당초 법인세 신고시에는 수입이자를 과세표준에 산입하지 아니한 비영리법인이 수정신고시 이를 과세표준에 산입하여 원천징수세액의 환급신청을 할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원 처분 개요 비영리법인인 청구법인(OOOO산업공단)은 90사업년도 법인세과세 표준을 신고함에 있어 정기신고시 수입이자 1,349,067,936원을 익금불산입하여 그 과세표준을 신고하였다가 수정신고시 위 수입이자를 익금산입(정기 신고시 익금불산입한 것을 취소함)하는 한편 분양수익금 9,350,874,981원을 익금불산입하면서 위 수입이자에 관련된 원천징수법인세 135,713,860원의 환급을 신청하였다. 처분청은 위 수정신고중 분양수입금의 익금불산입을 인정하되 수입이자는 수정신고대상이 아님을 들어 91.9.28 위 원천징수법인세의 환급을 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 91.9.28 이의신청 및 91.12.12 심사청구를 거쳐 92.2.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 법인세법 제27조 제1항에서 비영리 내국법인은 이자소득에 대하여는 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다고 규정한 것은 비영리 내국법인이 유리하다고 판단되는 방법을 선택할 수 있다는 입법취지 이므로 청구법인이 위 수입이자를 과세표준에 합산하여 수정신고한 것은 적법하다는 주장이다. 국세청장은 위 수입이자를 당초 신고시 분리과세분으로 보고 익금 불산입하였다가 수정신고시 합산과세분으로 보아 익금산입한 것은 수정신고 요건인 기재사항의 누락 또는 오류가 아닌 과세기준의 변경에 해당되므로 이 건은 국세기본법 제45조에서 규정하고 있는 적법한 수정신고로 인정할 수 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단 이 건은 비영리법인이 선택적으로 신고할 수 있는 수입이자를 정기신고시 불포함하였다가 수정신고시 이를 포함하여 신고한 경우 이를 적법한 수정신고로 볼 수 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.

• 가. 먼저 과세표준의 신고내용과 결정내용을 보면 다음과 같다. 정 기 신 고 수 정 신 고 결 정 내 용 결산상 당기순이익 8,304,704,619 8,467,660,548 8,304,704,619 익금산입·손금불산입 540,544,758 377,688,838 540,544,758 손금산입·익금불산입 1,978,417,100 9,980,224,145 11,329,292,081 이월결손금 396,013,517 396,013,517 과세표준 6,470,819,120 △1,134,974,768 △2,880,056,221
• 나. 관련법령을 보면 국세기본법 제45조 (과세표준수정신고)는 제1항에서 “과세표준신고서 법정신고기한내에 제출한 자는 그 기재사항에 누락·오류가 있는 때는 다음 각호게기하는 기한내에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다”고 규정하고 있고, 한편 88.12.26개정(신설) 법인세법 제27조(비영리법인 과세표준신고)는 제1항에서 “비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자·할인액 및 이익(이하 “이자소득“이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에도 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다”고 제2항에서는 “제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다.”고 각각 규정하고 있다.
• 다. 비영리법인인 청구법인의 경우 위 법 제27조 제1·2항에 의하여 원천징수된 쟁점이자소득(수입이자 1,349,067,936원)을 수익사업소득에 합산하고 원천징수세액을 공제하여 과세표준신고를 하는 방법과 수익사업소득에 합산하지 아니하고 원천징수로써 과세절차를 종결하는 방법중에서 이를 선택할 권한이 인정된다 할 것이다. 그러나 위 과세표준신고에 관한 규정은 당초 신고함에 있어서 그 신고방법의 선택이 가능함을 인정한 것에 불과하고 청구법인처럼 쟁점이자소득을 당초 신고시에는 과세표준에 포함시키지 않았다가 수정신고시 포함시켜 신고하는 것까지 인정하는 것은 아니라 할 것이므로 이 건은 국세기본법 제45조 제1항에서 규정하는 기재사항의 누락 또는 오류가 있어서 한 수정신고로는 볼 수 없다고 하겠다. 따라서 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.