인 주장

① 청구인의 87년 공급가액의 합계액이 일반과세자로서의 공급가액에 미달하므로 88년 제2기부터 과세특례자로 전환되었으므로 이 건 건물가액에 대한 부가가치세 세율을 과세특례자 세율인 2%를 적용하여야 하며,

② 위 부동산을 매도하는 매매계약을 체결하면서 토지가액 1,035,000,000원(평당 2,800,000원), 건물가액 55,000,000원 합계 1,090,000,000원으로 정하여 거래한 것이므로 그 가액이 불분명하지 아니하므로 계약상 구분된 실지거래가액으로 과세하여야 한다고 주장한다. (나) 국세청장 의견

① 청구인이 88년 제2기부터 적용받을 수 있는 과세특례를 포기한 사실이 처분청이 제출한 과세특례포기자 관리대장에 의하여 확인되므로 88년 2기부터 3년간은 과세특례적용을 받지 못하는 것이며, 따라서 이 건 건물의 공급에 대하여 일반과세자 세율 10%를 적용하여 과세한 것이 적법·타당하며,

② 건물가액과 토지가액이 구분되어 공급된 사실에 대한 객관적이고 명백한 증거가 없으므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 (가) 쟁점 이 건 심판청구는 청구인이 과세특례를 포기한 사실이 있는지 여부(쟁점 ①)와 청구인이 토지가액과 건물가액을 구분하여 공급한 것인지 여부(쟁점 ②)를 가리는 데 그 쟁점이 있다. (나) 쟁점 ①에 대하여: 청구인은 84.7.1 과세특례자에서 일반과세자로 과세유형이 전환된 사업자로서 87년 1역년의 공급대가 합계액이 24,703,140원(87년 1기분 12,015,155원, 87년 2기분 12,687,985원)이며, 동 금액은 36,000,000원에 미달하므로 부가가치세법 제25조 제1항 및 동법시행령 제74조 제1항 제1호, 제74조의 2 제1항의 규정에 의하여 88년 2기분부터는 과세특례자로 유형이 전환될 대상자이다. 따라서, 동법 제30조의 규정에 과세특례의 포기가 없으면 과세특례자로 유형이 전환되나, 그 포기가 있으면 계속 일반과세자로 있게 된다. 청구인이 처분청에 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 있는지를 보면, 당초 우리 국세심판소가 92.6.5 처분청에 대하여 “청구인이 88년 제2기분부터 과세특례를 포기한 사실이 있는지 여부와 포기한 경우 그 신고서 사본을 제출”하도록 요구한 바, 처분청은 과세특례포기신고서를 보관하고 있지 아니한 사유에 대하여 아무런 해명없이 “과세특례포기자 관리대장”만을 송부해 왔으나, 위 대장만으로는 포기사실 여부에 대한 판단이 곤란하여 그 후 92.7.10 처분청에 대하여 다시 청구인이 88.6.20 과세특례포기신고서를 제출하였다면 그 사본 과세특례포기신고서가 없다면 그 사유와 과세특례포기자 관리대장이 신빙성이 있는 것임을 입증하도록 요구하였는 바, 처분청은 그 회신에서 청구인이 88.6.20 과세특례포기신고서를 제출하였으나 82.2.1 시흥세무서 신설, 관할구역변경등의 사유로 88.12.31 이전에 접수된 과세특례포기신고서철을 찾지 못하고 있으며, 과세특례포기자 관리대장의 등재는 세적담당공무원이 납세자의 과세특례포기신고서에 의하여 등재하고 주무과장이 이를 확인 결재하고 있으므로 3차에 걸쳐 과세특례포기신고서 제출이 확인되며, 과세특례포기관리대장의 기재내용과 같이 청구인이 과세특례포기하고자 하는 과세기간은 “88년 2기 과세기간부터”로 되어 있고, 또한 청구인이 88년 2기분부터 일반과세자로 부가가치세를 자진신고납부한 것을 보아도 청구인이 과세특례를 포기한 사실이 입증된다는 것이다. 위에서 본 처분청의 회신내용과 과세특례포기자 관리대장의 기재내용 및 그 기재경위등으로 미루어 볼 때, 처분청은 청구인이 제출한 과세특례포기신고서에 의하여 위 관리대장에 기재한 것으로 인정되고, 특히 과세특례 포기자로 기재된 자가 청구인 이외에도 청구인이 과세특례포기신고서를 제출한 날의 전후에 걸쳐 다수의 과세특례포기를 신고한 자가 기재되어 있으며, 나아가서 청구인이 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였다면 88년 2기부터는 과세특례자로 하여 부가가치세를 신고·납부하여야 함에도 88년 2기는 물론 그 이후에도 계속하여 일반과세자로 하여 신고·납부해 온 점으로 미루어 볼 때 청구인이 88.6.20 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 인정되며, 따라서 이 건 일반과세자로 하여 과세한 것은 정당하다. (다) 쟁점 ②에 대하여: 부가가치세법시행령 제48조의 2 제3항에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하되, 다만 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급 계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있어 토지와 건물의 공급가액이 구분되어 그 공급가액이 정해져 있는 경우에는 구분된 건물의 실지거래가액이 부가가치세가 과세되는 건물의 공급가액이 된다 할 것이다. 처분청은 청구인이 위 부동산을 토지가액과 건물가액으로 구분함이 없이 1,090,000,000원에 양도한 것으로 인정하여 지방세 과세시가표준액으로 안분계산하여 건물가액 402,012,700원에 대하여 일반과세자의 세율 10%를 적용하여 과세하였는 바, 그 근거자료로 청구외 주식회사 OO기전으로부터 징취한 매매계약서(토지가액과 건물가액의 구분이 없고 중개인 기재가 없음)를 들고 있다. 이에 대하여 청구인은 총 매매대금 1,090,000,000원을 건물가액 55,000,000원, 토지가액 1,035,000,000원(평당 2,800,000원)으로 구분하였다고 주장하면서 그 증빙자료로 토지가액과 건물가액이 구분된 다른 매매계약서를 제시하고 있으며, 처분청이 제시한 계약서는 위 주식회사 OO기전이 임의로 작성하여 처분청에 제출한 것이라고 주장하는 바, 이들 두 계약서의 차이점은 매매대금 총액등은 일치하며, 다만 “토지가액과 건물가액의 구분” 및 “중개인(OOO)”의 기재 유무에 차이가 있음을 알 수 있으며 이에 대하여 살펴본다. 첫째, 우리 국세심판소가 92.4.25 매수자인 주식회사 OO기전에 위 부동산의 매매계약서를 제출하도록 요구한 바, 위 법인이 제출한 매매계약서가 청구인이 제시한 매매계약서와 동일한 것으로 보이고, 다만 계약당사자 및 중개인의 인감날인 위치와 간인의 날인 위치만 상이할 뿐 동일한 것으로 보이는 점, 둘째, 위 법인은 위 부동산매매계약 체결당시 먼저 토지가액을 평당 2,800,000원 정도로 하여 1,035,000,000원으로 하고, 건물은 노후화되어 있어 일부 가액을 인정하는등 전체 거래금액을 1,090,000,000원으로 약정하였다고 확인하고 있는 점, 셋째, 위 부동산의 매매를 중개한 중개인 OOO는 위 부동산 중개시 청구인이 매매대금총액으로 11억원을 요구하였으나, 매수자인 주식회사 OO기전이 1천만원을 감액하자고 제의하여 청구인이 이를 수락함에 따라 총매매대금을 1,090,000,000원으로 정하였으며, 토지가액은 평당 2,800,000원, 건물가액은 평당 120,000원으로 정하여 중개하였다고 확인하고 있는 점, 넷째, 매수자인 주식회사 OO기전이 중개인 OOO에게 중개수수료 3,000,000원을 지급한 사실이 위 법인의 장부에 기장되어 있는 점, 다섯째, 주식회사 OO기전이 위 부동산을 매수한 후 OOOO은행에 담보로 제공하기 위하여 한국감정원에 의뢰하여 감정하였는 바, 90.8.24의 감정가액이 토지 1,158,240,000원 건물 153,378,700원으로서 처분청이 지방세 과세시가표준액에 의하여 안분계산하여 결정한 토지가액 687,987,300원과 건물가액 402,012,700원에 비교하여 보면 처분청이 결정한 건물가액이 높게 평가된 것으로 보이는 바, 이 건 건물이 77.7.27에 준공된 건물로서 위 법인이 매수한 후 그 수리비등을 지출하는등 노후화된 것으로 보여 처분청의 건물가액 부분 산정이 불합리한 것으로 보이는 점등 위와 같은 사실을 종합하여 볼 때, 위 부동산의 매매대금이 토지가액과 건물가액으로 구분되어 있고, 중개인의 기재가 있는 청구인과 주식회사 OO기전이 제출한 매매계약서가 진실된 것으로 인정되므로 위 부동산중 부가가치세가 과세되는 건물가액은 55,000,000원(부가가치세 포함)이 된다 할 것이다. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 일부 이유있다고 판단되므로 극세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.