[요지] 법인세 과세표준신고기한(91.2.7)이 경과하여 91.4.2자로 특별부가세면제신청을 한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점부동산이 2년이상 업무용으로 사용되었는지 여부에 관계없이 특별부가세를 면제할 수는 없음
[요지] 법인세 과세표준신고기한(91.2.7)이 경과하여 91.4.2자로 특별부가세면제신청을 한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점부동산이 2년이상 업무용으로 사용되었는지 여부에 관계없이 특별부가세를 면제할 수는 없음
[주 문] 심판청구를 기각합니다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 강원도 OO군 OO읍 OO리 OOOOO에 소재한 OOO협동조합으로서 OO읍 OOO리 OOOOO 잡종지 2,650㎡, 동소 OOOOO 전 484㎡, 동소 OOOOO 전 2,528㎡를 74.10.20 취득하여 동소 OOOOO 지상에 건물 962.13㎡의 축사를 83.7.18 신축한 후 위 토지와 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 90.11.14 개인에게 양도한데 대하여, 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 특별부가세와 법인세등을 신고누락하였다는 지방청 감사지적에 따라 91.6.15 청구법인에게 90사업년도 법인세(특별부가세)23,465,450원 및 동 방위세 8,879,060원을 결정 고지하자 청구법인은 이에 불복하여 91.8.14 심사청구를 거쳐 91.11.12 심판청구에 이른 것이다.
2. 청구법인 주장 처분청은 쟁점부동산을 비업무용자산으로 보았을 뿐 아니라 설사 업무용인 경우에도 조감법 제67조의13 제4항의 규정에 따라 쟁점부동산의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준 신고시 세액면제신청을 하지 아니하였으므로 특별부가세를 면제할수 없다 하여 청구법인에게 이 건 특별부가세를 과세하였으나 청구법인은 양축가농민의 생산력증진과 경제적, 사회적 지위 향상을 목적으로 설립된 특수법인으로 축협법 제53조 제1항의 사업수행을 위한 농어민 지원시설부지로 쟁점토지에 축사등을 설치. 정부의 새마을 사업의 일환으로 강원도가 실시한 종돈 분양사업을 실시한바 있고, 84년말부터 88년말까지 정부에서 소값 안정 대책으로 실시한 생우수매 비축사업으로 소를 사육한 사실이 있는 바, 조세감면규제법 제67조의13 제1항의 취지는 고유의 업무용이나 농어민 지원시설인 경우 면제 혜택을 부여한다는 뜻이므로 청구법인이 양도한 쟁점부동산을 업무용으로 보아야 할 것이고 또한 청구법인이 이 건 고지결정 이전인 91.4.2자로 세액면제 신청을 한 바 있으므로 이 건 처분은 취소하여야 한다는 주장이다.
3. 국세청장 의견 이 건 쟁점부동산이 조감법 제67조의13 제1항에서 세액감면을 배제하고 있는 목장용으로 사용하였음을 청구법인이 자인하고 있고, 설사 목장용이 아닌 업무용으로 사용하였다 하더라도 조감법 제67조의13 제4항에 의한 세액면제신청을 90사업년도 법인세 과세표준 및 세액신고기한내에 하지 아니 하였으므로 당초처분은 정당하다는 의견이다.
4. 쟁점 이 건 심판청구의 다툼은 청구법인이 쟁점부동산을 양도하고 소정기한내 세액면제신청을 하지 아니한 경우에도 이를 면제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 하겠다.
5. 심리 및 판단 먼저 이 건 관련 법령을 보면, 조세감면규제법 제67조의13(2년이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세면제) 제1항에서 “법인이 2년이상 계속하여 당해 법인의 업무용(목장용, 매매사업용 및 임대사업용을 제외한다)으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령이 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다”고 규정하고 있고 동조 제4항에서 “제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다”고 규정하고 있으며, 동법시행령 제55조의11(2년이상 업무용으로 사용한 토지등에 대한 특별부가세면제) 제4항에서 “법 제67조의13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제 받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준신고와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 하며......(이하생략)”라고 규정하고 있다. 한편, 법인세법 제26조(과세표준의 신고) 제1항에서 “납세의무 있는 내국법인은 각 사업년도의 결산을 확정한 날로부터 15일(대통령령이 정하는 외부조정계산서를 첨부하는 법인의 경우에는 30일)이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 서면으로 정부에 신고하여야 한다”고 규정하고 있다. 다음으로 이 건 사실관계를 보면, 처분청 조사에서 확인한바에 의하면 청구법인은 쟁점부동산에 소를 사육한 사실을 인정하면서 이는 일반법인의 목장용과는 달리 보아야 한다고 주장하고 있으며, 또한 청구법인은 90사업년도의 결산을 91.1.22자로 확정한 사실이 확인되고 있는바, 당해 사업년도의 소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고를 결산확정일로부터 15일이내인 91.2.7까지 정부에 신고하여야 함에도 신고기한이 지난 91.2.11자로 신고하면서 쟁점부동산에 대한 특별부가세 면제신청을 하지 아니하고 약 2개월후인 91.4.2자에 법인세 과세표준신고와 별도로 쟁점부동산에 대한 특별부가세 면제신청을 한 사실이 처분청의 관련서류에 의하여 확인되고 있다. 이 건 청구법인이 쟁점부동산을 업무용으로 사용한 것인지는 별론으로 하고, 청구법인이 쟁점부동산을 2년이상 업무용으로 사용하였다 할 경우에도 전시한 조감법에 의하여 특별부가세를 면제받기 위하여는 법인세과세표준신고기한내에 면제신청을 하여야 할 것임에도 청구법인의 경우에는 동 법인세 과세표준신고기한(91.2.7)이 경과하여 91.4.2자로 특별부가세면제신청을 한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점부동산이 2년이상 업무용으로 사용되었는지 여부에 관계없이 쟁점부동산에 대한 특별부가세를 면제할 수는 없다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인이 양도한 쟁점부동산을 특별부가세의 과세대상으로 보고 청구법인에게 특별부가세를 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.
6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.