2년이상 업무용에 사용하던 부동산을 양도하고 3년이내에 다른 부동산을 취득하였으나 특별부가세 면제신청을 하지않은 경우 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 사실 청구법인은 OOO금고법 제5조의 규정에 의하여 설립한 공공법인으로서 청구법인이 업무용으로 사용하던 수원시 OO동 OOOO 소재 대지 331.2 평방미터 및 동 지상건물 473.63평방미터(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 85.12.31 양도하고 85사업년도 법인세 신고시 쟁점부동산의 양도에 따른 양도차익에 대하여 특별부가세 신고 및 면제신청을 누락한 사실이 있는 바, 이에 대하여 처분청은 85사업년도 법인세 신고납부기한이 4년 10개월 가량(1782일)이 경과한 시점인 1991.2.15 자로 특별부가세 산출세액 9,686,861원, 무신고가산세 2,906,058원 및 미납부가산세 7,893,822원 합계 20,486,746원의 법인세와 방위세 2,205,320원을 부과함에 따라 이에 불복하여 전심절차를 거쳐 1991.7.6 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 청구인의 당초 청구원인 제출(91.7.6)을 보면, 처분청에서 청구법인의 재무제표를 검토하면 쟁점부동산에 대한 신고가 누락된 것을 즉시 알 수 있었음에도 불구하고 5년이 지난 91.2.5에 85사업년도 법인세 신고일 이후 부과 처분일까지의 전기간의 미납부가산세(총 1,782일분)를 부과한 처분은 잘못이 있고 또한 법인세법 제59조의 5의 규정에 의하여 준용되는 법인세법 제32조 제1항 및 동법시행령 제92조 제5항에 의하면 무신고법인에 대한 조사 결정은 과세표준 신고일로부터 1년이내에 완료하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인이 부담하여야 할 미납부가산세는 1년(365일)뿐이며, 1년을 초과하는 기간에 대한 미납부가산세는 취소하여야 한다는 주장이며, 91.9.10 제출한 추가 청구원인을 보면, 청구법인은 1980년도에 수원시 장안구 OO동 OOOO 소재 대지(331.2평방미터)를 26,000,000원에 취득하여 그 지상에 건물을 신축(473.62평방미터, 소요자금 40,487,915원, 1981.5.26 준공)하여 업무용으로 사용하여 오다가 다른 대체자산을 취득할 목적으로 1985. 12. 31 자 115,000,000원에 양도하고 수원시 OO동 OOOOO 소재 대지 264.5 평방미터를 취득하기로 매매계약을 하고 지주의 사용 승락받은후 우선 건물을 신축(1986.6.26 준공, 836.64평방미터, 소요자금 132,781,525원)하고 1988.2.5 대지를 취득(취득금액 108,740,000원)하였는 바, 법인세법 제59조의3 제2항 제2호(양도당시 법령 이하 같음)에 의하면 양도일까지 계속하여 당해법인의 업무용으로 직접 사용한 토지등으로서 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있음에도 불구하고 법인세신고시 특별부가세에 대한 과세표준신고와 면제신청을 하지 아니하였다는 이유로 4년10개월이 경과한 후 특별부가세를 부과한 것은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견 관련 법규정인 법인세법 제41조 제1항 제3호와 동법시행령 제113조의3을 모아보면 미납부가산세는 『미납부세액 × 4/10,000 × 미납기간(88.12.31 이전 미납부세액 × 5/10,000 × 미납기간)』 혹은 『미납부세액 × 10/100』으로 계산한 금액 중 큰 금액으로 하며, 미납부가산세액의 기간계산을 법인세법 시행령 제114조 제6항 제1호에서 『정부가 법 제38조의 규정에 의하여 법인세액 등을 징수하는 경우에 자진납부기한으로부터 고지일까지의 기간』으로 규정하고 있고 당청예규(법인 22601-3258, 87.12.4)에서도 『각 사업년도 소득에 대한 법인세를 경정함으로 인하여 법인세법 제41조 제1항 제3호의 미납가산세를 계산하는 경우 미납가산세 계산기간은 동법시행령 제114조 제6항 제1호에 따라 계산하는 것』으로 예시하고 있는 바, 처분청에서 전시 법규정에 의거 미납일수 계산을 1,782일로 하여 이자율을 일변 4전(88.12.31 이전 일변 5전)으로 계산하여 미납부가산세를 7,893,822원으로 결정한 당초처분에 잘못을 발견할 수 없다는 의견이다.

4. 쟁점 따라서 이 건 심판청구의 쟁점은

• 가. 이 건 미납부가산세의 부과시 미납일수를 1년(365일)을 초과하여 계산할 수 있는지 여부와
• 나. 2년이상 업무용에 사용하던 부동산을 양도하고 3년이내에 다른 부동산을 취득하였으나 특별부가세 면제신청을 하지 않은 경우 특별부가세를 면제할 수 있는지 여부를 각각 가리는 데 있다 할 것이다.

5. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 『가』에 대하여 먼저 관련법규를 살피건대, 법인세법 제41조 제1항은 정부가 법인세를 경정함에 있어 미달하게 납부한 세액이 발생한 경우에는 동 미납부세액에 대하여 가산세를 징수하여야 함을 규정하고 있고, 동법시행령 제114조 제6항 제1호는 미납부가산세 징수시 미납부기간 계산은 자진납부기한으로부터 고지일까지의 기간으로 함을 명시하고 있는 반면, 법인세법 제59조의5에 의하여 준용되는 법인세법 제32조 제1항 및 동법시행령 제92조 제5항의 규정에 의하면 특별부가세 무신고법인의 경우에도 과세표준 신고기일로부터 1년이내 특별부가세 과세표준과 세액을 결정하도록 하고 있다. 다음 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 1985사업년도 법인세 신고시 쟁점부동산의 양도에 따른 양도차익에 대하여 특별부가세의 신고 및 면제 신청을 누락하여 처분청이 1985사업년도 법인세 신고납부기한이 4년10개월 가량(1,782일)경과한 1991.2.15 자로 특별부가세분 법인세를 추징하면서 동 법인세의 미납부기간인 1,782일에 대하여 미납부가산세를 계산하여 부과한 것으로 되어 있다. 살피건대, 첫째, 국세기본법 제16조의2 제1항의 규정에 의하면 법인세의 경우 부과제척기간이 5년으로 되어 있어 특별부가세 무신고법인에 대한 특별부가세분 법인세도 신고납부기한후 1년을 넘어서도 법인세부과제척기간 (5년)이내에는 언제든지 부과할 수 있는 것이고, 이 경우에도 미납부가산세의 기간계산을 1년으로 한다는 별도의 규정이 없는 점, 둘째, 법인세법시행령 제92조 제5항의 『과세표준기일로부터 1년내에 완료하여야 한다』는 규정은 무신고법인에 대한 과세표준의 확정을 조속한 시일내에 하여야 한다는 훈시적 규정으로 볼 수 있어 이 조항이 미납부 가산세의 부과자체를 제한하는 규정으로 보기 어려운 점, 셋째, 미납부가산세는 법인세법 제41조 제1항 제3호에서 명시하는 바와같이 이자성격의 금액인 점 등에 비추어 법인세법시행령 제114조 제6항 제1호의 규정에 의거하여 85사업년도 법인세 신고납부기한으로부터 이 건 특별부가세분 법인세 고지일(1991.2.15)까지의 1,782일을 미납부가산세 계산기간으로 하여 이 건 미납부가산세를 부과한 처분청의 당초처분은 타당하며, 이에 반하는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이다.
• 나. 쟁점 『나』에 대하여 먼저 관련법규를 살피건대, 법인세법 제59조의3 제2항 제2호 및 동법시행령 제124조 제3항은 양도일까지 2년이상 계속하여 업무용에 사용하던 부동산을 양도하고 3년이내 다른 부동산을 취득하여 업무용에 직접 사용하는 경우 특별부가세를 면제함을 명시하고 있고 동법 동조 제3항에서는 이 경우 특별부가세의 면제는 신청하는 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있다. 다음으로 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 특별부가세 면제신청서를 제출하지 않은 것을 제외하고는 모두 특별부가세 면제요건을 충족시키는 것으로 되어 있다. 살피건대, 법인세법 제57조의3 제3항에서 동조 제2항 제2호의 업무용 부동산 양도에 따른 양도소득에 대한 특별부가세면제는 『신청하는 경우에 한하여 이를 적용한다』고 규정하고 있어 일반적으로 『세액면제신청서를 제출하여야 한다』는 타조문(예 ; 조세감면규제법 제38조 제2항, 동법 제45조의2 제3항)과 다르게 규정되어 있으며 이는 특별히 면제신청이 특별부가세 면제요건의 필수적 사항임을 명시한 것이라 볼 수 있으므로 청구법인이 면제신청을 하지 아니한 사실에는 다툼이 없는 이 건의 경우에 있어서 처분청의 특별부가세 부과처분은 아무런 잘못이 없다고 판단된다.(동지 국심 86중 418, 1986.5.1, 국심 87전 579, 87.6.13)

6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.