[요지] 청구법인의 본건 수정신고 환급세액의 환급을 거부한 처분은 정당한 반면, 이와다른 청구주장은 이유없음
[요지] 청구법인의 본건 수정신고 환급세액의 환급을 거부한 처분은 정당한 반면, 이와다른 청구주장은 이유없음
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 원 처분개요 청구법인은 컨테이너부두를 효율적으로 개발 및 관리운영함으로써 컨테이너수출입화물의 원활한 유통을 촉진하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한국컨테이너부두공단법(법률 제4191호, 89.12.30)에 의하여 90.4.3 설립된 무자본 특수법인(법인세법상 90.12.31 이전에 종료하는 사업년도 기간에는 비영리내국법인으로 취급되고 91.1.1 이후 개시하는 사업년도부터는 조세감면규제법상 공공법인으로 취급됨)으로서 부산직할시 동구 OOO동 OOOOO에 주사무소를 두고 있으며, 국가(해운항만청)로부터 컨테이너 부두시설을 무상대부계약에 의거 대부받아 청구외 OOOOOOOOOO공사에 계약체결하여 전대하고 사용료(임대료)를 받아 관리운영비등에 사용 및 충당한 후 나머지 잉여금은 그 10%를 국고에 납입하고 90%는 시설준비금으로 적립하게 되어 있는데 90.4.3～90.12.31사업년도에는 부두시설사용료 수입금액이 13,122,319,583원에 달하고 결산서상 당기순이익이 2,410,839,146원이었는 바, 90.4.3～90.12.31 사업년도분의 법인세 과세표준과 세액을 91.4.1 자진신고납부함에 있어서 법인세 과세표준을 3,205,615,638원으로 조정하여 법인세 859,916,220원 및 동 방위세 214,979,050원을 신고납부하였다가 그후 위 부두시설사용료에 대하여 이를 법인세 과세대상이 아닌 것으로 보아 90.4.3～90.12.31 사업년도분에 대한 법인세 수정신고를 함에 있어서 환급받을 세액을 1,139,388,980원(이 금액은 청구법인이 제출한 수정신고서상 금액으로서 주민세가 포함된 금액임)으로 하여 91.9.26 수정신고서를 제출하였다. 처분청은 위 수정신고에 대하여 컨테이너부두를 전대하고 수입한 부두시설사용료는
① 법인세법시행령 제2조(부동산임대업) 및 동법시행규칙 제1조의2 제2항에 규정하는 부동산상의 권리인 전세권등과 유사한 부동산임대차 계약에 의한 물건을 대여하고 받는 대가에 해당되고,
② 또한 소득세법 제19조(부동산소득) 제3항에 의거 부동산상 권리의 대여소득에도 해당되므로 수익사업에 해당된다는 이유를 들어 그 환급을 거부하는 회신을 91.11.25 청구법인에게 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 92.1.23 심사청구를 하고 92.3.13 심사결정서를 받은 후 92.5.12 심판청구를 제출하였다.
2. 청구주장 및 국세청장 의견
3. 심리 및 판단 이 사건은 청구법인이 국가(해운항만청)로부터 컨테이너 부두시설을 무상으로 사용하도록 대부받아 청구외 OOOOOOOOOO공사에 전대하고 받은 부두시설사용료 수입금액이 비영리법인의 수익사업에서 발생된 소득으로서 법인세 과세대상인지 여부에 다툼이 있다. 먼저 관련 법규정을 보면
① 법인세법 제1조(납세의무) 제1항에서 『국내에 본점 또는 주 사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교법 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고, 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다』고 하고 제1호에 『축산업, 임업 및 수산업, 광업, 제조업, 전기·가스 및 수도사업, 건설업, 도매업, 소매업 및 음식·숙박업·운수·창고 및 통신업, 금융·보험업, 부동산업 및 사업서어비스업과 사회 및 개인서어비스업으로서 대통령령이 정하는 것(제2호 내지 제7호: 생략)』이라고 하였고,
② 동법시행령 제2조(수익사업의 범위) 제1항에서 『법인세법 제1조 제1항 제1호 규정하는 사업의 범위는 소득세법시행령 제29조 내지 제37조의 규정에 의한 사업과 부동산임대업으로 하되 다음 각호의 사업을 포함하지 아니하는 것으로 한다.』고 하였으며(각호 생략),
③ 동법시행규칙 제1조의 2는 제1항(부동산임대업의 범위)에서 『영 제2조 제1항에서 “부동산임대업”이라 함은 부동산(등기 또는 등록된 선박, 항공기, 선박, 항공기, 자동차 및 중기와 공장재단 및 광업재단을 포함한다. 이하 같다) 또는 부동산상의 권리를 대여하고 대가를 받는 사업을 말한다.』고 하였고, 제2항에서 『제1항에 규정하는 부동산상의 권리는 지상권, 지역권, 전세권 등의 용익 물건으로 하고 광업권 및 조광권을 포함하는 것으로 한다.』규정하였다. 살피건대, 첫째, 청구법인은 90.4.3～90.12.31 사업년도 당시 법인세법 제1조 제1항에서 정한 비영리 내국법인이었고, 둘째, 비영리내국법인의 경우에는 법인세법 제1조 제1항 단서 및 동법시행령 제2조 제1항에 의하면 법인세법 제1조 제1항 제1호 내지 제7호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴소득에 대하여만 법인세 납세의무가 있는데 위 수익사업의 종류에 부동산임대업이 게기되어 있으며, 셋째, 청구법인이 컨테이너부두시설을 청구외 OOOOOOOOOO공사에 전대하고 받는 부두시설 사용료 수입금액은 법인세법시행규칙 제1조의 2 제1항·제2항의 규정에 비추어 볼 때 부동산임대업에서 생긴소득이라하겠고, 넷째, 법인세의 납세의무 유무는 당해 비영리 법인의 설립근거법이나 정관상 고유목적 사업여하에 불문하고 당해 법인의 수입금액 그 자체가 법인세법 제1조 및 동법시행령 제2조의 사업에서 발생한 소득에 해당되는지 여부에 따라 판단하는것이며, 다섯째, 청구법인은 국가기관이나 지방자치단체가 아닌 한편, 독립된 법인격을 가지는 비영리 내국법인으로서 OOOOOO OO공단법과 정관, 규칙등의 규정에 따라 청구법인 자신의 사업으로서 부동산임대사업을 하는 것이지 대리인의 자격에서 부동산임대업을 하는 것이 아니고 또한 청구법인이 컨테이너 부두시설을 국가로부터 무상으로 대부받아 전대하고 받는 부두시설사용료 수입금액은 실비변상적금액을 크게 초과하는 금액이며, 여섯째, 청구법인과 같이 공익성이 크고 국가적 사업을 대행하는 조세감면규제법 제22조 별표의 공공법인(90.12.31 현재 117개, 92.12.31 현재 129개)의 경우 모두 법인세를 납부하고 있음을 알 수 있다. 이상내용을 모두어 볼 때, 청구법인이 국가(해운항만청)로부터 컨테이너 부두시설을 무상으로 대부받아 청구외 OOOOOO OOOO공사에 전대하고 받은 부두시설사용료 수입금액은 비영리법인의 수익사업에서 발생된 소득으로서 법인세과세대상임이 분명하므로 청구법인이 동 부두시설사용료 수입금액에 대하여 법인세등을 당초 신고납부한 것은 적법한 한편, 이를 법인세 과세대상이 아닌 것으로 보아 수정신고한 것은 적법하지 못하므로 처분청이 청구법인의 본건 수정신고 환급세액의 환급을 거부한 처분은 정당한 반면, 이와다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.