부동산 매매업에 대한 종합소득세를 과세하면서 매매차익을 추계로 결정한 경우 양도소득특별공제와 장기보유특별공제를 할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원 처분 개요 청구인은 부동산매매업 및 부동산임대업등을 영위하는 사람으로 서울특별시 중구 OO동 OOOOOO소재, 대지 2,061㎡ 지상에 5층 상가건물 8,432.75㎡를 신축하여 그중 3,116.6㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 89～90년도에 일반인에게 분양한 후(총수입금액 4,525,845,970원) 소득금액(매매차익)은 소득표준율(24.7%)에 의한 추계로 계산하고 적용세율은 종합소득세 기본세율(50%)을 적용하여 해당 종합소득세를 다른 사업소득관련 종합소득세와 함께 신고 납부하였다. 처분청은 청구인이 신고한 소득중 위 부동산 매매업 소득 부분에 대하여는 소득세법 제70조 제3항 및 제82조 제2항의 규정에 의하여 그 적용세율을 60% 로 하여 91.9.16 청구인에게 89년도 귀속분 종합소득세 146,080,320원 및 동 방위세 18,333,210원, 90년도 귀속분 종합소득세 98,318,540원 및 동 방위세 11,680,700원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 91.11.7 심사청구를 거쳐 92.2.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구인은 처분청이 부동산 매매업 소득부분에 대한 종합소득세를 과세하면서 그 적용세율을 소득세법 제70조 제3항 규정의 양도소득세율을 적용하였으므로 청구인이 양도한 상가건물의 토지부분 643.6㎡(83.5.27 취득)에 대하여는 소득세법 제97조의 규정에 의하여 양도소득특별공제와 장기보유특별공제를 하여 달라는 주장이다. 국세청장은 이 건의 경우 부동산 매매차익을 추계방법으로 한 것이므로 소득세법시행령 제141조 제1항 및 제142조 제1항 제2호의 규정에 의하여 양도소득특별공제와 장기보유특별공제 대상이 아니라는 의견이다.

3. 심리 및 판단 부동산 매매업에 대한 종합소득세를 과세하면서 매매차익을 추계로 결정한 경우 양도소득특별공제와 장기보유특별공제를 할 수 있는지 여부에 다툼이 있다. 관련 법 규정을 보면, 소득세법 제92조(토지등 매매차익과 예정신고 산출세액의 계산) 제1항에서 “부동산 매매업자의 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 동법시행령 제141조 제1항에서 “법 제92조 제1항에 규정하는 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 것으로 한다. 1.～3. (생략)

4. 제46조에 규정하는 양도소득특별공제에 상당하는 금액

5. 법 제23조 제2항 제2호에 규정하는 장기보유특별공제액”이라고 규정하고 있으며, 동 시행령 제142조 제1항에서 “법 제94조의 규정에 의한 토지등 매매차익과 세액의 결정은 다음 각호에 의한다.

1. (생략)

2. 제169조(추계조사 결정) 제1항 각호에 해당하는 경우에는 토지등 매매차익은 제141조의 규정에 불구하고 매매가액에 소득표준율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하고 있다. 청구인이 신축하여 분양한 상가건물의 경우, 그 매매차익은 소득표준율(24.7%)에 의한 추계방법으로 결정하고 적용세율은 양도소득세율인 60%를 적용하였음이 처분청에서 제출한 소득세 과세표준금액 및 세액결정결의서등 관계서류에 의해 확인되고 있고 청구인도 이에 대하여는 다투지 아니하고 있다. 앞에서 본 소득세법에 규정되어 있는 바와같이 부동산의 매매차익을 실지조사결정하는 경우에는 양도소득특별공제와 장기보유특별공제를 할 수 있는 것이나, 쟁점부동산의 경우 그 매매차익을 추계조사결정한 것이므로 특별공제 적용대상으로 볼 여지가 없다 할 것이며, 특별공제규정을 적용하여달라는 청구주장은 부동산매매차익 산정에 관한 관련 법리를 오해한데서 비롯된 것으로 보여진다. 따라서 심판청구는 청구주장 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.