토지와 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 공급계약일 현재 각 자산별 과세시가표준액으로 안분한 건물가액에 대하여 부가가치세 과세한 처분의 당부(취소)

[주 문] 진주세무서장이 92.7.15 청구인에게 경정고지한 91년도 수시 분 부가가치세 30,257,550원은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 원처분 개요 청구인은 농기계부품제조업에서 사용하던 경상남도 진주시 OO동 OOOOOOO 대지 3,322㎡와 지상 건물 1,378.68㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 91.1.23 청구외 OOO에게 504,460,000원에 양도하고 쟁점건물의 공급가액을 72,600,000원으로 하여 91년도 제1기 부가가치세를 신고납부하였다. 처분청은 이 건 부동산의 양도가액이 토지가액과 건물가액으로 구분되지 아니한 것으로 보아 부가가치세법시행령 제48조의2 제3항 단서에 의하여 공급계약일(90.12.7)현재 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 쟁점건물의 공급가액을 산출하고 92.7.15 청구인에게 91년도 수시분 부가가치세 30,257,550원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 92.8.21 심사청구를 거쳐 92.10.30 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

• 가. 청구인은 이 건 부동산을 양도하면서 토지가액 431,860,000원과 건물가액 72,600,000원(부가가치세 별도)으로 구분하여 매매계약을 체결하고 세금계산서와 계산서를 교부하였고 이 건 부동산의 매도자와 매수자는 다같이 사업자로서 각자의 장부에 토지가액과 건물가액을 구분기장하고 부가가치세를 신고납부하였으므로 이 건 과세처분은 취소하여야 한다는 주장이다.
• 나. 국세청장은 청구인과 청구외 OOO이 이 건 부동산을 504,460,000원에 매매계약을 체결하면서 토지가액(431,860,000원)과 건물가액(72,600,000원)을 구분하고 세금계산서와 계산서를 발행한 사실은 확인되나 청구인은 토지가액과 건물가액에 대한 명백한 산출근거도 없이 세금계산서와 계산서를 발행하였고 또한 대금정산을 확인할 수 있는 거증자료의 제시도 없으므로 이 건 과세처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 이 건은 실지거래가액에 의하여 쟁점건물의 공급가액이 구분되는 경우에 해당되는지 여부를 가리는 데 다툼이 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제13조 및 같은법시행령 제48조의2 제3항에서 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의하도록 하되 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다.
• 다. 실지거래가액에 의하여 쟁점건물의 공급가액이 구분되는지 여부

① 청구인이 제시한 이 건 부동산매매계약서에 의하면 위 부동산 매매대금은 504,460,000원으로 기재되어 있으며 첨부된 내역서에서는 토지가액 431,860,000원과 건물가액 72,600,000원(부가가치세 별도)으로 구분기재되어 있고 청구인은 처분청에 검인계약서를 제출할 때 첨부된 내역서를 미제출하였다고 주장한다.

② 청구인과 청구외 OOO은 위 부동산의 거래에 대하여 토지가액은 431,860,000원으로 건물 가액은 72,600,000원으로 하여 계산서와 세금계산서를 발행 교부하였으며 청구인은 쟁점건물의 공급가액을 72,600,000원으로 하여 91년도 제1기 부가가치세를 신고납부하였음이 청구인이 제시한 심리자료 및 국세청장의 심사결정서에 의하여 확인된다.

③ 당심판소에서 현지출장 확인한 바, 위 부동산 양수자 청구외 OOO이 경영하는 OOOO공업사의 장부에도 이 건 부동산의 토지취득가액은 431,860,000원이고 건물의 취득가액은 72,600,000원(부가가치세 별도)으로 기장되어 있다.

④ 진주세무서장이 발급한 청구외 OOO이 경영하는 OOOO공업사의 재무제표증명원에서도 이 건 부동산의 토지취득가액은 431,860,000원이고 건물취득가액은 72,600,000원임이 확인되고 있다.

⑤ 이 건 부동산의 매매계약서, 세금계산서, 이 건 양수자인 청구외 OOO이 경영하는 OOOO공업사의 장부 및 처분청이 발급한 재무제표증명원 등에 의하여 이 건 부동산의 토지가액과 건물가액은 구분되어 있고 쟁점건물의 실지공급가액이 72,600,000원임이 확인되고 있으므로 쟁점건물의 공급가액은 실지거래가액인 72,600,000원으로 인정함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.