[요지] 토지에 대한 양도당시의 시가를 알 수 없으므로 별지기재 “을”의 제7호내지 제15호의 9필지의 토지는 위 법조의 규정에 의하여 양도당시의 기준시가를 적용하여야 하고 형평상 취득가액도 기준시가를 적용하는 것이 타당함
[요지] 토지에 대한 양도당시의 시가를 알 수 없으므로 별지기재 “을”의 제7호내지 제15호의 9필지의 토지는 위 법조의 규정에 의하여 양도당시의 기준시가를 적용하여야 하고 형평상 취득가액도 기준시가를 적용하는 것이 타당함
[참조결정] 국심1988서1427 / 국심1988전1653 / 국심1990중1009 / 국심1988서0601 / 국심1992부0615
[주 문] 해운대 세무서장이 92.4.21 청구법인에게 과세한 87.7～88.6 사업년도분 법인세 특별부가세 475,646,560원은, 별지 기재 “갑”의 제1호내지 제6호 토지(면적합계 34,417㎡)는 취득가액 을 75.1.1 의제취득일 현재의 기준시가로 하고, 양도가액도 기준시가로 하여 양도차익을 산정하며, 별지기재 “을”의 제7 호 내지 제15호 토지(면적합계 2,510㎡)는 취득가액과 양도가 액을 모두 기준시가로 하여 양도차익을 산정하여 이를 경정 한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 종교교단에서 운영하는 OO그룹 산하의 청구법인은 88.5.20 그 소유의 경상남도 양산군 기장읍 OO리 (OO OOO)OOOOO등 별지기재 “갑·을”의 15필지의 토지(공장용지·구거)합계 36,927㎡를 같은 종교단체 산하의 특수관계에 있는 청구외 OO금속 주식회사에 209,000,000원에 양도한 후, 2년이상 업무에 사용한 공장용지를 양도하였으므로 법인세 특별부가세가 면제된다고 보아 그 세액이 면제되는 것으로 신고하였다. 처분청은 국세청장의 감사지적에 따라 청구법인이 양도한 위 토지가 법인의 업무용으로 직접 사용한 것이 아니라는 이유로 특별부가세의 면제를 배제하여 위 토지가 양도된 이후인 88.6.24의 감정가액을 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하여 92.4.21 청구법인에게 87.7～88.6 사업년도분 법인세 특별부가세 475,646,560원을 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.5.20 심사청구를 거쳐, 92.8.24 위 처분의 취소를 구하는 이 건 심판청구를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단 이 건 심판청구는 특수관계에 있는 법인이 공장을 신축하여 사용하던 청구법인 소유토지를 양도한 경우 특별부가세가 면제되는지 여부(주위적 청구)와 면제되지 아니하는 경우 위 토지의 양도가액을 기준시가에 의하여 산정할 수 있는지 여부(예비적 청구)에 그 다툼이 있다.
① 법인세법 제59조의3 제2항 제2호에서 양도일까지 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용 (목장용·매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고, 같은법시행령 제124조의6 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 토지등”이라 함은 다음각호의 1에 해당하지 아니하는 것을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 “목장용·매매사업용 및 임대사업용 토지”등을 열거하여 규정하고 있다.
② 이 건의 경우 청구법인이 위 토지를 업무용(제조업)에 사용하지 아니하고 특수관계에 있는 청구외 OO식품주식회사가 그 지상에 건물을 신축하여 업무에 사용한 사실에는 다툼이 없고, 따라서 청구법인이 위 토지의 양도일까지 2년이상 계속하여 업무용(임대사업용은 제외)에 사용한 바 없으므로 위 법조의 규정을 적용할 수 없어 위 토지의 양도에 대하여 특별부가세를 면제할 수 없다 할 것이다. (국세청예규 법인126421-3172, 84.10.6; 법인22601-2185, 86.7.9; 법인22601-2513, 86.8.12; 법인22601-510, 85.2.18; 법인22601-666, 88.3.8 및 법인세법 기본통칙 7-3-1...59의3도 같은 뜻임)
① 법인세법 부칙(74.12.21 법률 제2686호) 제13조(토지등의 취득시기의 의제)에서 “제59조의2에 규정하는 토지등으로서 1974년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1975년 1월 1일에 취득한 것으로 본다(개정 81.12.31)”고 규정하고 있고, 법인세법시행령 부칙(1974.12.31 대통령령 제7464호) 제7조(양도자산 취득가액에 관한 적용예)에서 1974년 12월 31일 이전에 취득한 자산의 취득가액은 1975년 1월 1일 현재의 시가(시가를 알 수 없는 때에는 1975년 1월 1일 현재의 기준시가. 이하같다)에 의하여 평가한 가액을 장부가액으로 한다. 다만, 1974년 12월 31일 이전의 장부가액에 1974년 12월 31일 이전의 취득일로부터 1974년 12월 31일까지의 보유기간에 도매물가상승율을 곱하여 산출한 금액을 합산한 가액이 1975년 1월 1일 현재의 시가에 의하여 평가한 가액보다 많은 경우에는 그 많은 금액을 취득가액으로 한다(개정81.12.31)고 규정하고 있는 바, 이는 소득세법 부칙(74.12.24 법률 제2705호)제16조와 소득세법시행령 부칙(74.12.31 대통령 제7458호)제9조의 규정과 같은 취지로 보아야 할 것이고, 또한 법인세법 제59조의2 제3항에서 양도차익은 양도가액에서 취득가액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고, 같은항 단서에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 결정한 양도당시의 기준시가에 의한 금액과 취득당시의 기준시가에 의한 금액을 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제124조의2 제5항에서 “제46조 제1항에 규정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.”고 규정하고 있다. 그리고, 같은법시행령 같은 조 제7항이 89.12.30 신설(대통령령 제12878호)되어 “법 제59조의2 제3항의 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액중의 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다”고 규정하면서 제1호에서는 “취득가액이 불분명한 경우”에 취득가액을, 제2호에서는 “양도가액이 불분명한 경우”에 양도가액을 각각 환산하는 산식을 정하고 있는 바, 위 산식에 의한 환산가액은 90.1.1부터 시행되는 것으로서 위 토지의 양도당시에는 적용되지 아니하는 법령이다. 한편, 당심선결정예에서 개인에 대한 양도소득세의 경우 당초 취득가액을 알 수 없는 때 즉 당해토지가 74.12.31 이전에 취득한 자산이므로 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없다면 75.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승 감안금액이 기준시가보다 큰 경우에는 물가 상승감안가액)에 의하여 취득가액이 결정되므로 양도가액역시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하도록 결정(국심88서601, 88.10.25동지)하였고, 대법원판례에서는 위 법인세법 제59조의2 제3항에서 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우라함은 양도가액과 취득가액이 모두 불분명한 경우뿐만 아니라 형평상 두가액 중 어느 한쪽만이 불분명한 경우도 포함된다.(86누671, 87.10.26 동지)고 판시하고 있다. 결국 법인의 경우에도 형평상 개인에 대한 양도소득세와 같이 74.12.31 이전에 취득한 자산의 경우 75.1.1 현재의 시가를 알 수 있다면 이 시가가 실지취득가액이 되므로 그 양도가액 역시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정할 수 있는 것이지만 74.12.31 이전에 취득한 자산의 75.1.1 현재의 시가를 알 수 없다면 75.1.1 현재의 기준시가(또는 물가상승감안가액이 기준시가보다 큰 경우에는 물가상승감안가액)에 의하여 취득가액(장부가액)이 결정되므로 양도가액 역시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이며, 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서도 같은법시행령 제124조의2 제7항이 90.1.1 신설된 이후에는 어느 일방가액이 불분명한 경우에도 그 환산이 가능하므로 양도가액과 취득가액 모두를 기준시가에 의하지 아니하는 것이나, 74.12.31 이전에 취득한 자산의 경우에는 위 신설된 규정이 적용될 수 없고, 그 취득가액이 불분명하므로 기준시가를 적용할 수 밖에 없고 따라서 양도가액 역시 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정하여야 한다고 해석하는 것이 법인세법시행령 부칙(74.12.31 대통령령 제7464호) 제7조의 입법취지에 비추어 볼 때 적법타당하다 할 것이다.(국심88서1427, 89.1.27: 88전1653, 89.3.21 같은 뜻임) 그러므로, 위 토지중 별지기재 “갑”에 기재된 제1호내지 제6호의 6필지 토지(면적합계 34,417㎡)의 경우에는 그 취득시기가 74.12.31 이전으로서 이러한 경우에는 위에서 본 법인세법 부칙 제13조등의 규정에 의하여 취득가액은 75.1.1 의제취득일 현재의 기준시가로 하고 양도가액도 기준시가로 하여 양도차익을 산정하여야 할 것이다.
③ 이 건 사실관계를 보면, 위 토지의 지상에 타법인 소유의 공장건물이 있고, 그 공장부지중에는 청구법인소유의 공장용지 11필지 및 구거 1필지가 있고 개인소유의 3필지 토지도 있으며, 처분청이 양도당시의 가액으로 본 감정가액은 양도일 이후에 양수자인 청구외 OO금속주식회사가 청구법인소유의 위 토지와 개인소유토지는 물론 타법인 소유의 공장건물을 모두 매수한 후에 감정의뢰하여 한국감정원이 일괄하여 감정한 가액인 사실을 인정할 수 있으며 이에 대하여는 다툼이 없다. 그러나, 위 토지 양도당시의 이용실태등 현황을 살펴보면, 첫째, 위 토지는 신앙촌내에 소재하여 그 지역의 배타적 특수성으로 인하여 불특정 다수인간의 정상적인 거래가 이루어 지기 어렵고, 둘째, 위 토지의 지상에 다른법인 소유의 공장건물이 있어 위 토지와 건물을 함께 거래하지 아니하고는 그 거래에 있어 제약이 있을 것으로 보이며, 셋째, 위 양도된 토지내에 개인소유의 3필지 토지가 있어 이를 일괄 매수하지 아니하고는 공장용지로서의 처분에 곤란한 점이 있는점등, 위 토지상 및 그 주위 여건등의 여러가지 불리한 요인으로 말미암아 그 시가형성이 곤란한점을 인정할 수 있다. 그럼에도 불구하고 처분청은 이 건 양도시점 이후에 매수자가 위 토지와 개인소유토지 및 그 지상건물을 모두 매수함으로써 그 조건이 호전된 상태에서 감정의뢰하여 감정한 가액을 시가로 보아 이를 양도가액으로 삼았으나, 이는 양도일 이후의 가액으로서 양도일 이후 감정일사이에 시가변동(건설부고시 지가지수변동 88.1:146.82, 88.4:188.89, 88.7:191.11)이 없었다는 사실을 처분청이 입증하지 못하고 있고, 청구법인으로서는 양도당시 그 감정가액을 알 수도 없을 뿐만 아니라, 당해 감정가액도 개인 소유토지등을 포함한 일괄감정가액으로서 위에서 적시한 요인이 감안되지 아니한 것으로 보인다. 따라서, 위 토지에 대한 양도당시의 시가를 알 수 없으므로 별지기재 “을”의 제7호내지 제15호의 9필지의 토지(면적합계 2,510㎡)는 위 법조의 규정에 의하여 양도당시의 기준시가를 적용하여야 하고 형평상 취득가액도 기준시가를 적용하여야 할 것이다. (유사 선결정예 국심92부615, 90.8.27 합동회의, 국심90중1009, 90.9.3)
75. 1. 1
70. 6.29 2 ″ OOOOO ″ 9,207 ″
71. 6. 9 3 ″ OOOOO ″ 2,959 ″
71. 6. 9 4 ″ OOOOO ″ 3,955 ″
71. 6. 9 5 ″ OOOOOO ″ 8,570 ″
70. 6.29 6 ″ OOOOOO ″ 918 ″
71. 6. 9 계 6 필 지 34,417 [별지기재] “을” (단위: 면적 ㎡) 토별 소 재 비 지 목 면 적 7 양산군 기장읍 OO리 OOOOOO 구 거 361 8 ″ OOOOOO 공장용지 357 9 ″ OOOOO ″ 330 10 ″ OOOOO ″ 163 11 ″ OOOOO ″ 205 12 ″ OOOOO ″ 211 13 ″ OOOOO ″ 423 14 ″ OOO ″ 228 15 ″ OOOOO ″ 232 계 9 필 지 2,510