[주 문] 남부산세무서장이 92.1.15 청구법인에게 결정고지한 90.3.1 ～91.2.28 사업년도 귀속분 법인세 810,018,620원의 처분은 부산직할시 남구 OO동 OOOOO OO의 답 30㎡, 같 은동 OOOOO OO의 답 390㎡, 같은동 OOOOO OO의 답 108㎡의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 특별부가 세를 면제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 원처분 개요 청구법인은 82.12.24 청구외 OOO으로부터 증여받아 취득한 부산직할시 남구 OO동 OOOOO OO외 2필지의 답 528㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 90.5.11 수용으로 인하여 부산직할시에 양도하고 90사업년도(90.3.1～91.2.28) 법인세 과세표준신고와 함께 특별부가세 세액면제 신청서를 제출하였다. 처분청은 쟁점토지가 86.12.2 부산항 3단계 개발사업의 배후도로로 지정(건설부고시 제535호)되었으나 청구법인은 90.5.11 쟁점토지를 양도할 때까지 임대하여 왔으므로 실질적으로 사용이 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없고 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제11호에서 규정한 비업무용부동산(임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해 부동산가액의 100분의 7에 미달하는 부동산)에 해당한다고 보아 조세감면규제법 제66조의 규정에 의해 특별부가세의 감면을 배제하여 92.1.15 청구법인에게 90사업년도 귀속분 법인세 810,018,620원(특별부가세 61,027,493원)을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.3.12 심사청구를 거쳐 92.6.20 심판청구를 제기하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견 청구법인은 부산항 3단계 개발사업시행이 89.8.12 고시되어 쟁점토지는 90.5.11 부산직할시에 수용되었으므로 동 개발사업의 시행고시일인 89.8.12부터는 그 사용이 금지 또는 제한되었고 그로부터 쟁점토지의 양도시(90.5.11)까지 3년이 경과되지 아니하였으며 또한 국가 또는 지방자치단체가 직접 사용하기로 계획된 부동산이므로 비업무용부동산에 해당되지 아니하는데도 비업무용부동산으로 보아 특별부가세의 감면을 배제한 처분은 부당하고, 쟁점토지의 양도로 인하여 발생한 소득은 모두 문교부의 승인을 얻어 교육사업에 사용했거나 수익용자산을 취득하기 위하여 사용하였으므로 조세감면규제법 제57조 제1항의 규정에 의한 특별부가세 감면대상으로 보아 이미 감면신청을 한 이상 조세감면규제법 제67조의3의 규정에 의하여 특별부가세를 면제하는 것이 타당하고, 설사, 처분청이 쟁점토지의 양도에 의하여 특별부가세의 감면을 배제한다고 하더라도 청구법인은 학교법인 설립자의 증여에 의하여 쟁점토지를 취득하였기 때문에 취득당시의 가액이 불분명하므로 특별부가세 양도차익을 산정함에 있어서 취득당시의 가액을 과세시가표준액으로 계상한 장부상의 가액(9,635,947원)으로 할 것이 아니라 법인세법 제59조의2 제3항과 같은법 시행령 제124조의2 제7항 제1호의 규정에 의하여 환산한 취득가액(105,393,171원)으로 하여 양도차익을 산정하여야 한다는 주장이다. 국세청장은 쟁점토지가 86.12.2 부산항 3단계 개발사업의 배후도로로 지정(건설부고시 제535호)되었으므로 쟁점토지의 양도시(90.5.11)에는 동지정으로부터 3년이 경과되었고 또한 임대에 쓰이고 있었기 때문에 실질적으로 그 사용이 금지 또는 제한되었다고 볼 수 없으며, 쟁점토지의 가액에 대한 수입금액의 비율이 5%에 미달하므로 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제11호에서 규정한 비업무용부동산에 해당한다고 보아 조세감면규제법 제66조의 규정에 의하여 특별부가세 감면을 배제하여 이 건 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다.
3. 심리 및 판단
(1) 쟁점토지가 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한되어 업무에 사용하지 못한 토지로서 특별부가세 면제대상인 토지에 해당하는지 여부와,
(2) 청구법인(학교법인)이 쟁점토지를 교육사업에 사용할 목적으로 또는 다른 수익용재산을 취득하기 위하여 양도한 것으로 보아 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부와,
(3) 쟁점토지의 취득당시의 가액이 불분명하여 법인세법 시행령 제124조의2 제7항 제1호의 규정에 의하여 환산한 가액을 취득가액으로 하여 양도차익을 산정할 수 있는지 여부를 가리는데 다툼이 있다.
- 나. 쟁점(1)에 대하여 본다. 먼저 관련법령을 보면, 조세감면규제법 제57조 제1항(90.12.31 개정되기전의 것)에 『다음 각호의 1에 해당하는 공공사업용토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 대통령령이 정하는 대규모의 택지개발사업이나 댐건설사업등에 필요한 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 그 제2호에 『토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』을 규정하면서 동법부칙(법률 제4165호, 89.12.30 개정) 제5조 제4항에 『토지수용법 기타 법률에 의하여 1990년 12월 31일 이전에 수용으로 인하여 양도된 토지등에 대하여는 제57조 제1항 및 제66조의3의 개정규정에 불구하고 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다』고 규정하고 있고, 같은법 제66조 및 같은법시행령 제54조의 규정을 모두어 보면 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 중 1981년 1월 1일 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당하는 것에 대하여는 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정되어 있음을 알 수 있고 같은법시행규칙 제20조의2 제1항에 『영 제54조에서 “재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다』고 규정하면서 그 제1호에서 『양도일까지 1년이상 계속하여 당해법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것』을, 그 제2호에 『법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제2호내지 제19호에 해당하는 것』을 각각 규정하고 있고 같은조 제2항에 『다음 각호의 1에 규정하는 부동산은 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다』고 규정하면서 그 제4호(91.3.13 개정되기전의 것)에서 『법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 및 제4호내지 제10호에 해당하는 것』으로 규정하고 있다. 한편, 법인세법 제18조 제4항 제1호의 규정에 의하면 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 경우에는 법인세법시행규칙 제18조 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. 다음으로 사실관계를 보면, 청구법인은 OO고등학교와 OO전문대학을 운영하고 있는 학교법인으로서 82.12.24 학교법인의 기본재산으로 취득하여 88.4.24부터 쟁점토지를 양도한 90.5.11까지 청구외 OOO에게 임대하여 왔으며, 청구법인의 재산대장에는 쟁점토지가 수익용기본재산으로 등재되어있음이 부동산임대차계약서, 재산대장 등에 의해 확인되며, 건설부장관은 86.12.2 도시계획법 제12조의 규정에 의하여 부산직할시 도시계획을 결정하고 그 내용을 건설부고시 제535호로 고시하였고, 부산직할시장은 동고시에 의해 부산항 3단계 개발 배후도로공사를 사업시행 허가일(89.8.12)부터 1개월이내 착수하여 91.12.31 준공할 예정으로 도시계획사업시행허가를 하고 그 내용을 고시(부산직할시 고시 제236호, 89.8.12)하였으며, 청구법인은 학교법인의 기본재산인 쟁점토지외 15필지의 답등 12,201㎡가 90.5.11 부산직할시에 수용됨에 따라 보상금 5,747,935,000원(쟁점토지의 보상금액: 184,800,000원)을 수령하였음이 토지수용(협의매수)확인서에 의해 확인된다. 쟁점토지가 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지되거나 제한되어 비업무용부동산으로 보지 아니하는지를 보면, 첫째, 건설부고시 제535호(86.12.2)에 의해 부산직할시 도시계획시설(일반도로 신설)이 결정되었으나 도로의 기점 및 종점과 주요경과지만 표시하여 동 도시계획 결정내용을 토지소유자등의 이해관계인이 아닌 일반인에게 보이게 하고 있는 점, 부산직할시장은 동 고시에 의해 89.8.12 부산항 3단계개발 배후도로공사의 도시계획사업시행허가를 하면서 수용할 토지 및 그 소유자등을 구체적으로 명시한 내용을 도시계획법 제24조 및 같은법시행령 제25조의 규정에 의하여 부산직할시 고시 제236호로 고시함과 동시에 부산직할시청에 비치하여 토지소유자등의 이해관계인 등에게 보이게 하고있는 점, 청구법인은 90.5.11 쟁점토지를 부산직할시에 양도하고 보상금을 수령한 점 등으로 보아 쟁점토지는 건설부고시 제535호(86.12.2)에 의해 수용된 것이 아니라 부산직할시 고시 제236호(89.8.12)에 의해 수용된 것임을 알 수 있으며, 둘째, 건설부고시 제535호에 의해 도시계획구역내의 도시계획시설(일반도로)로 결정된 토지는 그 목적에 적합한 도시계획시설을 설치하도록 관계법령등이 규정하고 있다는 사유만으로는 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당된다고는 볼 수 없겠으나 쟁점토지와 같이 쟁점토지 취득이후에 도시계획시설(일반도로)의 용지로 지정되고 여기에서 한 걸음 더 나아가 도시계획법 제24조 및 같은법시행령 제25조의 규정에 의하여 부산직할시장이 부산항건설사무소장을 사업시행자로 지정고시하고 그 시행자가 도시계획사업(부산항 3단계 배후도로공사)을 하게 되는 경우에는 비록 청구법인이 88.4.24부터 임대해온 쟁점토지를 도시계획사업의 시행허가 고시일인 89.8.12부터 부산직할시에 수용된 90.5.11까지 계속 임대하여 수익사업에 사용하였으나 도시계획사업의 시행허가 고시일(89.8.12) 이후부터는 청구법인이 쟁점토지를 수익사업에 사용하기 위하여 단순히 토지로만 임대하는 것외에 쟁점토지상에 건물을 신축하여 임대한다든지 또는 학교법인의 수익용기본재산인 쟁점토지를 교육용기본재산으로 용도변경하여 교지, 실습 또는 연구시설등으로 학교교육에 직접 사용하는 것 등이 제한되거나 금지되는 결과가 초래됨이 명백하다고 할 것이므로 도시계획사업의 시행자가 지정됨과 동시에 쟁점토지는 사용이 금지되거나 제한되었다고 보여진다. 따라서 쟁점토지는 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제11호에서 규정한 비업무용부동산(임대에 쓰이고 있는 부동산으로서 1년간의 수입금액이 당해부동산가액의 100분의 7에 미달하는 부동산)에 해당된다고 하더라도 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 날(89.8.12)로부터 3년이 경과하지 아니하였기 때문에 같은조 제4항 제1호의 규정에 의하여 비업무용부동산으로 보지 아니하므로 특별부가세의 비과세 및 감면의 배제규정을 적용하지 아니하는 조세감면규제법시행규칙 제20조의2 제2항 제4호에서 규정한 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 토지라 할 것이므로 쟁점토지를 청구법인의 업무와 관련이 없은 부동산으로 보아 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세의 면제를 배제하여 이 건 과세한 처분은 부당하다고 판단된다. 쟁점(2)와 (3)에 대하여는 심리 및 판단할 실익이 없어 생략한다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.